PDB-8paj: Crystal Structure of a Squalene-Hopene cyclase from Archangium gephyra

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8paj

タイトル

Crystal Structure of a Squalene-Hopene cyclase from Archangium gephyra

要素

Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Squalene / Hopene / Cyclase

機能・相同性

IMIDAZOLE / :

機能・相同性情報

生物種

Archangium gephyra (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Worthy, H.L. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Mitchell, D.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a mesophilic Squalene-Hopene Cyclases from Cystobacter fuscus and Archangium gephyra
著者: Worthy, H.L. / Mitchell, D.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8paj.cif.gz	736.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8paj.ent.gz	469.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8paj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8paj_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8paj_full_validation.pdf.gz	487 KB	表示
XML形式データ	8paj_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	8paj_validation.cif.gz	55 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8paj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8paj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase

B: Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.958, 84.165, 87.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.204, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-809- HOH
2	1	B-766- HOH
3	1	B-826- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 30 - 374 / Label seq-ID: 11 - 355

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase 分子量: 39825.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archangium gephyra (バクテリア) / 遺伝子: ATI61_11568 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G2ZXK3

-
非ポリマー , 5種, 787分子

#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.11 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1 M HEPES/MOPS [pH 7.5], 90 mM NaNO3, 90 mM Na2PO4, 90 mM (NH4)2SO4, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976284 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976284 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→43.87 Å / Num. obs: 117598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.46→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5755 / CC_1/2: 0.694 / R_rim(I) all: 1.327 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.46→43.866 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 4.222 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1988	5924	5.063 %
R_work	0.1591	111090	-
all	0.161	-	-
obs	-	117014	99.985 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	-0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	0.321 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.239 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→43.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5298	0	76	772	6146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	5992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.016	5543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.655	8241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	1.573	12721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.819	5	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.48	5	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.983	10	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.063	10	292
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.144	0.2	4925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.064	0.2	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.125	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.138	1.394	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.138	1.394	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.62	2.512	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.62	2.513	3629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.19	1.632	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.19	1.633	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.626	2.888	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.626	2.889	4558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.895	1007.304	27497
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.366	1042.484	26525
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.629	3	11535
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	12162

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08049	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08049	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.46-1.498	0.345	435	0.341	8176	0.342	8611	0.92	0.918	100	0.353
1.498-1.539	0.317	470	0.316	7948	0.316	8418	0.931	0.929	100	0.327
1.539-1.583	0.311	439	0.292	7704	0.293	8143	0.935	0.942	100	0.303
1.583-1.632	0.283	400	0.271	7518	0.272	7919	0.947	0.95	99.9874	0.278
1.632-1.686	0.269	396	0.227	7330	0.229	7726	0.953	0.967	100	0.229
1.686-1.745	0.249	365	0.206	7076	0.208	7444	0.959	0.973	99.9597	0.205
1.745-1.81	0.226	359	0.176	6805	0.178	7164	0.97	0.981	100	0.168
1.81-1.884	0.192	317	0.152	6582	0.154	6899	0.976	0.986	100	0.14
1.884-1.968	0.192	344	0.155	6316	0.158	6660	0.977	0.985	100	0.139
1.968-2.064	0.199	326	0.144	6047	0.147	6373	0.975	0.988	100	0.126
2.064-2.175	0.184	304	0.133	5708	0.136	6017	0.98	0.99	99.9169	0.114
2.175-2.307	0.195	272	0.129	5440	0.132	5713	0.977	0.99	99.9825	0.11
2.307-2.465	0.175	273	0.127	5112	0.13	5385	0.982	0.99	100	0.108
2.465-2.662	0.187	249	0.124	4757	0.127	5006	0.979	0.991	100	0.106
2.662-2.915	0.171	259	0.124	4362	0.127	4622	0.983	0.991	99.9784	0.108
2.915-3.257	0.194	200	0.138	3998	0.141	4198	0.976	0.988	100	0.126
3.257-3.758	0.168	180	0.14	3502	0.142	3682	0.982	0.989	100	0.135
3.758-4.594	0.159	176	0.123	2974	0.125	3151	0.987	0.991	99.9683	0.127
4.594-6.462	0.172	90	0.149	2358	0.15	2448	0.984	0.988	100	0.154
6.462-43.866	0.18	67	0.18	1341	0.18	1409	0.982	0.98	99.929	0.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4654	-0.147	-0.1623	1.5736	0.0495	1.2246	-0.0099	-0.0234	-0.0357	0.0303	0.0286	-0.0172	0.0272	0.0632	-0.0187	0.0153	-0.0025	0.0093	0.0085	-0.0004	0.0215	15.0457	-21.1193	39.8917
2	0.5575	-0.0783	0.0346	1.6451	-0.0785	1.1515	0.0048	0.0195	-0.0026	-0.032	0.003	-0.0173	0.0063	-0.0247	-0.0078	0.0231	-0.0017	0.0177	0.0014	-0.0008	0.0214	21.9346	-11.4421	83.506

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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