PDB-8pir: Crystal structure of Ser33 in complex with 3-PGA (3-phosphoglycerate)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pir

タイトル

Crystal structure of Ser33 in complex with 3-PGA (3-phosphoglycerate)

要素

phosphoglycerate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Enzyme Protein

機能・相同性

3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 1,4-BUTANEDIOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ser33 in complex with 3-PGA (3-phosphoglycerate)
著者: Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.

履歴

登録	2023年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pir.cif.gz	335.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pir.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pir_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pir_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8pir_validation.xml.gz	71 KB	表示
CIF形式データ	8pir_validation.cif.gz	89.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

F: phosphoglycerate dehydrogenase

A: phosphoglycerate dehydrogenase

B: phosphoglycerate dehydrogenase

C: phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.599, 95.726, 109.252
Angle α, β, γ (deg.)	69.92, 89.53, 86.06
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	phosphoglycerate dehydrogenase 分子量: 51515.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SER33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BZ61
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸分子量: 186.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH=7.5 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 ...詳細: 0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH=7.5 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 7.4 mg/ml of protein in 25 mM Tris pH=7.5 and 150 mM NaCl

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.54 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH=7.5 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→60.45 Å / Num. obs: 61940 / % possible obs: 97.73 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.01
反射シェル	解像度: 2.7→2.797 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 6232 / CC_1/2: 0.905

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→60.45 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	3126	5.06 %
R_work	0.2155	-	-
obs	0.217	61784	97.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→60.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13040	0	244	35	13319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	13508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.662	18405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.215	4812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	2220
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	2420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.74	0.3688	141	0.3407	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-2.79	0.3391	152	0.318	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
2.79-2.84	0.3207	138	0.2935	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
2.84-2.89	0.3431	154	0.2806	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.89-2.94	0.3309	155	0.2721	2601	X-RAY DIFFRACTION	98
2.94-3	0.2962	136	0.2742	2696	X-RAY DIFFRACTION	98
3-3.07	0.3265	148	0.2776	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
3.07-3.14	0.3159	151	0.2753	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
3.14-3.22	0.3181	140	0.2737	2704	X-RAY DIFFRACTION	98
3.22-3.3	0.3066	137	0.266	2673	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3-3.4	0.3027	132	0.2469	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4-3.51	0.3118	130	0.2469	2604	X-RAY DIFFRACTION	95
3.51-3.64	0.2767	151	0.2415	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.64-3.78	0.2905	120	0.253	2664	X-RAY DIFFRACTION	96
3.78-3.95	0.2569	137	0.2544	2528	X-RAY DIFFRACTION	95
3.95-4.16	0.2187	126	0.2013	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
4.16-4.42	0.2468	137	0.1843	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
4.42-4.77	0.187	138	0.1765	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
4.77-5.24	0.2044	150	0.1784	2661	X-RAY DIFFRACTION	98
5.24-6	0.2137	170	0.2001	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
6-7.56	0.2023	166	0.1902	2663	X-RAY DIFFRACTION	98
7.56-60.45	0.1758	117	0.1536	2679	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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