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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pc7 | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ESTER-HYDROLASE EH3 FROM THE METAGENOME OF MARINE SEDIMENTS AT MILAZZO HARBOR (SICILY, ITALY) COMPLEXED WITH A DERIVATIVE OF BIPYRIDINE PHOSPHONATE | |||||||||
![]() | Esterase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Ester Hydrolase / Complex | |||||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / triacylglycerol lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZK8 / Esterase![]() | |||||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cea-Rama, I. / Sanz-Aparicio, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Transforming an esterase into an enantioselective catecholase through bioconjugation of a versatile metal-chelating inhibitor. 著者: Fernandez-Lopez, L. / Cea-Rama, I. / Alvarez-Malmagro, J. / Ressmann, A.K. / Gonzalez-Alfonso, J.L. / Coscolin, C. / Shahgaldian, P. / Plou, F.J. / Modregger, J. / Pita, M. / Sanz-Aparicio, J. / Ferrer, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 262.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40217.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZK8 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 % / 解説: Plaque |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月2日 / 詳細: KB focusing mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979181 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.35 Å / Num. obs: 57906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 4513 / CC1/2: 0.884 / Rpim(I) all: 0.231 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.276 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→47.35 Å
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拘束条件 |
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