PDB-8phv: Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8phv

タイトル

Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma

要素

Cell division cycle protein 123 homolog
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

キーワード

TRANSLATION / eIF2 / translation initiation / chaperone / Cdc123 / ATP grasp

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 2 complex assembly / Cellular response to mitochondrial stress / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / methionyl-initiator methionine tRNA binding / PERK regulates gene expression / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Cardenal Peralta, C. / Fagart, J. / Seufert, W.

資金援助

フランス,

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Binding of human Cdc123 to eIF2 gamma.
著者: Cardenal Peralta, C. / Vandroux, P. / Neumann-Arnold, L. / Panvert, M. / Fagart, J. / Seufert, W. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8phv.cif.gz	420.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8phv.ent.gz	284.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8phv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8phv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8phv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8phv_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	8phv_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8phv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8phv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8phdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (6) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (6) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (6)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (6)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell division cycle protein 123 homolog

B: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

C: Cell division cycle protein 123 homolog

D: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division cycle protein 123 homolog

B: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cell division cycle protein 123 homolog

D: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.259, 125.340, 74.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cell division cycle protein 123 homolog / Protein D123 / HT-1080 / PZ32 分子量: 41489.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC123, C10orf7, D123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75794
#2: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2-gamma X / eIF-2gX 分子量: 12443.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S3, EIF2G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41091, protein-synthesizing GTPase
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 8% tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月10日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→60.26 Å / Num. obs: 58305 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.974→2.156 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 2915 / CC_1/2: 0.65 / R_rim(I) all: 1.098 / % possible all: 63.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.97→60.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 38.23 / 位相誤差: 25.702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	2999	5.14 %
R_work	0.1862	55306	-
obs	0.1892	58305	75.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→60.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	62	195	6807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	6777
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7355	9164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	995
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0984	2495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.01	0.4799	1	0.4235	59	X-RAY DIFFRACTION	1.54
2.01-2.04	0.5877	17	0.4279	270	X-RAY DIFFRACTION	7.04
2.04-2.08	0.435	30	0.3661	579	X-RAY DIFFRACTION	14.96
2.08-2.13	0.3473	39	0.3193	964	X-RAY DIFFRACTION	24.99
2.13-2.17	0.3245	89	0.3198	1448	X-RAY DIFFRACTION	37.41
2.17-2.22	0.2717	98	0.2881	1971	X-RAY DIFFRACTION	51.46
2.22-2.28	0.3223	147	0.2654	2638	X-RAY DIFFRACTION	68.64
2.28-2.34	0.3253	171	0.2725	3435	X-RAY DIFFRACTION	89.76
2.34-2.41	0.2959	175	0.261	3686	X-RAY DIFFRACTION	95.44
2.41-2.49	0.2997	199	0.2463	3620	X-RAY DIFFRACTION	94.79
2.49-2.58	0.2776	210	0.2368	3653	X-RAY DIFFRACTION	94.54
2.58-2.68	0.282	169	0.2355	3682	X-RAY DIFFRACTION	95.61
2.68-2.8	0.2984	188	0.2278	3645	X-RAY DIFFRACTION	95.1
2.8-2.95	0.2862	203	0.2131	3665	X-RAY DIFFRACTION	94.75
2.95-3.13	0.2623	187	0.212	3652	X-RAY DIFFRACTION	95.08
3.13-3.37	0.2519	195	0.198	3686	X-RAY DIFFRACTION	94.98
3.37-3.71	0.2041	176	0.1752	3688	X-RAY DIFFRACTION	95.42
3.71-4.25	0.1728	196	0.1391	3672	X-RAY DIFFRACTION	94.91
4.25-5.36	0.163	179	0.1289	3704	X-RAY DIFFRACTION	95.34
5.36-60.26	0.1802	193	0.177	3726	X-RAY DIFFRACTION	94.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.59429222176	1.47299752809	-1.00625145109	1.83293830402	-1.19164325774	2.05586162163	-0.0718500912111	-0.0179157530472	-0.205849857277	-0.027337429379	0.00411838687006	-0.203164002448	0.174222637794	0.240602581693	0.0997538381902	0.200858930002	0.0494835214376	-0.0128070919589	0.199414807629	0.042844934614	0.180095036327	19.3830275079	8.8960284497	43.0200349062
2	3.44303654935	0.428614099294	0.274622088755	2.20387813339	-0.195038607929	1.98919495116	-0.0361954556344	-0.263593755901	0.324830740271	0.24514233405	0.144914542513	0.344241827151	-0.167169996218	-0.383332336028	0.0213332806204	0.156156959458	0.0286186228074	0.0260009593342	0.178472397802	0.039040786526	0.147972896782	5.87045500496	14.84205303	48.9147536961
3	3.20971320094	0.919661111375	-0.728904778758	1.34298687766	-0.555391608608	3.64770848511	-0.246663971684	0.311409358135	-0.190210688307	-0.123845554088	0.00981220147532	0.0377904203352	0.451268450762	-0.0200912380297	0.173785567155	0.26424595505	0.000436992682546	0.0230691215572	0.264172045706	0.0227990444833	0.206984640101	17.5613993775	9.70126877831	35.4961259523
4	2.31215307645	-0.524152179908	0.373359138366	4.15926274593	-0.727115808412	4.03157323715	-0.126492905915	0.634974266699	0.33306980035	-0.474929695234	0.0494422968404	0.0434338177877	-0.160153880309	0.104090814202	0.0996224349682	0.230036052255	-0.0519591898964	-0.0317435088335	0.375247990652	0.150780940955	0.23992493755	23.1724745565	21.5661885501	25.3037976743
5	0.340865555504	1.17198913168	-1.40562252241	5.58256821851	-6.49572874691	7.58900840503	-0.0832290133009	-0.137171976312	0.0200343846816	-1.16651807085	0.198871914136	-0.0211537379058	1.00035778212	0.00886081773086	-0.0298493119227	0.69771321322	-0.0310671696578	-0.0827147782645	0.539541527639	-0.0125317051563	0.316809819076	23.9161158784	17.3821040607	9.62787184748
6	6.0267979393	2.2240599773	-2.40818440063	3.83874033547	-2.59929990614	4.2937364531	0.183805439375	0.258960081492	0.173624798107	-0.177073950493	-0.118713868491	0.0952832745061	-0.451213604125	-0.0969936222382	-0.15286931666	0.521745785784	0.0652899422953	-0.121404077248	0.487365059513	0.0362054241224	0.217516255313	9.13272232129	16.9439516313	22.1226576669
7	7.18287171325	-5.0732352835	1.34943283333	6.66483280191	-0.251125892569	3.87814934084	0.365882276456	0.856019810257	-0.373745185556	-0.857069415695	-0.178190606949	1.17267983798	0.539649669501	-1.03138352263	-0.21292997361	0.428521269383	0.0627575986101	-0.0947567070521	0.651349720723	-0.0658830677855	0.444430595845	-18.5508768939	0.180053517005	31.2333417807
8	4.10220726937	-1.0431694683	0.187856685849	4.89112257185	-0.338456621524	2.62029091447	-0.162913744931	-0.0769527607721	0.673921584819	-0.1541054056	0.370844084184	1.20772841282	-0.251894318262	-0.386661428011	-0.186721345274	0.278536091623	0.0387899152136	-0.0955331850617	0.412546464041	0.0718680468722	0.446609476209	-17.5744239187	17.0160234063	42.8190933324
9	2.81192795728	-0.572393887251	1.10337046387	1.47458719786	2.84444459002	7.36900312241	0.020258806325	0.04505150865	-1.5030078191	0.0950473773749	0.0824534508581	0.121467011057	1.02037638019	-0.402577202578	-0.0748718010785	0.449549731382	-0.0679965979484	-0.105836794812	0.344502641942	-0.0161536114025	0.843578451948	-11.682490203	-6.14212833933	38.3830157654
10	7.5131002232	-0.0220502526854	-0.210872648377	7.36318062801	-1.29364613808	6.35745961057	-0.0623890333124	-0.348369884819	-0.126596032145	0.116141231919	0.0100678408461	0.153440840885	-0.0256875445284	-0.0795742804906	0.00247232055651	0.18200891372	0.0326048772146	-0.0379291218471	0.271955693328	0.0706107455721	0.255644508182	-11.4891207486	10.0264672339	45.7597460894
11	6.27412363506	3.13765059722	-0.182199798007	3.66940533081	1.51167256596	1.2410784818	0.158524177581	1.16057903354	0.95895986442	-0.494856123921	0.0800299766848	0.502292836154	-0.182050582398	0.0289543653021	0.0599877656467	0.289057965366	0.0134484464441	-0.122907289956	0.312699321202	0.0981704776836	0.4520564561	-13.4556669119	20.8742765796	39.1659651615
12	3.06383535039	-4.42053579664	1.00125987745	7.4222148597	0.0618350503703	5.40301309654	0.395121481913	0.504191886318	-0.375321765034	-0.302494102063	-0.256517735254	0.227674088969	0.421469438445	0.0469423799118	-0.145663074967	0.210726018254	-0.0257969661141	-0.0289161116579	0.218220100486	0.0626083761345	0.25325869245	-8.68751289642	5.23688671893	38.854684738
13	6.01996523654	3.51316492928	1.58305875508	3.74236216353	1.52735731041	6.1540796018	-0.227628155111	-0.15978748631	1.64305063653	-0.449860339312	0.502189495279	1.0851585327	-0.803864614426	-0.490023266488	-0.121632661604	0.620790739702	0.171745783508	-0.0308427438502	0.31831665928	0.0522142801974	0.691021836034	-19.0273740683	21.6452521952	46.7575472418
14	2.80803350367	-0.727211673906	0.615464243489	1.6525250498	-0.662063239764	1.56973516123	0.0654606817811	0.225114738851	0.170220434622	-0.0968662850604	-0.0185973529663	0.0463588155738	-0.0739731968514	0.0260320389048	0.331396399961	0.186547456047	0.00177056191778	0.00692554717674	0.181295259768	0.0871264211795	0.177827174306	25.6926083797	-12.3605630716	-9.46734884152
15	2.51426328195	-1.5845247406	1.39921624566	1.51476494799	-0.715728819983	5.02523882899	-0.203800765222	-0.10324443727	0.324383538717	0.19218152645	0.0519750668227	-0.0332661398426	-0.670808272662	-0.076843195239	0.0949596491042	0.238562974061	-0.000847780908358	-0.024390930601	0.264240332859	0.0502858698306	0.296410952627	33.0039657809	-10.4232382925	1.57316891787
16	4.34688947696	0.592632020585	-0.332085719663	4.49529476091	-0.379671332323	5.14520434082	-0.0305549871538	-0.216976483924	-0.0554077793919	0.320133450153	-0.0342273643997	0.0776720182158	0.0582595976851	0.0243968824445	0.0490204952675	0.244834020382	0.0269010166951	-0.0160000456086	0.255936922572	0.0964479474633	0.213584835723	38.5243832722	-22.4287080968	11.6448071008
17	3.40054520392	-2.67681328611	2.54873443857	3.15923871559	0.0399462020386	5.7297309421	-0.548429290794	-0.0705594448553	0.135292977608	1.43645163231	0.434935521432	-0.457431641103	-1.37387755451	0.263938092244	0.11042149158	0.725797237526	-0.0192566478766	-0.0704469855644	0.390406789062	-0.0620184151871	0.359565880764	39.2772939409	-18.6520460082	27.6463806933
18	6.36152815914	-4.43894302594	4.1210515895	3.94725689189	-3.06317350345	4.58511428884	-0.132978254406	-0.110064508822	-0.391340221364	0.211062743676	0.13750229716	0.313144635225	0.0646442374626	-0.311061392199	-0.216048644711	0.504046415826	-0.0477243226191	0.0857686246291	0.521068873255	0.0734433135779	0.284204439659	25.2835917195	-18.3761665776	15.5209116112
19	4.61071093205	3.81585220176	0.179686641826	6.39317596546	-1.25473024028	3.48960787699	0.248231863405	-1.2022896095	0.485062673676	1.38656159045	0.363804522157	1.63004161653	-0.921758126477	-1.12039734314	-0.526886319598	0.597592039052	-0.00288242007682	0.216508130476	0.790713699121	-0.0519067436516	0.66645266612	-2.86952879358	-2.13636227821	6.4173448063
20	3.90118993657	1.72732710169	-0.763347993673	6.85479946416	1.12941821518	5.13625765733	-0.0606366928094	0.0329251404457	-0.557587696024	0.0666087614639	0.169740372393	1.07940013934	0.441971874696	-0.760744632079	-0.17699258208	0.260917665993	-0.0637171381238	0.0206153312418	0.409980705304	0.136755270282	0.451838701345	-1.86548367198	-17.603912938	-6.04626166785
21	6.07206351685	3.97957318821	0.0156731836643	3.11865006977	1.70848413185	5.6569002444	-0.0981065987983	-0.520414338855	1.98396917983	0.280799138637	0.441541085649	0.675002900421	-1.98463526611	-0.846082795023	-0.293838599723	0.691698384281	0.180288514085	0.144116574677	0.426611762389	-0.10738883535	0.893894038888	2.54105033176	4.65478802072	-0.157729315038
22	5.25313024945	-1.33881930486	-0.955763696781	6.67059855846	4.67937659899	7.50804970334	0.150083571545	-0.0409302834406	0.96914808307	-0.604940576839	0.308969360929	0.489269332239	-1.07602042981	-0.249348662401	-0.416740375837	0.351332785334	-0.00626682922576	0.109878706602	0.293339584528	0.161107728224	0.523151786599	5.59314985768	-0.59257067468	-8.70109640929
23	7.95431138461	0.217309721746	0.00800781861933	8.45172559164	-1.76723432367	4.83837711919	-0.0819269545235	-0.507279617863	-0.371425614322	0.407687788552	0.0595454325159	0.0255362703795	-0.203284314314	-0.0165022851381	-0.0576411954296	0.198399501762	0.0026599307699	0.0497692056787	0.289487028714	0.126997187758	0.287877154857	5.98051367829	-13.9164785548	-4.62507353553
24	5.4928081193	-5.37475489243	1.44914547379	5.32408982864	-1.1087649191	3.66262205257	0.427381222886	0.494967922937	0.575720183053	-0.611208957774	0.150328211084	0.522929250034	0.044370647881	-0.703163434289	-0.282488635582	0.191177249029	0.00279917187977	-0.0614180411528	0.309965501882	0.202399522952	0.522478738411	-1.99411652709	-11.7072801771	-11.5152604526
25	5.01887533922	0.187624683459	-0.512614578151	1.93699243284	0.359680915411	3.72614370684	-0.136267424566	-0.358939073837	-0.204176652906	0.290985237707	0.136651992782	0.281879842516	0.0637003523904	-0.144598542177	-0.00224296524224	0.271468015442	0.0479227477145	0.0205079009739	0.363470446941	0.138276497709	0.311488792011	5.5703932707	-13.0185619771	-2.48731553716
26	6.17473096749	1.5214426955	-0.479874002135	4.51414783742	0.387883271932	4.37601728684	-0.00829420954076	-0.739800606215	0.56989810318	0.306897736132	0.244710799009	0.277186346316	-0.156710750919	-0.250842098341	-0.0812877078846	0.259895484671	0.0634329970178	-0.00115728950379	0.252669731682	0.058860804219	0.254252416189	4.47793290092	-6.59447726764	-0.803863560725
27	9.14109636339	-7.34025230093	-2.86858497072	6.12453677486	3.42700005597	7.19777306822	-0.488186903091	0.122072636912	-1.67293835979	0.111866048237	0.883536838669	1.98096200393	0.900910492867	-0.400644242495	-0.166223746031	0.442479118637	-0.123611734154	0.00635616414519	0.412895800482	0.138561672345	0.715029897445	-2.4502708578	-24.3551066878	-9.4454199938

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 48 )	A	A	1 - 48	1 - 48
2	2	chain 'A' and (resid 49 through 136 )	A	A	49 - 136	49 - 115
3	3	chain 'A' and (resid 137 through 183 )	A	A	137 - 183	116 - 162
4	4	chain 'A' and (resid 184 through 260 )	A	A	184 - 260	163 - 239
5	5	chain 'A' and (resid 261 through 280 )	A	A	261 - 280	240 - 259
6	6	chain 'A' and (resid 281 through 318 )	A	A	281 - 318	260 - 284
7	7	chain 'A' and (resid 319 through 336 )	A	A	319 - 336	285 - 302
8	8	chain 'B' and (resid 362 through 376 )	B	C	362 - 376	1 - 15
9	9	chain 'B' and (resid 377 through 395 )	B	C	377 - 395	16 - 25
10	10	chain 'B' and (resid 396 through 429 )	B	C	396 - 429	26 - 59
11	11	chain 'B' and (resid 430 through 439 )	B	C	430 - 439	60 - 69
12	12	chain 'B' and (resid 440 through 459 )	B	C	440 - 459	70 - 89
13	13	chain 'B' and (resid 460 through 465 )	B	C	460 - 465	90 - 95
14	14	chain 'C' and (resid -2 through 136 )	C	D	-2 - 136	1 - 123
15	15	chain 'C' and (resid 137 through 183 )	C	D	137 - 183	124 - 170
16	16	chain 'C' and (resid 184 through 260 )	C	D	184 - 260	171 - 247
17	17	chain 'C' and (resid 261 through 280 )	C	D	261 - 280	248 - 267
18	18	chain 'C' and (resid 281 through 318 )	C	D	281 - 318	268 - 291
19	19	chain 'C' and (resid 319 through 335 )	C	D	319 - 335	292 - 308
20	20	chain 'D' and (resid 363 through 376 )	D	F	363 - 376	1 - 14
21	21	chain 'D' and (resid 377 through 381 )	D	F	377 - 381	15 - 19
22	22	chain 'D' and (resid 382 through 404 )	D	F	382 - 404	20 - 34
23	23	chain 'D' and (resid 405 through 420 )	D	F	405 - 420	35 - 50
24	24	chain 'D' and (resid 421 through 429 )	D	F	421 - 429	51 - 59
25	25	chain 'D' and (resid 430 through 449 )	D	F	430 - 449	60 - 79
26	26	chain 'D' and (resid 450 through 459 )	D	F	450 - 459	80 - 89
27	27	chain 'D' and (resid 460 through 466 )	D	F	460 - 466	90 - 96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)