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万見
- PDB-8phi: Crystal structure of prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8phi
タイトルCrystal structure of prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 in complex with Lonafarnib
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / RSV F Glycoprotein / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated induction of syncytium formation / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-336 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.289 Å
データ登録者Rajak, M. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen Foundation9B811 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Drug repurposing screen identifies lonafarnib as respiratory syncytial virus fusion protein inhibitor.
著者: Sake, S.M. / Zhang, X. / Rajak, M.K. / Urbanek-Quaing, M. / Carpentier, A. / Gunesch, A.P. / Grethe, C. / Matthaei, A. / Ruckert, J. / Galloux, M. / Larcher, T. / Le Goffic, R. / Hontonnou, F. ...著者: Sake, S.M. / Zhang, X. / Rajak, M.K. / Urbanek-Quaing, M. / Carpentier, A. / Gunesch, A.P. / Grethe, C. / Matthaei, A. / Ruckert, J. / Galloux, M. / Larcher, T. / Le Goffic, R. / Hontonnou, F. / Chatterjee, A.K. / Johnson, K. / Morwood, K. / Rox, K. / Elgaher, W.A.M. / Huang, J. / Wetzke, M. / Hansen, G. / Fischer, N. / Eleouet, J.F. / Rameix-Welti, M.A. / Hirsch, A.K.H. / Herold, E. / Empting, M. / Lauber, C. / Schulz, T.F. / Krey, T. / Haid, S. / Pietschmann, T.
履歴
登録2023年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5966
ポリマ－61,5811
非ポリマー1,0155
水3,189177
1
F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

F: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,78918
ポリマ－184,7433
非ポリマー3,04615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area15670 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area52930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.640, 88.640, 194.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 F

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 61581.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A2 (ウイルス)
株: strain A2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: W8RJF9

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非ポリマー , 5種, 182分子

#2: 化合物 ChemComp-336 / 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE / SCH66336


分子量: 638.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31Br2ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000-20%, CaCl2-400mM, & TrisHCl pH-8 100mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.91983 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.289→50 Å / Num. obs: 51465 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.243 / Net I/σ(I): 10.54
反射 シェル解像度: 2.289→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 3770 / CC1/2: 0.882 / Rrim(I) all: 1.755 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (17-FEB-2023)精密化
XDSデータ削減
XSCALEJan 10, 2022データスケーリング
PHASER1.20.1-4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.289→26.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 1174 4.56 %RANDOM
Rwork0.1984 ---
obs0.1998 25724 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.7215 Å20 Å20 Å2
2---15.7215 Å20 Å2
3---31.443 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.289→26.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3452 0 58 177 3687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073584HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.984867HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1261SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes604HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3584HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion498SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3146SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.31 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3285 -3.69 %
Rwork0.4267 496 -
all0.4224 515 -
obs--97.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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