PDB-8pfx: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pfx

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with K2[Ru2(D-p-FPhF)(CO3)3] in condition B

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2023
タイトル: Charge effect in protein metalation reactions by diruthenium complexes
著者: Herrero Dominguez, S. / Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pfx.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pfx.ent.gz	31.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pfx_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pfx_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8pfx_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8pfx_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pftC 8pfuC 8pfvC 8pfwC 8pfyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.720, 76.720, 38.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- HOH
2	1	A-343- HOH
3	1	A-372- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 144分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-YJT / 6,8-bis(4-fluorophenyl)-1,5-bis(oxidanyl)-2,4-dioxa-6,8-diaza-1$l^{4},5$l^{4}-diruthenabicyclo[3.3.0]octan-3-one 分子量: 528.392 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂F₂N₂O₅Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2 M sodium formate and 0.1 M Hepes, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.03→38.36 Å / Num. obs: 57486 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.03→1.04 Å / R_merge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2835 / CC_1/2: 0.858

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.03→38.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.455 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	2721	4.943 %
R_work	0.192	52328	-
all	0.193	-	-
obs	-	55049	96.391 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.285 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.025 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.025 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.03→38.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	51	137	1189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.011	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.933	1.68	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.635	1.581	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.993	5	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.403	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.733	10	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.482	10	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.295	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.202	1.134	539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.201	1.136	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.735	2.044	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.742	2.046	680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.397	1.45	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.317	1.423	558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.638	2.546	861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.714	2.494	818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.31	16.589	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.991	15.122	1348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.03-1.057	0.309	187	0.298	3050	X-RAY DIFFRACTION	77.7004
1.057-1.086	0.274	145	0.278	3363	X-RAY DIFFRACTION	85.9383
1.086-1.117	0.271	172	0.265	3445	X-RAY DIFFRACTION	92.0356
1.117-1.151	0.273	164	0.249	3460	X-RAY DIFFRACTION	95.3684
1.151-1.189	0.257	198	0.249	3498	X-RAY DIFFRACTION	98.8235
1.189-1.231	0.243	177	0.239	3416	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
1.231-1.277	0.23	210	0.233	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.9143
1.277-1.329	0.246	174	0.221	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.329-1.388	0.217	170	0.21	3050	X-RAY DIFFRACTION	99.9379
1.388-1.456	0.251	132	0.197	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.9677
1.456-1.535	0.23	147	0.191	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.8991
1.535-1.628	0.189	123	0.181	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.9277
1.628-1.74	0.205	131	0.181	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.879	0.187	118	0.169	2336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.879-2.058	0.225	126	0.169	2142	X-RAY DIFFRACTION	99.9559
2.058-2.3	0.204	102	0.157	1974	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.654	0.195	80	0.168	1773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.654-3.247	0.198	78	0.175	1499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.247-4.575	0.172	54	0.156	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
4.575-38.36	0.245	30	0.27	733	X-RAY DIFFRACTION	99.349

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 144分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 144分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 144分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)