PDB-8pft: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pft

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Lysozyme with K2[Ru2(D-p-FPhF)(CO3)3] in condition A

要素

Lysozyme C

キーワード

PROTEIN BINDING / ruthenium / protein interaction / metallodrug / diruthenium / hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.304 Å

データ登録者

Teran, A. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem Front / 年: 2023
タイトル: Charge effect in protein metalation reactions by diruthenium complexes
著者: Herrero Dominguez, S. / Teran, A. / Ferraro, G. / Sanchez-Pelaez, A.E. / Merlino, A.

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pft.cif.gz	44 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pft.ent.gz	30.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pft_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pft_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8pft_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	8pft_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pfuC 8pfvC 8pfwC 8pfxC 8pfyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.750, 77.750, 37.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-320- HOH
2	1	A-334- HOH
3	1	A-395- HOH
4	1	A-401- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 106分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-YJT / 6,8-bis(4-fluorophenyl)-1,5-bis(oxidanyl)-2,4-dioxa-6,8-diaza-1$l^{4},5$l^{4}-diruthenabicyclo[3.3.0]octan-3-one 分子量: 528.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂F₂N₂O₅Ru₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% ethylene glycol, 0.6 M NaNO3, 0.1 M NaOAc pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→54.98 Å / Num. obs: 22171 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 1.3→1.338 Å / R_merge(I) obs: 1.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1093 / CC_1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.304→54.978 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 1.324 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	1249	4.883 %
R_work	0.2031	24331	-
all	0.205	-	-
obs	-	22171	89.811 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.978 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.304→54.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	56	101	1158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.529	1.718	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.59	1.599	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.273	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.742	10	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.402	10	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	293
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.123	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.148	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.306	2.374	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.306	2.373	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.228	4.278	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.231	4.283	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.646	2.905	595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.671	2.818	537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.62	5.194	874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.701	4.969	784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.527	28.383	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.25	25.749	1255

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.304-1.338	0.317	19	0.335	359	0.334	2074	0.922	0.919	18.2257	0.33
1.338-1.374	0.338	68	0.326	1089	0.327	2000	0.925	0.931	57.85	0.317
1.374-1.414	0.353	79	0.303	1620	0.306	1985	0.927	0.941	85.5919	0.286
1.414-1.458	0.294	87	0.303	1788	0.303	1885	0.947	0.942	99.4695	0.277
1.458-1.506	0.287	83	0.284	1760	0.284	1845	0.946	0.952	99.8916	0.244
1.506-1.558	0.334	85	0.265	1720	0.268	1810	0.932	0.955	99.7238	0.222
1.558-1.617	0.319	83	0.249	1645	0.252	1734	0.937	0.962	99.654	0.204
1.617-1.683	0.291	88	0.235	1575	0.237	1664	0.95	0.966	99.9399	0.195
1.683-1.758	0.278	79	0.241	1520	0.242	1607	0.949	0.964	99.5022	0.199
1.758-1.844	0.268	78	0.221	1448	0.224	1536	0.956	0.97	99.349	0.191
1.844-1.943	0.254	73	0.219	1380	0.221	1469	0.962	0.971	98.9108	0.195
1.943-2.061	0.23	71	0.207	1318	0.208	1392	0.969	0.973	99.7845	0.193
2.061-2.203	0.263	58	0.189	1265	0.192	1326	0.959	0.978	99.7738	0.19
2.203-2.379	0.212	63	0.177	1157	0.179	1224	0.972	0.981	99.6732	0.185
2.379-2.606	0.234	67	0.18	1061	0.183	1130	0.966	0.979	99.823	0.197
2.606-2.913	0.197	36	0.177	1012	0.177	1051	0.976	0.98	99.7146	0.199
2.913-3.362	0.197	44	0.178	877	0.179	921	0.975	0.98	100	0.211
3.362-4.113	0.184	42	0.164	767	0.165	809	0.981	0.984	100	0.206
4.113-5.801	0.221	23	0.174	606	0.176	629	0.98	0.984	100	0.23
5.801-54.978	0.416	23	0.333	364	0.338	391	0.907	0.916	98.977	0.436

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