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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pgn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 3169 | ||||||
![]() | Beta-lactamase VIM-1 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Complex / metallo-beta-lactamase / inhibitor / zinc / indole carboxylate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 3169 著者: Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 755.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28051.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-YRF / | 分子量: 545.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28FN5O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium phosphate 0.1M TrisHCl, pH 8.5 / PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96864 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→40.18 Å / Num. obs: 79201 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 11.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.15 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 4709 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.204 / % possible all: 79.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→40.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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