PDB-8pfy: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pfy

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with K2[Ru2(DAniF)(CO3)3] in condition B

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2023
タイトル: Charge effect in protein metalation reactions by diruthenium complexes
著者: Herrero Dominguez, S. / Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pfy.cif.gz	41 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pfy.ent.gz	28.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pfy_validation.pdf.gz	1012.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pfy_full_validation.pdf.gz	1013.3 KB	表示
XML形式データ	8pfy_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	8pfy_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pftC 8pfuC 8pfvC 8pfwC 8pfxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.620, 76.620, 37.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-329- HOH
2	1	A-334- HOH
3	1	A-335- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 81分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-RU / RUTHENIUM ION 分子量: 101.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M sodium formate and 0.1 M Hepes, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→54.18 Å / Num. obs: 36175 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.19→1.21 Å / R_merge(I) obs: 1.106 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1773 / CC_1/2: 0.843

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.19→54.179 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 0.663 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2124	1783	4.957 %
R_work	0.1947	34188	-
all	0.196	-	-
obs	-	35971	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.858 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.072 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.072 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.144 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→54.179 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	18	77	1096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.011	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	989
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.638	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.651	1.579	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.734	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.575	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.961	10	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.111	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.166	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.277	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.493	1.469	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.483	1.467	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.17	2.641	658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.184	2.644	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.639	1.784	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.642	1.784	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.053	3.14	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.051	3.14	794
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.345	16.56	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.326	16.467	1315

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.19-1.221	0.277	131	0.275	2491	0.275	2622	0.947	0.951	100	0.256
1.221-1.254	0.284	134	0.243	2425	0.245	2559	0.95	0.961	100	0.22
1.254-1.291	0.256	125	0.233	2334	0.234	2459	0.962	0.964	100	0.21
1.291-1.33	0.238	108	0.221	2319	0.222	2427	0.968	0.97	100	0.199
1.33-1.374	0.245	113	0.221	2230	0.222	2343	0.963	0.971	100	0.198
1.374-1.422	0.203	125	0.201	2130	0.201	2255	0.977	0.975	100	0.18
1.422-1.476	0.21	102	0.201	2083	0.201	2185	0.972	0.975	100	0.186
1.476-1.536	0.242	96	0.197	2018	0.199	2114	0.959	0.975	100	0.187
1.536-1.604	0.2	108	0.184	1934	0.184	2042	0.977	0.978	100	0.179
1.604-1.683	0.205	101	0.185	1842	0.186	1943	0.976	0.979	100	0.188
1.683-1.773	0.218	104	0.189	1754	0.191	1858	0.97	0.977	100	0.195
1.773-1.881	0.22	82	0.195	1657	0.196	1739	0.966	0.975	100	0.209
1.881-2.011	0.22	77	0.197	1591	0.198	1668	0.975	0.977	100	0.219
2.011-2.171	0.181	78	0.179	1480	0.179	1558	0.98	0.981	100	0.206
2.171-2.378	0.197	76	0.174	1358	0.175	1434	0.978	0.982	100	0.209
2.378-2.658	0.189	66	0.185	1254	0.186	1320	0.978	0.978	100	0.229
2.658-3.068	0.208	49	0.198	1110	0.199	1159	0.967	0.975	100	0.259
3.068-3.755	0.175	56	0.174	945	0.174	1001	0.984	0.981	100	0.221
3.755-5.298	0.224	32	0.186	769	0.188	802	0.96	0.981	99.8753	0.25
5.298-54.179	0.349	20	0.252	460	0.255	486	0.939	0.946	98.7654	0.357

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