PDB-8pbo: Deep interactome learning for generative drug design

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pbo

タイトル

Deep interactome learning for generative drug design

要素

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / nuclear receptor / complex / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity ...prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cell maturation / epithelial cell differentiation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / placenta development / PPARA activates gene expression / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / cellular response to insulin stimulus / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Hakansson, M. / Focht, D. / Atz, K. / Schneider, G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Prospective de novo drug design with deep interactome learning.
著者: Atz, K. / Cotos, L. / Isert, C. / Hakansson, M. / Focht, D. / Hilleke, M. / Nippa, D.F. / Iff, M. / Ledergerber, J. / Schiebroek, C.C.G. / Romeo, V. / Hiss, J.A. / Merk, D. / Schneider, P. / ...

履歴

登録	2023年6月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pbo.cif.gz	568.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pbo.ent.gz	361.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pbo_validation.pdf.gz	712.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pbo_full_validation.pdf.gz	719 KB	表示
XML形式データ	8pbo_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	8pbo_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

64 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.413, 60.611, 117.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.859, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 207 - 477 / Label seq-ID: 5 - 275

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 31378.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物	ChemComp-Y5I / 3-[2-fluoranyl-4-[3-[2-fluoranyl-4-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)phenoxy]propoxy]phenyl]propanoic acid 分子量: 434.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀F₂N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M Ammoniumsulphate, 0.1 M Tris/HCl pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→44.28 Å / Num. obs: 55065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / Num. unique obs: 3364 / CC_1/2: 0.903

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 7.808 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	2778	5.045 %
R_work	0.1707	52286	-
all	0.173	-	-
obs	-	55064	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.437 Å²	-0 Å²	1.29 Å²
2-	-	1.965 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4236	0	79	177	4492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.1	1.642	6006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.674	1.572	10217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.554	5	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.025	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.657	10	862
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.162	10	193
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	933
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.573	3.474	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.573	3.474	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.919	6.196	2661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.92	6.197	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.215	4.101	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.165	4.087	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.842	7.261	3333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.762	7.236	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.206	35.806	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.206	35.322	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.159	0.05	8075

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15923	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15923	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.85-1.898	0.331	194	0.332	3838	0.332	4032	0.882	0.887	0.335
1.898-1.95	0.293	177	0.29	3773	0.29	3950	0.929	0.924	0.29
1.95-2.006	0.276	181	0.261	3648	0.262	3829	0.935	0.945	0.254
2.006-2.068	0.249	171	0.215	3576	0.217	3747	0.957	0.966	0.203
2.068-2.136	0.247	184	0.204	3395	0.206	3579	0.956	0.969	0.186
2.136-2.21	0.23	161	0.178	3333	0.18	3494	0.968	0.979	0.157
2.21-2.294	0.228	185	0.172	3167	0.175	3352	0.966	0.978	0.152
2.294-2.387	0.227	151	0.167	3109	0.17	3260	0.972	0.983	0.146
2.387-2.493	0.209	170	0.156	2963	0.159	3133	0.971	0.985	0.133
2.493-2.614	0.196	157	0.143	2831	0.145	2988	0.975	0.988	0.122
2.614-2.755	0.186	152	0.145	2695	0.148	2847	0.978	0.988	0.122
2.755-2.921	0.218	145	0.163	2549	0.166	2694	0.972	0.984	0.14
2.921-3.122	0.191	120	0.157	2398	0.159	2518	0.977	0.985	0.139
3.122-3.371	0.227	120	0.165	2251	0.168	2371	0.971	0.984	0.15
3.371-3.69	0.216	110	0.164	2077	0.167	2187	0.972	0.985	0.156
3.69-4.122	0.193	103	0.15	1861	0.152	1964	0.979	0.988	0.146
4.122-4.753	0.186	97	0.132	1658	0.134	1755	0.983	0.99	0.134
4.753-5.805	0.189	98	0.174	1394	0.175	1492	0.984	0.986	0.178
5.805-8.14	0.264	68	0.203	1114	0.206	1182	0.962	0.979	0.212
8.14-44.28	0.176	34	0.168	656	0.169	690	0.984	0.983	0.209

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5149	0.4704	-0.2913	0.8463	-0.3262	1.384	-0.0019	-0.0669	-0.0168	0.0114	0.0222	-0.0889	-0.1238	0.0342	-0.0203	0.0144	-0.0022	-0.0059	0.0067	-0.0076	0.0465	12.838	22.5101	16.9842
2	1.281	0.045	0.0346	0.7948	-0.1615	1.291	0.1262	-0.2473	0.0063	0.1739	0.0092	0.1002	-0.0606	0.1748	-0.1354	0.0841	-0.0079	0.0533	0.0837	-0.0022	0.055	31.0871	1.1697	33.9867

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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