PDB-8pb7: PsiM in complex with sinefungin and baeocystin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pb7

タイトル

PsiM in complex with sinefungin and baeocystin

要素

Psilocybin synthase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

psilocybin synthase / 4-hydroxytryptamine 4-phosphate methyltransferase activity / psilocybin biosynthetic process / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Psilocybe cubensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 0.92 Å

データ登録者

Werten, S. / Hudspeth, J. / Rupp, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Methyl transfer in psilocybin biosynthesis.
著者: Hudspeth, J. / Rogge, K. / Dorner, S. / Mull, M. / Hoffmeister, D. / Rupp, B. / Werten, S.

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pb7.cif.gz	230.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pb7.ent.gz	186.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pb7_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pb7_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8pb7_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	8pb7_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pb3C 8pb4C 8pb5C 8pb6C 8pb8C 8qxqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Psilocybin synthase

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.371, 78.244, 83.806
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Psilocybin synthase / Psilocybin biosynthesis methyltransferase 分子量: 35889.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiM / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DPA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE 分子量: 381.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-XPN / Baeocystin / [3-[2-(methylamino)ethyl]-1~{H}-indol-4-yl] dihydrogen phosphate 分子量: 270.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₂O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 20% PEG 8000, 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.6888 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月4日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.92→15.41 Å / Num. obs: 224244 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 11.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.08247 / R_pim(I) all: 0.02327 / R_rim(I) all: 0.08574 / Net I/σ(I): 10.88
反射シェル	解像度: 0.92→0.953 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 2.596 / Mean I/σ(I) obs: 0.33 / Num. unique obs: 21394 / CC_1/2: 0.441 / CC star: 0.782 / R_pim(I) all: 0.7213 / R_rim(I) all: 2.696 / % possible all: 96.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2	3.12.0	データスケーリング
xia2	3.12.0	データ削減
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 0.92→15.41 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1612	3343	1.5 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.1464	223269	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.92→15.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2497	0	47	438	2982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	4012
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.423	1094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.92-0.93	0.4025	141	0.4169	8336	X-RAY DIFFRACTION	92
0.93-0.95	0.4315	117	0.4046	9071	X-RAY DIFFRACTION	99
0.95-0.96	0.4097	127	0.3862	9134	X-RAY DIFFRACTION	100
0.96-0.98	0.3637	147	0.3594	9081	X-RAY DIFFRACTION	100
0.98-0.99	0.3309	149	0.3368	9119	X-RAY DIFFRACTION	100
0.99-1.01	0.3085	131	0.2908	9167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.01-1.03	0.3254	137	0.2607	9126	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.05	0.2708	153	0.2202	9114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.05-1.08	0.2159	127	0.2004	9169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.08-1.1	0.195	147	0.1817	9118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1-1.13	0.2082	142	0.1821	9134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.13-1.16	0.1841	136	0.1562	9154	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.19	0.1668	129	0.1435	9138	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.23	0.1442	138	0.1364	9222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.28	0.1453	153	0.129	9140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.28-1.33	0.1605	127	0.1269	9220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.39	0.1604	147	0.1227	9176	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.46	0.1292	144	0.1171	9193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.55	0.1301	141	0.1039	9235	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.67	0.129	140	0.1038	9246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.84	0.1227	143	0.1116	9280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-2.1	0.155	140	0.1205	9329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.65	0.1489	139	0.1402	9394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-15.41	0.1516	148	0.1499	9630	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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