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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pg8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2816 | ||||||
![]() | Beta-lactamase VIM-1 | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / Complex / metallo-beta-lactamase / inhibitor / zinc / indole carboxylate | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2816 著者: Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1017.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28051.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-YVC / | 分子量: 546.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27FN4O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium phosphate 0.1M TrisHCl, pH 8.5 / PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→27.41 Å / Num. obs: 52848 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 12.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.31 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique obs: 3624 / CC1/2: 0.926 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.312 / % possible all: 89.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→27.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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