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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8peu | ||||||
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タイトル | Rho-ATPgS-Psu complex I | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Transcription termination / Phage inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated activation of host transcription / ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Enterobacteria phage P4 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Gjorgjevikj, D. / Wahl, M.C. / Hilal, T. / Loll, B. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Rho-ATPgS-Psu complex I 著者: Gjorgjevikj, D. / Wahl, M.C. / Hilal, T. / Loll, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8peu.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8peu.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8peu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8peu_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8peu_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8peu_validation.xml.gz | 173.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8peu_validation.cif.gz | 271.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/8peu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/8peu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47070.168 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: rho, AC789_1c41660, ACN002_3874, EL75_4398, EL79_4648, EL80_4555 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0A0GPI6, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #2: タンパク質 | 分子量: 21393.064 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage P4 (ファージ) 遺伝子: psu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05460 #3: 化合物 | ChemComp-AGS / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 40.57 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6066 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1815462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73056 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: Crystal structures of Rho (PDB ID: 1PV4) and Psu (PDB ID: 3RX6) were manually placed in the cryoEM reconstructions and each protomer was adjusted by rigid body fitting and segmental real- ...詳細: Crystal structures of Rho (PDB ID: 1PV4) and Psu (PDB ID: 3RX6) were manually placed in the cryoEM reconstructions and each protomer was adjusted by rigid body fitting and segmental real-space refinement using Coot (version 0.9.6). The models were refined by iterative rounds of real space refinement in PHENIX (version 1.20_4459) and manual adjustment in Coot. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 167.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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