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- PDB-8pfh: Crystal structure of the yeast septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pfh
タイトルCrystal structure of the yeast septin complex Shs1-Cdc12-Cdc3-Cdc10
要素
  • CDC10 isoform 1
  • CDC12 isoform 1
  • Cell division control protein 3
  • SHS1 isoform 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Septins / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


septin ring disassembly / septin filament array / cellular bud neck septin ring organization / Gin4 complex / ascospore wall / mating projection base / cellular bud neck septin ring / septin complex / septin ring assembly / prospore membrane ...septin ring disassembly / septin filament array / cellular bud neck septin ring organization / Gin4 complex / ascospore wall / mating projection base / cellular bud neck septin ring / septin complex / septin ring assembly / prospore membrane / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / セプチン / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septum digestion after cytokinesis / cellular bud neck / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / cell division site / mitotic cytokinesis / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton / molecular adaptor activity / 細胞周期 / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / セプチン / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / セプチン / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CDC12 isoform 1 / CDC10 isoform 1 / SHS1 isoform 1 / Cell division control protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Grupp, B. / Denkhaus, L. / Gerhardt, S. / Gronemeyer, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The structure of a tetrameric septin complex reveals a hydrophobic element essential for NC-interface integrity.
著者: Grupp, B. / Denkhaus, L. / Gerhardt, S. / Vogele, M. / Johnsson, N. / Gronemeyer, T.
履歴
登録2023年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDC10 isoform 1
B: Cell division control protein 3
C: CDC12 isoform 1
D: SHS1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,9708
ポリマ－147,1984
非ポリマー1,7734
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)258.178, 69.373, 92.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.680, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 CDC10 isoform 1


分子量: 34658.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC10 / プラスミド: pACYC-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BSX4
#2: タンパク質 Cell division control protein 3


分子量: 38564.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC3, YLR314C, L8543.7 / プラスミド: pACYC-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P32457
#3: タンパク質 CDC12 isoform 1


分子量: 37554.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC12 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PZQ6
#4: タンパク質 SHS1 isoform 1


分子量: 36420.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SHS1 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H8UM78
#5: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 % PEG 5000, 0.3 M ammonium sulphate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.885602 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885602 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→121.55 Å / Num. obs: 15695 / % possible obs: 63.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.32 Å2 / CC1/2: 0.937 / Rpim(I) all: 0.334 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 3.24→3.65 Å / Num. unique obs: 786 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.877 / % possible all: 10.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.24→121.55 Å / SU ML: 0.3423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6657
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 779 4.96 %RANDOM
Rwork0.2822 14913 --
obs0.2826 15692 63.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→121.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8974 0 112 0 9086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.519112593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04111443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04363426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.24-3.450.242650.32184X-RAY DIFFRACTION4.59
3.45-3.710.2712550.3377889X-RAY DIFFRACTION23.08
3.71-4.080.35181280.3082345X-RAY DIFFRACTION60.32
4.09-4.680.27831800.27153538X-RAY DIFFRACTION90.33
4.68-5.890.26421900.2763938X-RAY DIFFRACTION99.66
5.89-121.550.29342210.27364019X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.434788443150.191290764167-0.8510786160651.80128770708-0.8803244984762.083806830550.2377175606430.03371226762560.326000576077-0.269267969311-0.09199948307060.027105606654-0.145873167182-0.110384160882-0.1409091316330.4232715494820.06379938916320.1396437950260.39522862201-0.002040850012650.318535330433-77.127666557254.013318277268.9492353257
22.69952235772-1.920206519350.6559729667142.26676404592-0.8185471743631.010610996620.08792488756330.2133540985530.00631297899492-0.104101423833-0.0444063238519-0.1794783527170.001907443767050.0223782898014-0.04584903834010.3467361315710.07705019777510.1422855660350.389672028456-0.01332638294980.340052852256-45.406152299531.897941901667.1687041934
32.21939707879-1.127687851110.416280350722.70240264068-0.437605349923-0.003531372763910.0402401252440.0740271378464-0.0424679960938-0.167150900824-0.003156027383570.115198867807-0.1735664984810.039544389449-0.04330189989930.479675520292-0.01519583310590.1706810562440.367539724265-0.09778978949760.324163777387-11.6331957594.8489903414766.7855380209
42.01753851822-1.42995811001-0.0451140003132.89017507911-0.1405265183131.488433631560.09741927020370.254943076886-0.0399888259729-0.377686026311-0.0225838341235-0.2281921570940.0544921874990.202060797452-0.04765827717530.391993359682-0.05325131459980.128740793420.32193939551-0.04936694907630.28974837943716.0220991688-20.441205347866.9889009951
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 31 through 401)AA31 - 3061 - 272
22(chain 'B' and resid 98 through 501)BC98 - 4091 - 287
33(chain 'C' and resid 12 through 401)CE12 - 3131 - 289
44(chain 'D' and resid 22 through 401)DG22 - 3391 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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