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- PDB-8pfv: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pfv
タイトルX-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with [Ru2Cl(DAniF)(O2CCH3)3] in condition A
要素Lysozyme C
キーワードPROTEIN BINDING / Ruthenium / Protein interaction / Metallodrug / Diruthenium / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Chem-YMQ / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2023
タイトル: Charge effect in protein metalation reactions by diruthenium complexes
著者: Herrero Dominguez, S. / Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Merlino, A.
履歴
登録2023年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / struct_asym / struct_conn
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly.details ..._entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_shell.R_factor_all / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free / _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.wR_factor_R_work / _reflns.d_resolution_low / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Ligand identity / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2789
ポリマ－14,3311
非ポリマー9478
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.350, 78.350, 37.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-327-

HOH

21AAA-336-

HOH

31AAA-375-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-YMQ / 9,11-bis(4-methoxyphenyl)-3,7-dimethyl-2,4,6,8-tetraoxa-9,11-diaza-1$l^{4},5$l^{4}-diruthenatricyclo[3.3.3.0^{1,5}]undecane


分子量: 578.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N2O6Ru2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% ethylene glycol, 0.6 M NaNO3, 0.1 M NaOAc pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→55.402 Å / Num. obs: 21101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.46→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1035 / CC1/2: 0.762

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→55.402 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.209 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 1.29 / SU ML: 0.049 / Average fsc free: 0.9342 / Average fsc work: 0.9459 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 1067 5.102 %
Rwork0.1795 19847 -
all0.181 --
obs-20914 99.928 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.018 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.018 Å2-0 Å2
3----0.037 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→55.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 51 78 1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0121116
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.014983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9961.6821514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6841.5982245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8175134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.04520.61565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.71515180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.2905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1210.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.180.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1550.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0142.171530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0032.164529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8223.262666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8233.269667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4482.602585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2762.564534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0193.732848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9913.706779
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.00226.3461318
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.99426.3241287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.46-1.4980.233820.24614450.24515270.9090.8951000.225
1.498-1.5390.262920.22313800.22514720.8920.9151000.198
1.539-1.5830.218690.21613750.21614440.9220.9251000.186
1.583-1.6320.196610.18913380.1913990.9250.941000.159
1.632-1.6860.296600.18512810.1913410.8990.9391000.152
1.686-1.7450.228620.19612560.19713180.9380.9361000.158
1.745-1.8110.253820.18412060.18812880.9190.9441000.153
1.811-1.8840.197680.17111680.17312360.9490.9561000.142
1.884-1.9680.209550.17211150.17411700.9530.961000.146
1.968-2.0640.237540.16410670.16711210.9330.9631000.145
2.064-2.1760.192640.16510210.16610850.9520.9641000.15
2.176-2.3070.201540.1539620.15610160.9570.9671000.144
2.307-2.4660.194550.1589070.169630.9590.96699.89620.157
2.466-2.6630.2510.1558480.1588990.960.9681000.155
2.663-2.9170.206410.1638080.1658500.960.96799.88240.171
2.917-3.260.149340.1687250.1687590.9650.9681000.189
3.26-3.7620.185270.1636590.1646870.9680.97299.85440.188
3.762-4.6030.262280.1545610.1585890.9460.9731000.195
4.603-6.4870.194200.2234430.2224690.9530.95198.72070.282
6.487-55.4020.3180.3182800.3182940.8920.90597.95920.433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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