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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pf4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trypanosoma brucei trypanothione reductase in complex with 4-(((5-((4-fluorophenethyl)carbamoyl)furan-2-yl)methyl)(4-fluorophenyl)carbamoyl)-1-methyl-1-(3-phenylpropyl)piperazin-1-ium | ||||||
要素 | Trypanothione reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase activity / nucleotide binding / flavoenzyme / inhibitor binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å | ||||||
データ登録者 | Exertier, C. / Ilari, A. / Fiorillo, A. / Antonelli, L. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Fragment Merging, Growing, and Linking Identify New Trypanothione Reductase Inhibitors for Leishmaniasis. 著者: Exertier, C. / Salerno, A. / Antonelli, L. / Fiorillo, A. / Ocello, R. / Seghetti, F. / Caciolla, J. / Uliassi, E. / Masetti, M. / Fiorentino, E. / Orsini, S. / Di Muccio, T. / Ilari, A. / Bolognesi, M.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pf4.cif.gz | 426.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pf4.ent.gz | 346.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pf4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pf4_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pf4_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pf4_validation.xml.gz | 84.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pf4_validation.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pf4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pf3C 8pf5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 53497.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Owing to the flexibility of terminal segments, the electronic density is poorly defined which prevent us from being able to reconstruct the first G and the last four DSNL residues. 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: DPX39_100110900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3L6KZJ1, trypanothione-disulfide reductase |
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-非ポリマー , 6種, 1233分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-YIA / ~{ 分子量: 601.706 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H39F2N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-IMD / #6: 化合物 | ChemComp-DMS / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 13-15% PEG3350, 22-24% MPD, 40 mM imidazole pH 7.5, 50 mM NaBr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→167.74 Å / Num. obs: 135585 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6779 / CC1/2: 0.655 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→167.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.276 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.457 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.84→167.74 Å
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拘束条件 |
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