PDB-8pfw: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pfw

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with K2[Ru2(DAniF)(CO3)3] in condition A

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2023
タイトル: Charge effect in protein metalation reactions by diruthenium complexes
著者: Herrero Dominguez, S. / Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pfw.cif.gz	45.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pfw.ent.gz	32.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pfw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pfw_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pfw_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8pfw_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	8pfw_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pftC 8pfuC 8pfvC 8pfxC 8pfyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.810, 77.810, 37.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-346- HOH
2	1	A-382- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 95分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-YWR / K2[Ru2(DAniF)(CO3)3] 分子量: 638.466 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆N₂O₁₁Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% ethylene glycol, 0.6 M NaNO3, 0.1 M NaOAc pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→55.02 Å / Num. obs: 44515 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.2
反射シェル	解像度: 1.12→1.14 Å / R_merge(I) obs: 1.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2171 / CC_1/2: 0.807

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.12→55.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 0.634 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	2291	5.147 %
R_work	0.2012	42224	-
all	0.203	-	-
obs	-	44515	99.624 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.804 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.043 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.043 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→55.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	109	87	1197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.691	1.782	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	1.582	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.687	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.246	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.296	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.938	10	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.69	1.686	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.69	1.684	540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.329	3.041	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.349	3.046	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.273	1.91	660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.362	2.004	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.501	3.464	981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.725	3.543	791
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.948	18.708	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.891	17.917	1314

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.12-1.149	0.291	168	0.293	2946	0.293	3245	0.941	0.944	95.963	0.276
1.149-1.181	0.277	167	0.275	2989	0.275	3167	0.948	0.949	99.6527	0.249
1.181-1.215	0.263	145	0.259	2935	0.259	3082	0.955	0.955	99.9351	0.227
1.215-1.252	0.296	135	0.255	2884	0.257	3019	0.944	0.959	100	0.218
1.252-1.293	0.239	159	0.232	2720	0.233	2881	0.961	0.964	99.9306	0.195
1.293-1.339	0.261	151	0.224	2684	0.226	2835	0.957	0.969	100	0.186
1.339-1.389	0.226	136	0.213	2581	0.214	2717	0.97	0.971	100	0.177
1.389-1.446	0.227	133	0.205	2489	0.206	2623	0.965	0.973	99.9619	0.175
1.446-1.51	0.247	155	0.202	2374	0.204	2529	0.958	0.974	100	0.177
1.51-1.584	0.226	108	0.194	2293	0.196	2402	0.968	0.975	99.9584	0.178
1.584-1.669	0.228	122	0.19	2194	0.192	2316	0.965	0.977	100	0.181
1.669-1.77	0.251	119	0.188	2070	0.191	2190	0.955	0.976	99.9543	0.185
1.77-1.892	0.224	104	0.186	1956	0.188	2060	0.968	0.977	100	0.191
1.892-2.044	0.228	94	0.186	1826	0.188	1920	0.969	0.978	100	0.204
2.044-2.239	0.221	95	0.181	1687	0.183	1782	0.966	0.978	100	0.204
2.239-2.502	0.22	77	0.182	1548	0.184	1625	0.966	0.978	100	0.213
2.502-2.888	0.255	74	0.185	1375	0.189	1449	0.966	0.977	100	0.219
2.888-3.535	0.226	62	0.188	1172	0.19	1236	0.972	0.978	99.8382	0.232
3.535-4.989	0.203	58	0.172	927	0.174	990	0.977	0.982	99.4949	0.221
4.989-55.02	0.367	28	0.317	561	0.319	600	0.937	0.935	98.1667	0.555

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