PDB-8pfc: Crystal structure of binary complex between Aster yellows witches...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pfc

タイトル

Crystal structure of binary complex between Aster yellows witches'-broom phytoplasma effector SAP05 and the zinc finger domain of SPL5 from Arabidopsis thaliana

要素

Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein
Squamosa promoter-binding-like protein 5

キーワード

PROTEIN BINDING / Targeted protein degradation / ubiquitin-independent / bacterial effector protein / 26S proteasome

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of vegetative phase change / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aster yellows witches'-broom phytoplasma AYWB (バクテリア)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Huang, W. / Liu, Q. / Maqbool, A. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Kamoun, S. / Hogenhout, S.A.

資金援助

フランス,

英国, 4件

組織	認可番号	国
Human Frontier Science Program (HFSP)	RGP0024/2015	フランス
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/X024415/1	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BBS/E/J/000PR9797	英国
John Innes Foundation	None	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Bimodular architecture of bacterial effector SAP05 that drives ubiquitin-independent targeted protein degradation.
著者: Liu, Q. / Maqbool, A. / Mirkin, F.G. / Singh, Y. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Kamoun, S. / Huang, W. / Hogenhout, S.A.

履歴

登録	2023年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pfc.cif.gz	558.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pfc.ent.gz	458.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pfc_validation.pdf.gz	8.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pfc_full_validation.pdf.gz	8.1 MB	表示
XML形式データ	8pfc_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	8pfc_validation.cif.gz	67.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pfdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

B: Squamosa promoter-binding-like protein 5

C: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

D: Squamosa promoter-binding-like protein 5

E: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

F: Squamosa promoter-binding-like protein 5

G: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

H: Squamosa promoter-binding-like protein 5

I: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

J: Squamosa promoter-binding-like protein 5

K: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

L: Squamosa promoter-binding-like protein 5

M: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

N: Squamosa promoter-binding-like protein 5

O: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

P: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

166 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

B: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

D: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

F: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

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20.7 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

H: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

J: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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6

K: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

L: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

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20.7 kDa, 2 ポリマー
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7

M: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

N: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

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20.7 kDa, 2 ポリマー
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8

O: Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein

P: Squamosa promoter-binding-like protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.686, 165.019, 80.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Sequence-variable mosaic (SVM) signal sequence domain-containing protein 分子量: 12310.920 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The crystallized sequence corresponds to residues 33-135 of the full 135-residue wild-type sequence, which is prepended by a GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of the affinity tag. 由来: (組換発現) Aster yellows witches'-broom phytoplasma AYWB (バクテリア) 遺伝子: AYWB_032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2NK94
#2: タンパク質	Squamosa promoter-binding-like protein 5 分子量: 8228.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The crystallised sequence corresponds to residues 60-127 of the full 181-residue wild-type sequence, which is prepended by a GLY-PRO dipeptide left over from cleavage of the affinity tag. 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SPL5, At3g15270, K7L4.7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9S758
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→82.51 Å / Num. obs: 98262 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 1386043
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 2.104 / Num. unique obs: 4890 / CC_1/2: 0.791 / R_pim(I) all: 0.577 / R_rim(I) all: 2.182 / Χ²: 0.89 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→74.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 18.5 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25069	4855	4.9 %	RANDOM
R_work	0.22301	-	-	-
obs	0.22438	93364	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.26 Å²	-0 Å²	2.34 Å²
2-	-	-4.47 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→74.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10736	0	20	317	11073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10953
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	10270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.651	14726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.214	1.595	23494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.13	5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.93	21.437	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.921	15	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.425	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.981	3.743	5232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.981	3.742	5231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.225	5.614	6512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.225	5.614	6513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.434	4.077	5721
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.434	4.077	5722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.323	5.981	8214
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.904	42.221	11724
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.907	42.124	11695
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3120	0.07
1	2	C	3120	0.07
2	1	A	3224	0.05
2	2	E	3224	0.05
3	1	A	3192	0.05
3	2	G	3192	0.05
4	1	A	3110	0.07
4	2	I	3110	0.07
5	1	A	3201	0.06
5	2	K	3201	0.06
6	1	A	3148	0.08
6	2	M	3148	0.08
7	1	A	3155	0.07
7	2	O	3155	0.07
8	1	B	2002	0.08
8	2	D	2002	0.08
9	1	B	2041	0.04
9	2	F	2041	0.04
10	1	B	2020	0.05
10	2	H	2020	0.05
11	1	B	1963	0.06
11	2	J	1963	0.06
12	1	B	2022	0.05
12	2	L	2022	0.05
13	1	B	1954	0.06
13	2	N	1954	0.06
14	1	B	1932	0.07
14	2	P	1932	0.07
15	1	C	3118	0.07
15	2	E	3118	0.07
16	1	C	3095	0.07
16	2	G	3095	0.07
17	1	C	3128	0.06
17	2	I	3128	0.06
18	1	C	3127	0.06
18	2	K	3127	0.06
19	1	C	3177	0.04
19	2	M	3177	0.04
20	1	C	3172	0.06
20	2	O	3172	0.06
21	1	D	2009	0.07
21	2	F	2009	0.07
22	1	D	2009	0.06
22	2	H	2009	0.06
23	1	D	1991	0.06
23	2	J	1991	0.06
24	1	D	2007	0.06
24	2	L	2007	0.06
25	1	D	1973	0.07
25	2	N	1973	0.07
26	1	D	1969	0.07
26	2	P	1969	0.07
27	1	E	3185	0.05
27	2	G	3185	0.05
28	1	E	3105	0.07
28	2	I	3105	0.07
29	1	E	3204	0.05
29	2	K	3204	0.05
30	1	E	3150	0.07
30	2	M	3150	0.07
31	1	E	3148	0.07
31	2	O	3148	0.07
32	1	F	2029	0.04
32	2	H	2029	0.04
33	1	F	1972	0.04
33	2	J	1972	0.04
34	1	F	2032	0.04
34	2	L	2032	0.04
35	1	F	1957	0.05
35	2	N	1957	0.05
36	1	F	1946	0.06
36	2	P	1946	0.06
37	1	G	3090	0.07
37	2	I	3090	0.07
38	1	G	3182	0.05
38	2	K	3182	0.05
39	1	G	3119	0.08
39	2	M	3119	0.08
40	1	G	3114	0.08
40	2	O	3114	0.08
41	1	H	2001	0.05
41	2	J	2001	0.05
42	1	H	2087	0.04
42	2	L	2087	0.04
43	1	H	1983	0.05
43	2	N	1983	0.05
44	1	H	1969	0.06
44	2	P	1969	0.06
45	1	I	3107	0.07
45	2	K	3107	0.07
46	1	I	3161	0.05
46	2	M	3161	0.05
47	1	I	3176	0.06
47	2	O	3176	0.06
48	1	J	1998	0.05
48	2	L	1998	0.05
49	1	J	1957	0.07
49	2	N	1957	0.07
50	1	J	1984	0.06
50	2	P	1984	0.06
51	1	K	3156	0.07
51	2	M	3156	0.07
52	1	K	3152	0.08
52	2	O	3152	0.08
53	1	L	1981	0.06
53	2	N	1981	0.06
54	1	L	1967	0.06
54	2	P	1967	0.06
55	1	M	3208	0.04
55	2	O	3208	0.04
56	1	N	1933	0.07
56	2	P	1933	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	333	-
R_work	0.402	6917	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7948	0.3632	-2.5735	2.8069	0.3131	8.2444	0.0386	-0.1059	0.2515	-0.427	-0.0077	-0.2561	-0.324	0.6977	-0.0309	0.1639	0.002	0.0229	0.282	-0.0085	0.1974	-9.645	10.78	-11.697
2	3.0911	-0.4599	-1.2483	4.5472	-0.9914	6.1326	-0.1656	0.0293	-0.1456	-0.5757	0.0166	-0.1355	0.6552	0.1091	0.149	0.151	0.0089	-0.0237	0.1441	-0.0395	0.1394	-21.537	-0.045	3.821
3	4.4243	-0.5615	0.1784	6.3527	-1.4975	3.957	0.0161	-0.3898	-0.3679	0.8349	-0.0461	-0.4193	0.046	0.1538	0.03	0.2715	-0.0051	0.0025	0.1671	0.0649	0.3771	-6.756	-25.633	-14.848
4	5.6314	-2.1034	-2.3482	7.139	2.2852	5.572	-0.1264	0.3745	-0.0271	0.2764	-0.2654	0.6077	0.442	-0.6282	0.3918	0.0511	-0.05	-0.0138	0.2295	0.0114	0.3155	-22.549	-12.093	-23.348
5	3.7066	0.3626	-1.0595	2.4893	0.355	6.9064	-0.0415	0.1299	0.2069	-0.4757	-0.0021	-0.2864	-0.1911	0.3894	0.0436	0.3512	-0.0353	0.1012	0.1803	-0.0192	0.2289	30.459	11.351	-14.226
6	3.1953	0.3296	-2.2244	4.5494	-0.3912	4.2517	-0.059	-0.0707	-0.1403	-0.4203	0.052	-0.0729	0.1467	0.0744	0.0071	0.092	-0.0019	-0.0765	0.1519	-0.0189	0.1449	18.868	0.295	1.442
7	3.4082	0.0221	-1.2346	2.4307	-0.5397	7.0198	0.0269	0.2081	-0.2328	-0.113	-0.012	0.0408	0.1039	-0.0635	-0.0149	0.0697	0.0381	-0.0341	0.1208	0.0027	0.1615	3.741	-9.333	19.209
8	1.678	0.6817	-0.167	5.9587	-1.5823	5.9048	0.1632	-0.0443	0.1298	0.2938	-0.0057	0.0672	-0.6065	0.019	-0.1575	0.1624	0.0127	0.0722	0.1111	0.0152	0.1749	2.697	1.658	38.734
9	5.2158	-1.6296	-0.1096	7.4299	1.1028	4.8046	0.0132	-0.1779	-0.1177	0.2069	0.1139	1.1283	-0.4702	-0.3862	-0.1271	0.0992	0.0487	-0.0534	0.1726	-0.012	0.5722	5.127	28.037	16.424
10	4.1346	-1.8727	-0.7145	9.9703	1.0059	8.1219	-0.2125	-0.4851	-0.1063	0.6844	0.2921	0.0216	0.26	0.6556	-0.0797	0.0691	0.0446	-0.0541	0.2573	-0.0584	0.2149	22.336	13.396	17.906
11	3.9728	0.9207	-2.5582	3.8581	-1.0554	7.2811	-0.373	0.5054	-0.1945	-0.2361	0.2611	0.236	0.8956	-0.4841	0.1119	0.1756	-0.0755	-0.0649	0.2638	-0.0037	0.1569	42.081	-9.493	21.716
12	1.5579	0.391	-0.5288	4.7298	-0.8921	5.9595	0.0132	0.0528	0.045	0.1859	0.0003	0.0686	-0.2304	-0.113	-0.0135	0.071	0.043	0.0158	0.1514	0.0199	0.1686	41.517	1.266	41.4
13	4.2671	-1.1144	-0.0635	6.6281	-1.3741	4.6875	-0.005	-0.3876	-0.2327	0.6095	-0.0911	-0.4374	0.0063	0.2007	0.0961	0.0906	-0.0396	-0.1308	0.1657	0.0626	0.3271	32.7	-25.644	-17.15
14	5.1742	-1.0395	-2.5161	7.2092	-1.6093	5.4039	0.1404	0.2331	0.0719	0.513	0.0246	0.635	-0.2991	-0.6596	-0.1651	0.0596	0.0253	0.0008	0.2156	0.0421	0.2853	17.346	-12.004	-25.69
15	4.593	-1.249	-0.1023	7.3321	1.1636	4.6195	-0.0133	-0.0833	0.1405	0.0497	-0.0032	0.8655	-0.307	-0.4127	0.0165	0.0495	0.0378	-0.0728	0.1777	-0.053	0.4166	44.128	28.053	18.474
16	2.326	-0.2091	-1.5686	8.6699	1.2748	9.1546	-0.0349	-0.3029	-0.0198	0.7236	0.1621	-0.1887	0.4658	0.9259	-0.1271	0.1072	0.082	-0.0991	0.3034	-0.0838	0.2035	60.388	12.864	20.679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	61 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	61 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	36 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	61 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	36 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	60 - 127
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	36 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	61 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	36 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	58 - 127
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	36 - 132
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	62 - 127
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	36 - 132
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	61 - 126

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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