PDB-8pjd: Crystal Structure of Mus musculus Protein Arginine Methyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pjd

タイトル

Crystal Structure of Mus musculus Protein Arginine Methyltransferase 2 94-445

要素

Protein arginine N-methyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / protein arginine N-methyltransferase / PRMT / SH3 / methylation / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-arginine N-methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Marechal, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mus musculus Protein Arginine Methyltransferase 2 94-445
著者: Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Marechal, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pjd.cif.gz	225.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pjd.ent.gz	179.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pjd_validation.pdf.gz	799.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pjd_full_validation.pdf.gz	801.8 KB	表示
XML形式データ	8pjd_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	8pjd_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein arginine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein arginine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
82.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.052, 115.980, 133.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-748- HOH
2	1	A-1003- HOH
3	1	A-1005- HOH

#1: タンパク質	Protein arginine N-methyltransferase 2 分子量: 40623.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prmt2, Hrmt1l1 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q3UKX1
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 1.3M AcONa pH5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→29.25 Å / Num. obs: 65279 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 22.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.07845 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 2.384 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2584 / CC_1/2: 0.38 / CC star: 0.59 / R_pim(I) all: 0.808 / R_rim(I) all: 2.527 / % possible all: 77.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4958: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→29.25 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	3303	5.06 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.1723	65234	97.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2781	0	44	405	3230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.005	3941
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.291	1034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	500

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3822	115	0.3332	2064	X-RAY DIFFRACTION	78
1.62-1.65	0.3698	116	0.3068	2119	X-RAY DIFFRACTION	83
1.65-1.67	0.3103	130	0.2758	2300	X-RAY DIFFRACTION	87
1.67-1.7	0.2834	136	0.2614	2470	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7-1.73	0.2308	135	0.2363	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.2373	119	0.2145	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2583	162	0.2174	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2253	149	0.2054	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.2623	145	0.2105	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.2142	137	0.2029	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.2275	131	0.19	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1887	135	0.1671	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.08	0.1857	133	0.1694	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.14	0.1726	155	0.1621	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.22	0.1787	135	0.1592	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.31	0.1618	142	0.158	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.41	0.1829	153	0.1618	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.54	0.1755	125	0.1574	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.7	0.1933	134	0.1649	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.91	0.1658	125	0.1631	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.2	0.1671	155	0.1701	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2-3.66	0.1913	145	0.166	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.61	0.1548	138	0.143	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.61-29.25	0.2019	153	0.1777	2816	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3633	2.2535	2.4184	7.7908	1.535	7.3728	0.0347	-0.5218	-0.0999	0.6755	-0.3121	0.9851	0.111	-0.6127	0.1696	0.2126	0.0502	0.0817	0.2561	-0.0233	0.3556	-31.7613	3.993	-12.4027
2	1.6043	-0.2744	0.6162	1.446	-0.3859	1.8737	-0.0442	0.1555	0.1597	0.0777	-0.0693	-0.1287	-0.1296	0.2771	0.1066	0.1576	-0.0013	-0.0009	0.1891	0.0082	0.1787	-17.9999	14.5198	-24.1795
3	0.7246	0.1697	-0.9609	0.6979	-1.0972	3.1204	-0.0051	-0.0735	-0.084	0.0548	-0.1248	0.0087	0.1206	0.1289	0.138	0.2708	0.0339	0.0449	0.1937	-0.0204	0.2452	-10.2051	-15.9264	-2.4069
4	0.9292	-1.1592	0.9224	1.4274	-1.0792	0.6682	0.2022	0.3078	-0.048	-0.3426	-0.2895	-0.0672	0.3034	0.2304	0.0979	0.3449	0.1088	0.0271	0.3235	-0.0365	0.2776	-10.8866	-12.752	-24.2087
5	1.4388	-0.9152	0.3889	2.4321	-0.2235	0.1189	0.0563	0.1315	-0.1256	-0.1374	-0.1109	0.0809	0.124	0.0833	0.0577	0.2427	0.0695	0.0245	0.2528	-0.0308	0.1664	-12.0066	-11.9736	-19.1857
6	0.4521	3.3046	-1.0788	2.0005	-7.9201	2.5929	0.412	-0.083	1.4895	0.6367	0.0831	0.6066	-0.6267	-0.1413	-0.4578	0.504	0.0332	0.0726	0.4082	-0.0769	0.5918	-24.2022	-1.8497	-8.1177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 104 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 255 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 307 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 308 through 349 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 350 through 445 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 94 )

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新型コロナ情報

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