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万見
- PDB-8pbv: Solution NMR structure of D. melanogaster TotA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pbv
タイトルSolution NMR structure of D. melanogaster TotA
要素Protein Turandot A
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Turandot / antimicrobial peptide / TotA / stress
機能・相同性
機能・相同性情報


response to mercury ion / response to water deprivation / response to methylmercury / response to UV / response to mechanical stimulus / response to cold / response to bacterium / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / cellular response to oxidative stress ...response to mercury ion / response to water deprivation / response to methylmercury / response to UV / response to mechanical stimulus / response to cold / response to bacterium / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / cellular response to oxidative stress / cellular response to heat / response to heat / response to oxidative stress / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Stress-inducible humoral factor Turandot / Stress-inducible humoral factor Turandot
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Turandot A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Abriata, L.A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_215073 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII5_186397 スイス
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2024
タイトル: A humoral stress response protects Drosophila tissues from antimicrobial peptides.
著者: Rommelaere, S. / Carboni, A. / Bada Juarez, J.F. / Boquete, J.P. / Abriata, L.A. / Teixeira Pinto Meireles, F. / Rukes, V. / Vincent, C. / Kondo, S. / Dionne, M.S. / Dal Peraro, M. / Cao, C. / Lemaitre, B.
履歴
登録2023年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Turandot A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9901
ポリマ－12,9901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, NMR relaxation (as well as MALS and native MS) are all consistent with monomeric species in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7820 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein Turandot A


分子量: 12989.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: TotA, CG31509 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IN44

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic13D 1H-15N TOCSY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
182isotropic13D HNCO
1112isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D HNHA
1142isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1132isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.9 mM [U-15N] D. melanogaster TotA, 20 mM Mes pH 6, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OTotA_15N90% H2O/10% D2O
solution20.9 mM [U-13C; U-15N] D. melanogaster TotA, 20 mM Mes pH 6, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OTotA_13C_15N90% H2O/10% D2O
solution30.9 mM D. melanogaster TotA, 20 mM Mes pH 6, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OTotA_unlabeled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMD. melanogaster TotA[U-15N]1
20 mMMes pH 6natural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.9 mMD. melanogaster TotA[U-13C; U-15N]2
20 mMMes pH 6natural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.9 mMD. melanogaster TotAnatural abundance3
20 mMMes pH 6natural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: only condition / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARACARA NMR ETHchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
UNIOT. Hermannpeak picking
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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