PDB-8pio: Crystal structure of Ser33 in complex with PHP (3-phosphohydroxyp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pio

タイトル

Crystal structure of Ser33 in complex with PHP (3-phosphohydroxypyruvate)

要素

phosphoglycerate dehydrogenase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Yeast protein

機能・相同性

2-oxo-3-(phosphonooxy)propanoic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / :

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ser33 in complex with PHP (3-phosphohydroxypyruvate)
著者: Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.

履歴

登録	2023年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pio.cif.gz	334.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pio.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pio_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pio_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8pio_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	8pio_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/8pio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ybaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

F: phosphoglycerate dehydrogenase

A: phosphoglycerate dehydrogenase

B: phosphoglycerate dehydrogenase

C: phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.600, 95.150, 108.370
Angle α, β, γ (deg.)	69.84, 88.72, 85.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	F
2	1	A
1	2	F
2	2	B
1	3	F
2	3	C
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	C
1	6	B
2	6	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	TYR	TYR	F	A	25 - 469	25 - 469
2	1	ALA	ALA	TYR	TYR	A	B	25 - 469	25 - 469
1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	F	A	38 - 468	38 - 468
2	2	GLY	GLY	LEU	LEU	B	C	24 - 468	24 - 468
1	3	PRO	PRO	LEU	LEU	F	A	39 - 468	39 - 468
2	3	PRO	PRO	LEU	LEU	C	D	23 - 468	23 - 468
1	4	GLY	GLY	LEU	LEU	A	B	24 - 468	24 - 468
2	4	GLY	GLY	LEU	LEU	B	C	24 - 468	24 - 468
1	5	PRO	PRO	LEU	LEU	A	B	23 - 468	23 - 468
2	5	PRO	PRO	LEU	LEU	C	D	23 - 468	23 - 468
1	6	GLY	GLY	TYR	TYR	B	C	24 - 469	24 - 469
2	6	GLY	GLY	TYR	TYR	C	D	24 - 469	24 - 469

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	phosphoglycerate dehydrogenase 分子量: 51243.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SER33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BZ61
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-HPV / 2-oxo-3-(phosphonooxy)propanoic acid / Hydroxypyruvic acid phosphate 分子量: 184.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M SPG pH=6 25 % w/v PEG 1500 7.4 mg/ml of protein in 25 mM Tris pH=7.5 and 150 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月2日
放射	モノクロメーター: 0.9999 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→52.04 Å / Num. obs: 68361 / % possible obs: 97.87 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 9.82
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 6350 / CC_1/2: 0.604

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YBA

1yba

解像度: 2.6→52.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 17.386 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2617	3369	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22237	-	-	-
obs	0.22431	64884	97.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.29 Å²	6.11 Å²	-1.3 Å²
2-	-	1.77 Å²	1.68 Å²
3-	-	-	-0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→52.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12946	0	244	35	13225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	13410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	12241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.132	1.632	18287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.151	1.579	28317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.151	5	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.518	23.696	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.786	15	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.987	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	1912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	15365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.662	7.791	6983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.663	7.791	6982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.387	11.684	8713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.386	11.684	8714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.548	8.021	6427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.545	8.02	6426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.34	11.909	9575
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.996	92.272	14032
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.995	92.278	14033
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	F	12950	0.06
1	2	A	12950	0.06
2	1	F	12601	0.06
2	2	B	12601	0.06
3	1	F	12489	0.05
3	2	C	12489	0.05
4	1	A	12663	0.05
4	2	B	12663	0.05
5	1	A	12561	0.05
5	2	C	12561	0.05
6	1	B	12496	0.05
6	2	C	12496	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.46	191	-
R_work	0.446	4284	-
obs	-	-	87.01 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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