PDB-8phv: Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8phv

タイトル

Structure of Human selenomethionylated Cdc123 bound to domain 3 of eIF2 gamma

要素

Cell division cycle protein 123 homolog細胞周期
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) /

eIF2 /

translation initiation /

chaperone (シャペロン) / Cdc123 / ATP grasp

機能・相同性

機能・相同性情報

eukaryotic translation initiation factor 2 complex assembly / methionyl-initiator methionine tRNA binding / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / PERK regulates gene expression /

protein-synthesizing GTPase / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Cardenal Peralta, C. / Fagart, J. / Seufert, W.

資金援助

フランス,

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Binding of human Cdc123 to eIF2 gamma.
著者: Cardenal Peralta, C. / Vandroux, P. / Neumann-Arnold, L. / Panvert, M. / Fagart, J. / Seufert, W. / Mechulam, Y. / Schmitt, E.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8phv.cif.gz	420.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8phv.ent.gz	284.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8phv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8phv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/8phv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8phdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (6)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (6)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell division cycle protein 123 homolog

B: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

C: Cell division cycle protein 123 homolog

D: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division cycle protein 123 homolog

B: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Cell division cycle protein 123 homolog

D: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.259, 125.340, 74.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cell division cycle protein 123 homolog / 細胞周期 / Protein D123 / HT-1080 / PZ32 分子量: 41489.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC123, C10orf7, D123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75794
#2: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2-gamma X / eIF-2gX 分子量: 12443.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S3, EIF2G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41091, protein-synthesizing GTPase
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 8% tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月10日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→60.26 Å / Num. obs: 58305 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.974→2.156 Å / 冗長度: 6.9 % / Num. unique obs: 2915 / CC_1/2: 0.65 / R_rim(I) all: 1.098 / % possible all: 63.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.97→60.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 38.23 / 位相誤差: 25.702
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	2999	5.14 %
R_work	0.1862	55306	-
obs	0.1892	58305	75.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→60.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	62	195	6807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	6777
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7355	9164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	995
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.0984	2495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.01	0.4799	1	0.4235	59	X-RAY DIFFRACTION	1.54
2.01-2.04	0.5877	17	0.4279	270	X-RAY DIFFRACTION	7.04
2.04-2.08	0.435	30	0.3661	579	X-RAY DIFFRACTION	14.96
2.08-2.13	0.3473	39	0.3193	964	X-RAY DIFFRACTION	24.99
2.13-2.17	0.3245	89	0.3198	1448	X-RAY DIFFRACTION	37.41
2.17-2.22	0.2717	98	0.2881	1971	X-RAY DIFFRACTION	51.46
2.22-2.28	0.3223	147	0.2654	2638	X-RAY DIFFRACTION	68.64
2.28-2.34	0.3253	171	0.2725	3435	X-RAY DIFFRACTION	89.76
2.34-2.41	0.2959	175	0.261	3686	X-RAY DIFFRACTION	95.44
2.41-2.49	0.2997	199	0.2463	3620	X-RAY DIFFRACTION	94.79
2.49-2.58	0.2776	210	0.2368	3653	X-RAY DIFFRACTION	94.54
2.58-2.68	0.282	169	0.2355	3682	X-RAY DIFFRACTION	95.61
2.68-2.8	0.2984	188	0.2278	3645	X-RAY DIFFRACTION	95.1
2.8-2.95	0.2862	203	0.2131	3665	X-RAY DIFFRACTION	94.75
2.95-3.13	0.2623	187	0.212	3652	X-RAY DIFFRACTION	95.08
3.13-3.37	0.2519	195	0.198	3686	X-RAY DIFFRACTION	94.98
3.37-3.71	0.2041	176	0.1752	3688	X-RAY DIFFRACTION	95.42
3.71-4.25	0.1728	196	0.1391	3672	X-RAY DIFFRACTION	94.91
4.25-5.36	0.163	179	0.1289	3704	X-RAY DIFFRACTION	95.34
5.36-60.26	0.1802	193	0.177	3726	X-RAY DIFFRACTION	94.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.59429222176	1.47299752809	-1.00625145109	1.83293830402	-1.19164325774	2.05586162163	-0.0718500912111	-0.0179157530472	-0.205849857277	-0.027337429379	0.00411838687006	-0.203164002448	0.174222637794	0.240602581693	0.0997538381902	0.200858930002	0.0494835214376	-0.0128070919589	0.199414807629	0.042844934614	0.180095036327	19.3830275079	8.8960284497	43.0200349062
2	3.44303654935	0.428614099294	0.274622088755	2.20387813339	-0.195038607929	1.98919495116	-0.0361954556344	-0.263593755901	0.324830740271	0.24514233405	0.144914542513	0.344241827151	-0.167169996218	-0.383332336028	0.0213332806204	0.156156959458	0.0286186228074	0.0260009593342	0.178472397802	0.039040786526	0.147972896782	5.87045500496	14.84205303	48.9147536961
3	3.20971320094	0.919661111375	-0.728904778758	1.34298687766	-0.555391608608	3.64770848511	-0.246663971684	0.311409358135	-0.190210688307	-0.123845554088	0.00981220147532	0.0377904203352	0.451268450762	-0.0200912380297	0.173785567155	0.26424595505	0.000436992682546	0.0230691215572	0.264172045706	0.0227990444833	0.206984640101	17.5613993775	9.70126877831	35.4961259523
4	2.31215307645	-0.524152179908	0.373359138366	4.15926274593	-0.727115808412	4.03157323715	-0.126492905915	0.634974266699	0.33306980035	-0.474929695234	0.0494422968404	0.0434338177877	-0.160153880309	0.104090814202	0.0996224349682	0.230036052255	-0.0519591898964	-0.0317435088335	0.375247990652	0.150780940955	0.23992493755	23.1724745565	21.5661885501	25.3037976743
5	0.340865555504	1.17198913168	-1.40562252241	5.58256821851	-6.49572874691	7.58900840503	-0.0832290133009	-0.137171976312	0.0200343846816	-1.16651807085	0.198871914136	-0.0211537379058	1.00035778212	0.00886081773086	-0.0298493119227	0.69771321322	-0.0310671696578	-0.0827147782645	0.539541527639	-0.0125317051563	0.316809819076	23.9161158784	17.3821040607	9.62787184748
6	6.0267979393	2.2240599773	-2.40818440063	3.83874033547	-2.59929990614	4.2937364531	0.183805439375	0.258960081492	0.173624798107	-0.177073950493	-0.118713868491	0.0952832745061	-0.451213604125	-0.0969936222382	-0.15286931666	0.521745785784	0.0652899422953	-0.121404077248	0.487365059513	0.0362054241224	0.217516255313	9.13272232129	16.9439516313	22.1226576669
7	7.18287171325	-5.0732352835	1.34943283333	6.66483280191	-0.251125892569	3.87814934084	0.365882276456	0.856019810257	-0.373745185556	-0.857069415695	-0.178190606949	1.17267983798	0.539649669501	-1.03138352263	-0.21292997361	0.428521269383	0.0627575986101	-0.0947567070521	0.651349720723	-0.0658830677855	0.444430595845	-18.5508768939	0.180053517005	31.2333417807
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16	16	chain 'C' and (resid 184 through 260 )	C	D	184 - 260	171 - 247
17	17	chain 'C' and (resid 261 through 280 )	C	D	261 - 280	248 - 267
18	18	chain 'C' and (resid 281 through 318 )	C	D	281 - 318	268 - 291
19	19	chain 'C' and (resid 319 through 335 )	C	D	319 - 335	292 - 308
20	20	chain 'D' and (resid 363 through 376 )	D	F	363 - 376	1 - 14
21	21	chain 'D' and (resid 377 through 381 )	D	F	377 - 381	15 - 19
22	22	chain 'D' and (resid 382 through 404 )	D	F	382 - 404	20 - 34
23	23	chain 'D' and (resid 405 through 420 )	D	F	405 - 420	35 - 50
24	24	chain 'D' and (resid 421 through 429 )	D	F	421 - 429	51 - 59
25	25	chain 'D' and (resid 430 through 449 )	D	F	430 - 449	60 - 79
26	26	chain 'D' and (resid 450 through 459 )	D	F	450 - 459	80 - 89
27	27	chain 'D' and (resid 460 through 466 )	D	F	460 - 466	90 - 96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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