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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8piy | ||||||
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タイトル | NMR2 Structure of KRAS G12V (GMPPNP bound) in complex with (2E)-3-(1H-indol-2-yl)prop-2-enoic acid | ||||||
![]() | RASK GTPase (Fragment) | ||||||
![]() | ONCOPROTEIN / Complex / Fragment | ||||||
機能・相同性 | ![]() small monomeric GTPase / GDP binding / Ras protein signal transduction / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Buetikofer, M. / Orts, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: NMR2 Structure of KRAS G12V (GMPPNP bound) in complex with 5-(1H-indol-2-l)piperazin-2-one 著者: Buetikofer, M. / Orts, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 177.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pi0C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19297.773 Da / 分子数: 1 / 変異: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-Z5I / (~{ 分子量: 187.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 5 mM (2E)-3-(1H-indol-2-yl)prop-2-enoic acid, 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] KRAS G12V (GMPPNP bound), 100% D2O Label: 15N_sample, 13C_sample / 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | 詳細: 25 mM Tris, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM BME (deut.) イオン強度: 130 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.4 pD / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 4 |