PDB-8pak: Crystal Structure of a Squalene-Hopene Cyclase from Cystobacter fuscus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pak

タイトル

Crystal Structure of a Squalene-Hopene Cyclase from Cystobacter fuscus

要素

Squalene--hopene cyclase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Squalene Hopene Cyclase

機能・相同性

機能・相同性情報

lanosterol synthase activity / triterpenoid biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / lipid droplet
類似検索 - 分子機能

生物種

Cystobacter fuscus DSM 2262 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Worthy, H.L. / Mitchell, D.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mesophilic Squalene-Hopene Cyclases from Cystobacter fuscus and Archangium gephyra
著者: Worthy, H.L. / Mitchell, D.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pak.cif.gz	729.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pak.ent.gz	455.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pak_validation.pdf.gz	751 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pak_full_validation.pdf.gz	758 KB	表示
XML形式データ	8pak_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	8pak_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Squalene--hopene cyclase

B: Squalene--hopene cyclase

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Squalene--hopene cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Squalene--hopene cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.244, 75.872, 91.742
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.269, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 351 / Label seq-ID: 8 - 351

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Squalene--hopene cyclase 分子量: 39651.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cystobacter fuscus DSM 2262 (バクテリア) 遺伝子: CYFUS_004654 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A250J6H4

-
非ポリマー , 5種, 723分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.5, 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→58.42 Å / Num. obs: 121895 / % possible obs: 97.89 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.877 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5872 / CC_1/2: 0.343 / R_pim(I) all: 0.776 / R_rim(I) all: 2.035 / % possible all: 95.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→45.785 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.701 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.07 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2049	6103	5.022 %
R_work	0.1661	115421	-
all	0.168	-	-
obs	-	121524	97.838 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.039 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.342 Å²	-0 Å²	0.029 Å²
2-	-	-0.762 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.567 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→45.785 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5371	0	54	714	6139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5838
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.656	7992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.638	1.574	12351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.846	5	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.992	5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.462	10	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.524	10	294
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	4982
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.261	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.844	1.26	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2.264	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.203	2.266	3573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.844	1.452	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.844	1.453	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.182	2.576	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.182	2.576	4387
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.126	16.497	27130
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.956	15.861	26312
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.381	3	11226
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.129	0.05	11639

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12851	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12851	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.42-1.457	0.358	484	0.338	8258	0.339	9118	0.741	0.743	95.8763	0.35
1.457-1.497	0.312	384	0.308	8206	0.308	8898	0.906	0.908	96.5386	0.316
1.497-1.54	0.29	433	0.27	7904	0.271	8639	0.912	0.931	96.5042	0.274
1.54-1.587	0.254	415	0.248	7749	0.249	8432	0.943	0.944	96.8216	0.248
1.587-1.639	0.255	406	0.226	7560	0.228	8203	0.944	0.953	97.1108	0.222
1.639-1.697	0.251	372	0.207	7306	0.209	7890	0.95	0.965	97.313	0.2
1.697-1.761	0.219	373	0.18	7042	0.182	7608	0.956	0.974	97.4632	0.169
1.761-1.833	0.206	356	0.154	6859	0.156	7371	0.971	0.982	97.8836	0.141
1.833-1.914	0.203	352	0.144	6571	0.147	7056	0.971	0.985	98.1151	0.131
1.914-2.007	0.198	340	0.143	6290	0.146	6753	0.973	0.987	98.1786	0.129
2.007-2.116	0.189	289	0.132	6006	0.135	6394	0.976	0.989	98.4517	0.119
2.116-2.244	0.185	300	0.124	5690	0.127	6070	0.977	0.99	98.682	0.114
2.244-2.398	0.177	269	0.116	5365	0.119	5690	0.982	0.992	99.0158	0.106
2.398-2.59	0.203	239	0.133	5026	0.136	5308	0.975	0.989	99.1899	0.125
2.59-2.836	0.18	224	0.151	4681	0.153	4942	0.972	0.986	99.2513	0.145
2.836-3.169	0.204	242	0.148	4154	0.151	4422	0.974	0.982	99.412	0.144
3.169-3.656	0.191	224	0.154	3691	0.156	3928	0.977	0.986	99.669	0.154
3.656-4.471	0.164	201	0.145	3130	0.146	3345	0.985	0.987	99.5815	0.15
4.471-6.293	0.189	117	0.169	2490	0.17	2609	0.981	0.984	99.9233	0.179
6.293-45.785	0.185	83	0.186	1402	0.186	1486	0.982	0.98	99.9327	0.195

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.665	-0.176	-0.0136	0.9228	0.3599	1.0093	0.0149	0.0032	-0.0057	0.0229	-0.012	-0.0208	-0.0997	-0.0698	-0.0029	0.0211	0.0144	0.0097	0.019	0.0095	0.0228	-5.3325	27.9044	27.2413
2	0.8841	-0.1207	-0.2072	0.7133	-0.0518	0.8099	-0.0294	0.0241	0.0031	0.0482	0.0267	-0.0422	0.0773	0.0719	0.0027	0.0118	0.0088	-0.0007	0.0109	-0.0036	0.0131	17.2391	-7.3071	23.6205

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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