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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pgf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2941 | ||||||
要素 | Beta-lactamase VIM-1 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Complex / metallo-beta-lactamase / inhibitor / zinc / indole carboxylate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2941 著者: Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pgf.cif.gz | 205.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pgf.ent.gz | 137.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pgf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pgf_validation.pdf.gz | 728.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pgf_full_validation.pdf.gz | 736.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pgf_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pgf_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/8pgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/8pgf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28051.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1, CAZ10_38240, CAZ10_38245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9XAY4 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-XMU / | 分子量: 513.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium phosphate 0.1M TrisHCl, pH 8.5 / PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979499 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→29.05 Å / Num. obs: 62636 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 35.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.213 / % possible all: 63.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→29.05 Å / SU ML: 0.0679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.1764 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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