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Yorodumi- PDB-8paj: Crystal Structure of a Squalene-Hopene cyclase from Archangium gephyra -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8paj | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Squalene-Hopene cyclase from Archangium gephyra | ||||||
Components | Squalene-hopene/tetraprenyl-beta-curcumene cyclase | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Squalene / Hopene / Cyclase | ||||||
Function / homology | IMIDAZOLE / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Archangium gephyra (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.46 Å | ||||||
Authors | Worthy, H.L. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. / Mitchell, D.E. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of a mesophilic Squalene-Hopene Cyclases from Cystobacter fuscus and Archangium gephyra Authors: Worthy, H.L. / Mitchell, D.E. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8paj.cif.gz | 736.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8paj.ent.gz | 469.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8paj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8paj_validation.pdf.gz | 475.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8paj_full_validation.pdf.gz | 487 KB | Display | |
Data in XML | 8paj_validation.xml.gz | 35.5 KB | Display | |
Data in CIF | 8paj_validation.cif.gz | 55 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8paj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8paj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 30 - 374 / Label seq-ID: 11 - 355
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39825.574 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Archangium gephyra (bacteria) / Gene: ATI61_11568 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: A0A0G2ZXK3 |
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-Non-polymers , 5 types, 787 molecules
#2: Chemical | ChemComp-IMD / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: microbatch Details: 0.1 M HEPES/MOPS [pH 7.5], 90 mM NaNO3, 90 mM Na2PO4, 90 mM (NH4)2SO4, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD PH range: 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.976284 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976284 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.46→43.87 Å / Num. obs: 117598 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 9.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.46→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 5755 / CC1/2: 0.694 / Rrim(I) all: 1.327 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.46→43.866 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 4.222 / SU ML: 0.073 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.072 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.46→43.866 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |