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- PDB-8pjm: Metallo beta-lactamase VIM2 with compound AK110 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pjm
タイトルMetallo beta-lactamase VIM2 with compound AK110
要素Beta-lactamase VIM-2
キーワードANTIBIOTIC / HYDROLASE / HYDROLASES / Metallo Beta Lactamase / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Lucic, A. / Hinchliffe, P. / Schofield, C.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Metallo beta-lactamase VIM2 with compound AK110
著者: Kranjc, A. / Lucic, A. / Schofield, C.
#1: ジャーナル: Methods / 年: 2011
タイトル: Automated data collection for macromolecular crystallography.
著者: Winter, G. / McAuley, K.E.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 2.02024年5月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct / struct_asym / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.id / _citation.title / _citation_author.citation_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.number_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct.title / _struct_asym.entity_id
解説: Ligand identity
詳細: The previous submission contained the wrong ligand-this was spotted, but not properly fixed due to confusion on our side.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAAA: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3329
ポリマ－25,6931
非ポリマー6398
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area9430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.653, 74.086, 78.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAAA-407-

HOH

21AAAA-611-

HOH

31AAAA-639-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAAA

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-A1H7J / ~{N}-[[(3~{R})-1,1-bis(oxidanyl)-3~{H}-2,1$l^{4}-benzoxaborol-3-yl]methyl]pyrrolidine-1-sulfonamide


分子量: 313.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18BN2O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.91 % / 解説: Crystal size 100x50x75 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→29.66 Å / Num. obs: 34084 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 13.73 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.44→1.491 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3339 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→29.66 Å / SU ML: 0.1018 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.1082
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1559 2007 5.89 %
Rwork0.1303 32076 -
obs0.1318 34083 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 28 246 2018
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0112665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4769712
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.470.20671380.17982212X-RAY DIFFRACTION98.29
1.47-1.510.22121420.16752270X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.560.18791520.15272255X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.610.18591330.1482293X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.670.16811350.1422254X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.730.18021450.13592274X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.810.16931490.13312277X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.910.15931360.12382288X-RAY DIFFRACTION100
1.91-2.030.15981520.11862279X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.180.15071370.11742287X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.40.15441480.11672306X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.750.14511410.12032310X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.470.1461440.11982333X-RAY DIFFRACTION100
3.47-29.660.14051550.13972438X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4736379823660.216459626036-0.8033141938430.910484409442-0.9097696175673.341739113930.035395164501-0.1479061172420.5956406224250.3060850553040.0759470131657-0.0532516773805-0.33311806828-0.358132318360.2248116810890.2503654432280.01647781440830.02160333981980.181465138314-0.05324737612770.20980484069-23.4717908063-3.54827653932-2.96417029843
23.14281691727-0.148859627924-0.8305916297761.341324090340.09037032142272.451034492190.0286492989728-0.2910680178890.1771453616240.1693683845250.0824857258006-0.136209189886-0.1060904797690.159434188483-0.01477680394070.1425125444110.011190795985-0.0002089354170150.129502827387-0.0396898256080.134283746507-18.2532160376-7.70206474632-7.05072375893
31.99342334357-0.162614337894-0.5383054522091.166087379390.2480111436211.659422347080.0384742235144-0.003637922744110.1089946306120.009351227150320.0371961432178-0.0775098376705-0.03390392454150.10785537485-0.0188753446890.0923418276659-0.00678974150270.001237077350510.0859516769413-0.01093469028440.0893355806423-16.4130279693-10.1860022392-13.0266575947
41.934587718470.2783404943540.574411117831.705622841010.5165177059292.07398706246-0.00902239261844-0.1213434569750.3743055696260.04909427245890.03825241431970.0159986896414-0.3228764682340.01540521240320.004645213349210.1017627921550.01028625922640.02032336625540.0568422252023-0.0025650760220.107459733679-19.93164943-0.919302889836-14.9001208334
51.194435968520.0298336004744-0.2939311322951.30688947363-0.309353472341.470057456780.03329828124190.0319347093551-0.0649279162813-0.07530702262410.00229779617105-0.002740460780520.05888253087930.063956217067-0.03160391046860.06883404517410.0101567912966-9.58700105814E-50.0817824408521-0.01463561195070.0724031476762-15.8771484894-19.8412764587-17.6066475656
60.3704184118450.6828191665060.5675983685282.672663929072.557604712323.90186046450.000978172984824-0.242688223553-0.1035951068320.182052744128-0.2307494314620.513394157916-0.00697172337358-0.4888082704860.05540321485460.1539221908930.01080877443250.01582787823140.1876779652550.01210676520670.213470471724-24.0829805789-23.5815278973-0.85201430271
74.62877990326-0.07390968587220.6375036399393.95557609888-0.05606742673032.773079742750.0118902764613-0.0769305263729-0.293235337970.289046301951-0.0120960308442-0.4251173539180.3597668235120.5498089052640.005868165137230.184265391380.0613259459115-0.02549220209920.186698428430.03135575400140.168196726818-11.7424385248-31.0899298861-3.60841802643
81.49809479048-0.8495497322820.1056540216252.27252870229-0.1953922937210.0176980813852-0.0145745174748-0.20016162143-0.003767731609040.260566382940.0250425909632-0.246868068214-0.06094952138820.331913499370.04396470780890.130859745468-0.0201118176839-0.02728357950710.255067638531-0.001085237158150.102355277733-10.488625931-16.9141367176-2.05773823456
95.618562228861.79058672624-0.3242297605435.28555277351-0.7483122511123.61095002702-0.121757184608-0.200577208025-0.407508944162-0.009557139884560.06684654524060.03153051810770.289428990127-0.01701208407630.02448404114270.1813134292410.0226054334615-0.002984620375390.1579086239190.0169360856750.121989386833-18.7611551804-27.72109507644.20665627852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|32-44 }A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2{A|45-64 }A14 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3{A|65-88 }A34 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4{A|89-102 }A58 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5{A|103-199 }A72 - 168
6X-RAY DIFFRACTION6{A|200-215 }A169 - 184
7X-RAY DIFFRACTION7{A|216-229 }A185 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8{A|230-245 }A199 - 214
9X-RAY DIFFRACTION9{A|246-263 }A215 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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