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万見
- PDB-8pfe: Crystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pfe
タイトルCrystal Structure of an Hexavariant of the b1 Domain of Human Neuropilin-1 in Complex with the KDKPPR Peptide
要素
  • LYS-ASP-LYS-PRO-PRO-ARG
  • Neuropilin-1
キーワードPROTEIN BINDING / NEUROPILIN-1 / HUMAN / BLOOD COAGULATION FACTORS / CELL ADHESION / BINDING SITES
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / postsynapse organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / axon extension involved in axon guidance / renal artery morphogenesis / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / neurofilament / sympathetic neuron projection extension / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / axonogenesis involved in innervation / CHL1 interactions / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / outflow tract septum morphogenesis / motor neuron axon guidance / regulation of Cdc42 protein signal transduction / axonal fasciculation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / sprouting angiogenesis / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / sorting endosome / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of phosphorylation / coreceptor activity / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / axon guidance / animal organ morphogenesis / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / vascular endothelial growth factor receptor activity / response to wounding / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / cell-cell signaling / heparin binding / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / Attachment and Entry / early endosome / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Neuropilin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Jelsch, C. / Favier, F. / Didierjean, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Not funded フランス
引用
ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: New Crystal Form of Human Neuropilin-1 b1 Fragment with Six Electrostatic Mutations Complexed with KDKPPR Peptide Ligand.
著者: Goudiaby, I. / Malliavin, T.E. / Mocchetti, E. / Mathiot, S. / Acherar, S. / Frochot, C. / Barberi-Heyob, M. / Guillot, B. / Favier, F. / Didierjean, C. / Jelsch, C.
#1: ジャーナル: Bioorg Med Chem / 年: 2016
タイトル: Carbohydrate-based peptidomimetics targeting neuropilin-1: Synthesis, molecular docking study and in vitro biological activities.
著者: Richard, M. / Chateau, A. / Jelsch, C. / Didierjean, C. / Manival, X. / Charron, C. / Maigret, B. / Barberi-Heyob, M. / Chapleur, Y. / Boura, C. / Pellegrini-Moise, N.
履歴
登録2023年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
B: LYS-ASP-LYS-PRO-PRO-ARG
C: Neuropilin-1
D: LYS-ASP-LYS-PRO-PRO-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1355
ポリマ－42,0764
非ポリマー591
水6,792377
1
A: Neuropilin-1
B: LYS-ASP-LYS-PRO-PRO-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0973
ポリマ－21,0382
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Neuropilin-1
D: LYS-ASP-LYS-PRO-PRO-ARG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0382
ポリマ－21,0382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.773, 59.773, 174.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 20295.021 Da / 分子数: 2 / 変異: E277K, E285K, D289K, E367K, K373E, K397E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fragment : hexavariant of the neuropilin-1 b1 domain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786
#2: タンパク質・ペプチド LYS-ASP-LYS-PRO-PRO-ARG


分子量: 742.886 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.3 ul protein + 0.3 ul crystallization solution (0.2 M ammonium citrate, 0.1 M bis-tris pH 5.5 and 25% w/v PEG 3350, from JCSGplus); soaked in their mother liquor supplemented with 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM07 / 波長: 0.979511 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979511 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→44.53 Å / Num. obs: 80230 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 21.14 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.033 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.681 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3895 / CC1/2: 0.685 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.779 / Χ2: 0.88 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (21-NOV-2022)精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データ削減
Aimlessversion 0.7.4 : 13/12/18データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→19.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU R Cruickshank DPI: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.058 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.055
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3976 4.96 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1949 80230 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6334 Å20 Å20 Å2
2---0.6334 Å20 Å2
3---1.2668 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 4 377 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125313HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.159650HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1590SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes808HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2675HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion357SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5057SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.36 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 -4.8 %
Rwork0.2826 1528 -
all0.2823 1605 -
obs--93.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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