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- PDB-8pin: Crystal structure of Ser33 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pin
タイトルCrystal structure of Ser33
要素
  • D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
  • Poli-ALA
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-ketoglutarate reductase activity / 2-oxoglutarate reductase / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / L-serine biosynthetic process / NAD binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / ACT domain profile. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain ...: / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / ACT domain profile. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / ACT-like domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / HYDROGENPHOSPHATE ION / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Perrone, S. / Cifuente, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C.L. / Guerin, M.E.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO) スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ser33
著者: Perrone, S. / Cifuentes, J.O. / Marina, A. / Mastrella, L. / Trastoy, B. / Linster, C. / Guerin, M.E.
履歴
登録2023年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
C: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
D: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2
F: Poli-ALA
G: Poli-ALA
H: Poli-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,73715
ポリマ－187,6997
非ポリマー3,0388
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.160, 148.520, 161.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 51 through 56 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 51 through 66 and (name N...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 51 through 66 and (name N...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 51 through 56 and (name N...
d_1ens_2chain "F"
d_2ens_2chain "G"
d_3ens_2chain "H"

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.955478584114, -0.0200789070611, 0.294376481382), (0.149599403012, -0.892906718534, 0.424661760246), (0.254323993988, 0.449793763283, 0.85615703968)0.932850648377, 123.508952228, -29.6435065544
2given(-0.623047538545, 0.756815440424, -0.197590874913), (0.735867145645, 0.481506196761, -0.476079117838), (-0.265162796549, -0.44202055565, -0.85691686861)-54.7118613403, 26.1063223936, -3.84815274522
3given(0.508448411993, -0.86039760554, 0.0345857300609), (-0.860744011012, -0.508975054073, -0.00800886007134), (0.0244940778564, -0.0256973678312, -0.999369644044)51.9164697023, 89.8412944278, -31.4792842528
4given(-0.292321033664, -0.744502307537, 0.600220565584), (-0.428390087312, 0.663084167346, 0.613841445414), (-0.855003126527, -0.077689774668, -0.512770857735)59.3969555889, 29.8988383264, -60.6577753508
5given(0.821218658987, -0.5541000464, -0.136282987603), (-0.566916639621, -0.819429203041, -0.0845062419247), (-0.0648493473476, 0.146659196039, -0.987059087576)36.8955349632, 116.977224051, -47.91821337

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要素

#1: タンパク質
D-3-phosphoglycerate dehydrogenase 2 / 3-PGDH 2 / 2-oxoglutarate reductase


分子量: 46400.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SER33, YIL074C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40510, phosphoglycerate dehydrogenase, 2-oxoglutarate reductase
#2: タンパク質・ペプチド Poli-ALA


分子量: 698.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-PI / HYDROGENPHOSPHATE ION / ジオキシラトホスフィン酸


分子量: 95.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Porassium sodium tartrate tetrahydrate, 20%w/v PEG3350 7.4 mg/ml of protein in 25 mM Tris pH=7.5 and 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→47.78 Å / Num. obs: 40049 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 126.1 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.22
反射 シェル解像度: 3.19→3.304 Å / Num. unique obs: 3922 / CC1/2: 0.829

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YBA

1yba


解像度: 3.19→47.78 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 33.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 3647 4.94 %
Rwork0.2294 --
obs0.2321 40035 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11604 0 196 0 11800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26616516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6081921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012224
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.19-3.230.46091190.3522346X-RAY DIFFRACTION84
3.23-3.280.3831420.34862731X-RAY DIFFRACTION98
3.28-3.320.33781450.32542698X-RAY DIFFRACTION98
3.32-3.370.39961400.33442720X-RAY DIFFRACTION97
3.37-3.420.44761400.3342605X-RAY DIFFRACTION94
3.42-3.480.38171390.32562698X-RAY DIFFRACTION98
3.48-3.540.33441460.31482767X-RAY DIFFRACTION99
3.54-3.60.35261440.30012728X-RAY DIFFRACTION99
3.6-3.670.33641450.29792747X-RAY DIFFRACTION99
3.67-3.750.31721450.29012749X-RAY DIFFRACTION98
3.75-3.830.37481420.28292692X-RAY DIFFRACTION98
3.83-3.920.39391380.28352694X-RAY DIFFRACTION96
3.92-4.020.28641390.26982712X-RAY DIFFRACTION97
4.02-4.130.30751390.262729X-RAY DIFFRACTION98
4.13-4.250.31551360.2352664X-RAY DIFFRACTION95
4.25-4.380.27111440.22292679X-RAY DIFFRACTION98
4.38-4.540.23691370.20472745X-RAY DIFFRACTION99
4.54-4.720.25261440.20052734X-RAY DIFFRACTION98
4.72-4.940.26541420.20842741X-RAY DIFFRACTION98
4.94-5.20.26881430.20182653X-RAY DIFFRACTION96
5.2-5.520.25681460.23412733X-RAY DIFFRACTION98
5.52-5.950.361430.24652689X-RAY DIFFRACTION97
5.95-6.550.28711350.24492764X-RAY DIFFRACTION98
6.55-7.490.24561380.22992709X-RAY DIFFRACTION97
7.49-9.420.22091390.17042687X-RAY DIFFRACTION97
9.42-47.780.24691370.182704X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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