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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pb3 | ||||||
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タイトル | PsiM in complex with SAH and norbaeocystin, monoclinic crystal form | ||||||
要素 | Psilocybin synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 psilocybin biosynthetic process / 4-hydroxytryptamine 4-phosphate methyltransferase activity / 23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Psilocybe cubensis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å | ||||||
データ登録者 | Werten, S. / Hudspeth, J. / Rupp, B. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Methyl transfer in psilocybin biosynthesis. 著者: Hudspeth, J. / Rogge, K. / Dorner, S. / Mull, M. / Hoffmeister, D. / Rupp, B. / Werten, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pb3.cif.gz | 387.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pb3.ent.gz | 318.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pb3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/8pb3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35889.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiM / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DPA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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-非ポリマー , 5種, 722分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 256.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N2O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 20% PEG 8000, 200 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.6888 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月4日 / 詳細: Toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.6888 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.18→20.69 Å / Num. obs: 225046 / % possible obs: 97.21 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1241 / Rpim(I) all: 0.03473 / Rrim(I) all: 0.1289 / Net I/σ(I): 8.25 |
反射 シェル | 解像度: 1.18→1.222 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 2.954 / Mean I/σ(I) obs: 0.31 / Num. unique obs: 19200 / CC1/2: 0.374 / CC star: 0.738 / Rpim(I) all: 0.797 / Rrim(I) all: 3.06 / % possible all: 84.57 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.18→20.69 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.18→20.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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