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- PDB-8paz: OXIDIZED NATIVE PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8paz
タイトルOXIDIZED NATIVE PSEUDOAZURIN FROM A. FAECALIS
要素PSEUDOAZURIN
キーワードELECTRON TRANSFER / CUPROPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / KNOWN / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Adman, E.T. / Libeu, C.A.P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Site-directed mutants of pseudoazurin: explanation of increased redox potentials from X-ray structures and from calculation of redox potential differences.
著者: Libeu, C.A. / Kukimoto, M. / Nishiyama, M. / Horinouchi, S. / Adman, E.T.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1992
タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Pseudoazurin from Alcaligenes Faecalis S-6; Pro80Ala Mutant Exhibits Marked Increase in Reduction Potential
著者: Nishiyama, M. / Suzuki, J. / Ohnuki, T. / Chang, H.C. / Horinouchi, S. / Turley, S. / Adman, E.T. / Beppu, T.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: A 2.0-A Structure of the Blue Copper Protein (Cupredoxin) from Alcaligenes Faecalis S-6
著者: Adman, E.T. / Turley, S. / Bramson, R. / Petratos, K. / Banner, D. / Tsernoglou, D. / Beppu, T. / Watanabe, H.
履歴
登録1997年2月24日処理サイト: BNL
置き換え1997年8月20日ID: 2PAZ
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSEUDOAZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4472
ポリマ－13,3841
非ポリマー641
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.060, 50.060, 98.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PSEUDOAZURIN


分子量: 13383.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
株: S-6 / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: POTENTIAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P04377
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 50MM SODIUM PHOSPHATE WITH 75% SATURATED AMMONIUM SULFATE., pH 6.5
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mM11Na2HPO4
275 %satammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年4月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.2 Å / Num. obs: 18528 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.8
反射
*PLUS
% possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: KNOWN / 解像度: 1.6→26.2 Å / Num. parameters: 4205 / Num. restraintsaints: 4058 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: COPPER-LIGAND DISTANCES NOT RESTRAINED; CU + S REFINED ANISOTROPICALLY.
Rfactor反射数
all0.178 18323
obs0.178 -
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE (SHELX-93)
Refine analyzeNum. disordered residues: 10
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 1 58 1035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.173
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.121
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.167
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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