PDB-8pf2: Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pf2

タイトル

Structure of the Histidine Kinase CheA ATP-Binding domain in complex with compound ODDHK16

要素

Chemotaxis protein CheA

キーワード

SIGNALING PROTEIN / inhibitor / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / chemotaxis / protein domain specific binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Adhav, A. / Marina, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2024
タイトル: Repurposing Hsp90 inhibitors as antimicrobials targeting two-component systems identifies compounds leading to loss of bacterial membrane integrity.
著者: Fernandez-Ciruelos, B. / Albanese, M. / Adhav, A. / Solomin, V. / Ritchie-Martinez, A. / Taverne, F. / Velikova, N. / Jirgensons, A. / Marina, A. / Finn, P.W. / Wells, J.M.

履歴

登録	2023年6月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pf2.cif.gz	356.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pf2.ent.gz	222.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/8pf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5)

登録構造単位

B: Chemotaxis protein CheA

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Chemotaxis protein CheA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.966, 59.120, 67.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.277, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 187 / Label seq-ID: 5 - 187

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Chemotaxis protein CheA 分子量: 21079.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: cheA, TM_0702 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56310, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-RCO / RESORCINOL / 1,3-BENZENEDIOL / 1,3-DIHYDROXYBENZENE / レゾルシノ-ル分子量: 110.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.63 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 8000 30% Ammonium acetate 0.6 M Sodium acetate 0.065 M ph 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97951 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→66.524 Å / Num. obs: 18456 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.205 / Num. unique obs: 1301 / CC_1/2: 0.682 / R_pim(I) all: 0.796 / R_rim(I) all: 1.451

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
REFMAC	5.8.0415	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→66.524 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 10.86 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2455	946	5.129 %
R_work	0.185	17497	-
all	0.188	-	-
obs	-	18443	98.605 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.347 Å²	0 Å²	-1.54 Å²
2-	-	0.805 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.906 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→66.524 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2680	0	16	28	2724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.169	1.644	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	1.576	6305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.815	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.638	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	19.276	20	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.809	10	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.848	10	119
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.371	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.365	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.265	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.145	2.728	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.14	2.728	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.276	4.861	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.275	4.864	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.449	3.682	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.447	3.683	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.867	6.319	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.864	6.321	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.833	40.732	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.839	40.741	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.164	0.05	4851

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16359	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16359	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.265	73	0.2	1301	0.204	1386	0.96	0.974	99.1342	0.184
2.155-2.213	0.247	75	0.18	1212	0.184	1303	0.962	0.981	98.7721	0.167
2.213-2.278	0.219	74	0.184	1237	0.186	1328	0.974	0.98	98.7199	0.17
2.278-2.348	0.281	60	0.176	1168	0.18	1249	0.96	0.982	98.3187	0.161
2.348-2.424	0.297	56	0.172	1165	0.178	1238	0.956	0.983	98.6268	0.163
2.424-2.509	0.232	57	0.179	1093	0.182	1173	0.973	0.981	98.0392	0.168
2.509-2.604	0.247	67	0.18	1077	0.184	1147	0.964	0.981	99.7384	0.171
2.604-2.71	0.233	60	0.174	1044	0.177	1111	0.97	0.984	99.3699	0.166
2.71-2.83	0.203	49	0.163	996	0.165	1058	0.975	0.984	98.7713	0.161
2.83-2.968	0.27	55	0.173	955	0.178	1025	0.961	0.983	98.5366	0.176
2.968-3.129	0.224	48	0.174	897	0.177	965	0.962	0.981	97.9275	0.178
3.129-3.318	0.208	45	0.191	840	0.192	905	0.97	0.978	97.7901	0.204
3.318-3.546	0.261	41	0.19	810	0.193	854	0.961	0.978	99.6487	0.2
3.546-3.83	0.252	51	0.18	749	0.184	804	0.959	0.981	99.5025	0.197
3.83-4.194	0.222	39	0.166	699	0.169	751	0.974	0.985	98.269	0.191
4.194-4.686	0.193	32	0.164	608	0.165	672	0.981	0.984	95.2381	0.199
4.686-5.407	0.275	20	0.193	565	0.195	588	0.97	0.982	99.4898	0.24
5.407-6.611	0.215	27	0.287	490	0.283	518	0.97	0.963	99.807	0.347
6.611-9.304	0.199	8	0.2	368	0.2	394	0.976	0.977	95.4315	0.275
9.304-66.524	0.568	9	0.197	222	0.208	234	0.818	0.97	98.7179	0.268

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0189	0.3791	-0.3916	1.012	-0.7505	2.1594	0.0029	0.0464	-0.0733	-0.0368	0.0308	0.0068	0.1029	0.034	-0.0338	0.049	0.0052	0.0197	0.0138	-0.0166	0.0409	-19.5087	18.2864	27.5056
2	2.2437	0.1592	-0.4362	1.649	-0.1708	0.7485	0.0292	0.0977	-0.0992	-0.0698	-0.0285	0.0554	0.0759	-0.0423	-0.0007	0.0563	-0.0083	0.0167	0.0076	-0.0092	0.0185	1.565	-5.0976	7.5377

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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