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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pek | |||||||||
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タイトル | Structure of the dimeric, periplasmic domain of ExbD | |||||||||
要素 | Biopolymer transport protein ExbD | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ton / tonb-binding / exbb-integrated / periplasmic / exbb-exbd / dimer | |||||||||
機能・相同性 | TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / transmembrane transporter activity / protein transport / plasma membrane / Biopolymer transport protein ExbD 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Serratia marcescens (霊菌) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Zinke, M. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Ton motor conformational switch and peptidoglycan role in bacterial nutrient uptake. 著者: Zinke, M. / Lejeune, M. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Boneca, I.G. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Ton Motor Conformational Switch and Peptidoglycan Role in Bacterial Nutrient Uptake. 著者: Zinke, M. / Lejeune, M. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Boneca, I.G. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pek.cif.gz | 650.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pek.ent.gz | 550.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pek.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pek_validation.pdf.gz | 547.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pek_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pek_validation.xml.gz | 158.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pek_validation.cif.gz | 161.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/8pek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/8pek | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8p9rC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10870.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) 遺伝子: exbD, AN695_0216350, AR325_24260, BVG93_18405, BVG97_18665, C3R40_07870, CHR63_10945, DMW43_16865, FOT62_00910, HMI62_22190, HP475_23720 プラスミド: pet30(a)+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Escherichia coli / 参照: UniProt: V5YUQ0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.3 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 293.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |