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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8paq | |||||||||
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タイトル | Structure of the small subunit of the laccase-like Nlac protein from Pleurotus eryngii | |||||||||
![]() | POXA3b laccase small subunit | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NLac / PeNL / Pleurotus eryngii / Small subunit / Laccase-like enzyme | |||||||||
機能・相同性 | hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / IMIDAZOLE / POXA3b laccase small subunit![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Medrano, F.J. / Camarero, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Role and structure of the small subunit forming heterodimers with laccase-like enzymes. 著者: Aza, P. / Linde, D. / Molpeceres, G. / Vind, J. / Medrano, F.J. / Camarero, S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17425.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Imidazole at pH 8.0 and 2.5 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979257 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→47.16 Å / Num. obs: 58835 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 25.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 9324 / CC1/2: 0.385 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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