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万見
- PDB-8pek: Structure of the dimeric, periplasmic domain of ExbD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pek
タイトルStructure of the dimeric, periplasmic domain of ExbD
要素Biopolymer transport protein ExbD
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ton / tonb-binding / exbb-integrated / periplasmic / exbb-exbd / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #270 / TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Zinke, M. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE11-0039 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CONV-0005 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ton motor conformational switch and peptidoglycan role in bacterial nutrient uptake.
著者: Zinke, M. / Lejeune, M. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Boneca, I.G. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Ton Motor Conformational Switch and Peptidoglycan Role in Bacterial Nutrient Uptake.
著者: Zinke, M. / Lejeune, M. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Boneca, I.G. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport protein ExbD
B: Biopolymer transport protein ExbD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7412
ポリマ－21,7412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4120 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8760 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #7medoid

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要素

#1: タンパク質 Biopolymer transport protein ExbD


分子量: 10870.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌)
遺伝子: exbD, AN695_0216350, AR325_24260, BVG93_18405, BVG97_18665, C3R40_07870, CHR63_10945, DMW43_16865, FOT62_00910, HMI62_22190, HP475_23720
プラスミド: pet30(a)+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Escherichia coli / 参照: UniProt: V5YUQ0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CO)CA
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HN(COCA)CB
171isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1101isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1111isotropic12D 1H-15N TROSY
1121isotropic12D 1H-15N HSQC
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1152isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1163isotropic13D HNCO hydrogen bond detection
1174isotropic23D DOUBLY-FILTERED 1H-13C NOESY
1184isotropic23D DOUBLY-FILTERED 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution150 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] periplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens, 90% H2O/10% D2O15N13C_ExbD_Sm90% H2O/10% D2O
solution250 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] periplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens, 100% D2O15N13C_ExbD_Sm_in_D2O100% D2O
solution350 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H] periplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens, 90% H2O/10% D2O2H15N13C_ExbD_Sm90% H2O/10% D2O
solution450 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H; natural abundance] periplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens, 90% H2O/10% D2O15N13C_ExbD_Sm_mixed90% H2O/10% D2Omixed sample of natural abundance ExbD_Sm and 15N13C ExbD_Sm to acquire intermolecular NOEs
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1.5 mMperiplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1.5 mMperiplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMperiplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens[U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H]3
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMperiplasmic domain of ExbD from Serratia marcescens[U-100% 13C; U-100% 15N; U-95% 2H; natural abundance]4
試料状態イオン強度: 0.3 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 293.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis Assign3.1Skinner SP, Fogh RH, Boucher W, Ragan TJ, Mureddu LG, and Vuister GWchemical shift assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA2.3.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.5Vranken WF, Boucher W, Stevens TJ, Fogh RH, Pajon A, Llinas M, Ulrich EL, Markley JL, Ionides J, and Laue EDpeak picking
NMRPipe10.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
TALOS-N4.12Shen and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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