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万見
- PDB-8pg0: Human OATP1B3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pg0
タイトルHuman OATP1B3
要素
  • Fab19 (heavy chain, variable region)
  • Fab19 (light chain, variable region)
  • Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / organic anion / bicarbonate / SLCO1B3 / uptake / drug / transporter / polypeptide / liver
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLCO1B3 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / organic anion transport / heme catabolic process / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / Heme degradation ...Defective SLCO1B3 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / organic anion transport / heme catabolic process / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / Heme degradation / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / monoatomic ion transport / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / serine-type endopeptidase inhibitor activity / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / CHOLESTEROL / Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Ciuta, A.-D. / Nosol, K. / Kowal, J. / Mukherjee, S. / Ramirez, A.S. / Stieger, B. / Kossiakoff, A.A. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 米国, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_189111 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of human drug transporters OATP1B1 and OATP1B3.
著者: Anca-Denise Ciută / Kamil Nosol / Julia Kowal / Somnath Mukherjee / Ana S Ramírez / Bruno Stieger / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher /
要旨: The organic anion transporting polypeptides OATP1B1 and OATP1B3 are membrane proteins that mediate uptake of drugs into the liver for subsequent conjugation and biliary excretion, a key step in drug ...The organic anion transporting polypeptides OATP1B1 and OATP1B3 are membrane proteins that mediate uptake of drugs into the liver for subsequent conjugation and biliary excretion, a key step in drug elimination from the human body. Polymorphic variants of these transporters can cause reduced drug clearance and adverse drug effects such as statin-induced rhabdomyolysis, and co-administration of OATP substrates can lead to damaging drug-drug interaction. Despite their clinical relevance in drug disposition and pharmacokinetics, the structure and mechanism of OATPs are unknown. Here we present cryo-EM structures of human OATP1B1 and OATP1B3 bound to synthetic Fab fragments and in functionally distinct states. A single estrone-3-sulfate molecule is bound in a pocket located in the C-terminal half of OATP1B1. The shape and chemical nature of the pocket rationalize the preference for diverse organic anions and allow in silico docking of statins. The structure of OATP1B3 is determined in a drug-free state but reveals a bicarbonate molecule bound to the conserved signature motif and a histidine residue that is prevalent in OATPs exhibiting pH-dependent activity.
履歴
登録2023年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier organic anion transporter family member 1B3
H: Fab19 (heavy chain, variable region)
L: Fab19 (light chain, variable region)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7798
ポリマ－126,3373
非ポリマー1,4425
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab19 (heavy chain, variable region)


分子量: 25599.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab19 (light chain, variable region)


分子量: 23258.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Solute carrier organic anion transporter family member 1B3 / Liver-specific organic anion transporter 2 / LST-2 / OATP1B3 / Organic anion transporter 8 / ...Liver-specific organic anion transporter 2 / LST-2 / OATP1B3 / Organic anion transporter 8 / Organic anion-transporting polypeptide 8 / OATP-8 / Solute carrier family 21 member 8


分子量: 77478.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLCO1B3, LST2, OATP1B3, OATP8, SLC21A8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPD5
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human OATP1B3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.18 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.59 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75610 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0155961
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1798080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.4742066
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.066926
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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