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- PDB-8peh: Crystal structure of Lotus japonicus SYMRK kinase domain D738N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8peh
タイトルCrystal structure of Lotus japonicus SYMRK kinase domain D738N
要素Receptor-like kinase SYMRK
キーワードPLANT PROTEIN / Kinase / Symbiosis / Plant / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Malectin-like domain / Malectin-like domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Malectin-like domain / Malectin-like domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-like kinase SYMRK
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Noergaard, M.M.M. / Gysel, K. / Hansen, S.B. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 米国, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF19SA0059362 デンマーク
Bill & Melinda Gates FoundationOPP11772165 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Phosphorylation of the alpha-I motif in SYMRK drives root nodule organogenesis.
著者: Abel, N.B. / Norgaard, M.M.M. / Hansen, S.B. / Gysel, K. / Diez, I.A. / Jensen, O.N. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Receptor-like kinase SYMRK
C: Receptor-like kinase SYMRK
A: Receptor-like kinase SYMRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,82627
ポリマ－100,8273
非ポリマー2,00024
水9,206511
1
B: Receptor-like kinase SYMRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,50211
ポリマ－33,6091
非ポリマー89310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Receptor-like kinase SYMRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2089
ポリマ－33,6091
非ポリマー5998
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Receptor-like kinase SYMRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1177
ポリマ－33,6091
非ポリマー5086
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.870, 77.960, 101.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-like kinase SYMRK


分子量: 33608.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 株: Gifu / 詳細 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8LKX1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5 1.26 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.59 Å / Num. obs: 80272 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 34.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1228 / Rpim(I) all: 0.05039 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 9.16
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 7828 / CC1/2: 0.638 / CC star: 0.883 / Rpim(I) all: 0.6385 / Rrim(I) all: 1.695 / % possible all: 95.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→41.59 Å / SU ML: 0.2693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 3738 4.66 %
Rwork0.1952 76506 -
obs0.1968 80244 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6797 0 111 511 7419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00627088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77879600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05071052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.44762605
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.970.42841100.38752773X-RAY DIFFRACTION95.5
1.97-20.37891410.35672776X-RAY DIFFRACTION96.05
2-2.030.33871450.30882762X-RAY DIFFRACTION96.13
2.03-2.060.29911550.27632815X-RAY DIFFRACTION96.46
2.06-2.090.32061290.26662753X-RAY DIFFRACTION96.42
2.09-2.120.29691460.25282796X-RAY DIFFRACTION96.59
2.12-2.160.29051120.24712826X-RAY DIFFRACTION96.74
2.16-2.190.27381710.24292746X-RAY DIFFRACTION96.43
2.19-2.230.27611270.23692800X-RAY DIFFRACTION96.28
2.23-2.280.25291080.23452821X-RAY DIFFRACTION96.38
2.28-2.320.24911490.22912789X-RAY DIFFRACTION97.58
2.32-2.370.26871510.22692848X-RAY DIFFRACTION97.15
2.37-2.430.31231370.22022805X-RAY DIFFRACTION97.19
2.43-2.490.2591390.21142826X-RAY DIFFRACTION97.56
2.49-2.560.2271500.1912830X-RAY DIFFRACTION97.67
2.56-2.630.25091200.19992844X-RAY DIFFRACTION97.79
2.63-2.720.23081560.19922857X-RAY DIFFRACTION98.05
2.72-2.810.23641200.19472850X-RAY DIFFRACTION98.12
2.81-2.920.20681550.18882842X-RAY DIFFRACTION98.17
2.92-3.060.26711300.20162885X-RAY DIFFRACTION98.3
3.06-3.220.22561420.19292855X-RAY DIFFRACTION98.36
3.22-3.420.23431440.19062887X-RAY DIFFRACTION98.6
3.42-3.680.19631250.17182861X-RAY DIFFRACTION98.58
3.68-4.060.16171620.16252887X-RAY DIFFRACTION98.58
4.06-4.640.23941320.14842896X-RAY DIFFRACTION98.73
4.64-5.840.21171420.17312895X-RAY DIFFRACTION98.13
5.85-41.590.2121400.19352981X-RAY DIFFRACTION98.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9334274277-0.189740530633-2.452498633721.522907846971.218547712023.60256454001-0.2745686943830.688651829356-0.267698655805-0.5318310259520.29118793959-0.2252686832240.3972181757320.364479979953-0.02934317820840.5043461028460.03529703330920.08592572121960.36037930821-0.01011094472860.402079314154-2.20020922159-43.835139767414.7985651768
22.94591185616-0.2871802941990.6481592410752.15885745732-0.3018115564173.39743961024-0.06366601776210.0149010393041-0.03733673581590.01328756508210.0323647755469-0.03582023757220.101593209454-0.05305705153590.03926786085980.206760687757-0.001902445294240.02208617690110.15950159524-0.009617557246180.18353557116-20.8972195258-31.851029562527.3904342431
32.075396086382.420209392342.951458573563.190068970593.552959507164.47887177133-0.0375739964156-0.1384222488150.103614145084-0.0701982488788-0.1837455911240.3268936406860.124313100641-0.4751604595120.2194311941080.353772367113-0.0458463421220.02936154733470.3281414297030.01618204088570.306189464503-42.9854551631-36.7839479773-14.5155346007
42.636037709290.66444888812-0.5609191283852.10267305786-1.728070028525.30403870254-0.06811226896890.0299293841316-0.06671563772-0.179790941436-0.038230724052-0.2350758094350.06687343619930.4739048511810.0787800257420.3166909956480.002146915732570.0002360095550460.280866704595-0.002781839468090.238534796239-22.6480537378-28.0801634327-6.67072042388
55.617493594620.7185699227570.5458943883838.626048669452.474308809036.558327012530.126688974364-0.3191497336080.292560669730.375110251134-0.2558404446010.802187170101-0.129434192491-0.7260515428220.09481890143920.2730404761620.0161815283170.03746839397120.329009530825-0.08602224877940.339541410315-54.0308147663-39.264005201355.2386565653
61.032482935251.509941598850.4476510553384.84324285862.59729365733.976579414960.0552059854172-0.1279049814430.227481851940.0407181679219-0.1240469385660.183107582814-0.286183826235-0.267843131639-0.02004304592840.2516667103590.0529342536042-0.005623981595120.245340520350.02032109558070.278167583116-49.6458722632-49.481754881346.1372218792
75.069539730370.525646318035-3.470486927415.73571322911-1.192768392595.872783180540.0909857593111-0.4656834042260.2263486314520.154827287511-0.0460649133772-0.53292825293-0.3752669254720.156248037601-0.003117031078090.3052848439850.01541797167280.01070690933740.289838274417-0.06814741309140.330784285911-46.7743049711-52.610013864943.405810716
82.466719948250.151759500354-0.9949623748272.70737695226-1.032743240814.037231340390.002031763328340.164204996263-0.0538405704284-0.181079738411-0.014631781521-0.04572894054050.2799293781-0.3330707546580.01252399862310.233990993445-0.01242190627230.0008220850076270.187521874882-0.03864824857570.188421084971-50.3099272014-69.585624549739.3326376012
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 580 through 680 )BA580 - 6801 - 101
22chain 'B' and (resid 681 through 877 )BA681 - 877102 - 290
33chain 'C' and (resid 580 through 741 )CB580 - 7411 - 162
44chain 'C' and (resid 742 through 875 )CB742 - 875163 - 287
55chain 'A' and (resid 578 through 624 )AC578 - 6241 - 47
66chain 'A' and (resid 625 through 709 )AC625 - 70948 - 132
77chain 'A' and (resid 710 through 741 )AC710 - 741133 - 164
88chain 'A' and (resid 758 through 875 )AC758 - 875165 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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