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万見
- PDB-8pjl: DNA duplex forming base triplets in minor groove -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pjl
タイトルDNA duplex forming base triplets in minor groove
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*C)-3')
キーワードDNA / triplets / duplex
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Abdullrahman, A. / Cardin, C.J. / Hall, J.P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionH2020-MSCA-ITN-2019-861381European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DNA duplex with triplets bases in minor groove
著者: Abdullrahman, A. / Cardin, C.J. / Hall, J.P.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7368
ポリマ－8,5612
非ポリマー1756
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.833, 39.833, 58.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*TP*C)-3')


分子量: 4206.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*A)-3')


分子量: 4353.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: A solution containing 20mM Na-cacodylate, 10 mM MgCl2, 0.6mM DNA was mixed in a 1:1 ratio with a solution containing 56.25% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 30 mM Na-cacodylate pH 6.0, 30 ...詳細: A solution containing 20mM Na-cacodylate, 10 mM MgCl2, 0.6mM DNA was mixed in a 1:1 ratio with a solution containing 56.25% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 30 mM Na-cacodylate pH 6.0, 30 mM Na-cacodylate 3H2O, 12mM SrCl2 6H2O. Total drop volume was 400nL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.65 Å / Num. obs: 6283 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 26.46 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 462 / CC1/2: 0.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→18.87 Å / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.0404
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 326 5.22 %
Rwork0.1907 5918 -
obs0.1929 6244 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→18.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 550 6 92 648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63211026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0395115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.0283287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.520.2711850.25582925X-RAY DIFFRACTION99.97
2.52-18.870.2171410.16672993X-RAY DIFFRACTION99.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.03427630301-0.3622631894350.3828386188261.400097280670.3968099435340.296471051355-0.0824918202140.0816106821225-0.1023713732130.007713410628210.002288325938480.2234389270780.000306571461051-0.2594830774410.0780263236960.1382169733610.02130697420060.0161604688490.1972166750230.01927614658790.139312294602-7.821954416891.51896492582-7.23453794859
27.661725287610.258483186109-1.063223201652.697517027160.7988251656341.25462150389-0.176716551179-0.318997477944-0.5943567156740.0513374217161-0.02412882369330.2000335657170.0257600128794-0.2767548122730.1459078963440.1726326475560.00206825786780.01843477047790.2399439943410.03737478785590.146165222309-7.620187054112.9343838111-5.82556172769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )AA1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 14 )BB1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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