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- PDB-8phm: Oxalate-bound cobalt(II) human carbonic anhydrase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8phm
タイトルOxalate-bound cobalt(II) human carbonic anhydrase II
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / hCAII / carbonic anhydrase / oxalate / cobalt
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / OXALIC ACID / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Gigli, L. / Malanho Silva, J. / Cerofolini, L. / Macedo, A.L. / Geraldes, C.F.G.C. / Suturina, E.A. / Calderone, V. / Fragai, M. / Parigi, G. / Ravera, E. / Luchinat, C.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationIR0000009 イタリア
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Machine Learning-Enhanced Quantum Chemistry-Assisted Refinement of the Active Site Structure of Metalloproteins.
著者: Gigli, L. / Silva, J.M. / Cerofolini, L. / Macedo, A.L. / Geraldes, C.F.G.C. / Suturina, E.A. / Calderone, V. / Fragai, M. / Parigi, G. / Ravera, E. / Luchinat, C.
履歴
登録2023年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3964
ポリマ－28,9091
非ポリマー4883
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.910, 41.210, 71.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2


分子量: 28908.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HGB / 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / p-ヒドロキシメルクリ安息香酸


分子量: 338.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6HgO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸


分子量: 90.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.9M Ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→26.56 Å / Num. obs: 73275 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4150 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→26.56 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1979 3620 4.94 %
Rwork0.1643 --
obs0.166 73275 88.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→26.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 17 379 2443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0372879
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.57274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007376
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.31981150.27622335X-RAY DIFFRACTION77
1.47-1.490.30311270.26262409X-RAY DIFFRACTION81
1.49-1.510.30991290.25732470X-RAY DIFFRACTION81
1.51-1.530.22181290.252472X-RAY DIFFRACTION82
1.53-1.560.31741280.24422504X-RAY DIFFRACTION83
1.56-1.580.25581330.23572477X-RAY DIFFRACTION82
1.58-1.610.26181340.22952522X-RAY DIFFRACTION85
1.61-1.640.25231380.23022598X-RAY DIFFRACTION86
1.64-1.670.31421350.22492615X-RAY DIFFRACTION87
1.67-1.70.22141280.21542619X-RAY DIFFRACTION87
1.7-1.740.25751340.19772685X-RAY DIFFRACTION88
1.74-1.780.29711390.18952648X-RAY DIFFRACTION88
1.78-1.830.27091300.17742672X-RAY DIFFRACTION89
1.83-1.880.2561420.16272673X-RAY DIFFRACTION88
1.88-1.930.19181460.16042655X-RAY DIFFRACTION89
1.93-1.990.20041390.15652687X-RAY DIFFRACTION89
1.99-2.060.1781380.14972727X-RAY DIFFRACTION89
2.06-2.150.19221400.14752719X-RAY DIFFRACTION91
2.15-2.250.17451510.14292793X-RAY DIFFRACTION92
2.25-2.360.17581460.14542876X-RAY DIFFRACTION95
2.36-2.510.18761500.14372860X-RAY DIFFRACTION96
2.51-2.710.1561550.14822897X-RAY DIFFRACTION96
2.71-2.980.18871500.14662914X-RAY DIFFRACTION97
2.98-3.410.19711550.14452940X-RAY DIFFRACTION97
3.41-4.290.12941540.12662905X-RAY DIFFRACTION97
4.29-26.560.16351550.15252983X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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