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- PDB-8pae: Structure of the ectodomain of Atypical Porcine Pestivirus E2 at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pae
タイトルStructure of the ectodomain of Atypical Porcine Pestivirus E2 at 1.2A resolution
要素Genome polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Pestivirus / E2 glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T2 activity / host cell membrane / cysteine-type peptidase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy ...ribonuclease T2 activity / host cell membrane / cysteine-type peptidase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain D / Pestivirus NS3 polyprotein peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus ...Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain D / Pestivirus NS3 polyprotein peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 / Pestivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Atypical porcine pestivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Aitkenhead, H. / Stuart, D.I. / EL Omari, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011224/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural comparison of typical and atypical E2 pestivirus glycoproteins.
著者: Aitkenhead, H. / Riedel, C. / Cowieson, N. / Rumenapf, H.T. / Stuart, D.I. / El Omari, K.
履歴
登録2023年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2914
ポリマ－28,4251
非ポリマー8673
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.124, 101.124, 43.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 28424.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Atypical porcine pestivirus (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1B1M0D5
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M Bis Tris pH 7.8, 0.05 M sodium citrate, 0.05 M magnesium chloride, 25% PEG Smear High

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→26.26 Å / Num. obs: 93856 / % possible obs: 91.26 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 18.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03183 / Rpim(I) all: 0.01563 / Rrim(I) all: 0.03552 / Net I/σ(I): 18.37
反射 シェル解像度: 1.2→1.243 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5973 / Num. unique obs: 2865 / CC1/2: 0.604 / Rpim(I) all: 0.4507 / Rrim(I) all: 0.7534 / % possible all: 56.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→26.26 Å / SU ML: 0.1189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.3602
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1797 4574 4.87 %
Rwork0.1504 89282 -
obs0.1518 93856 91.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→26.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 56 160 1406
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13571919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1119212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.9952220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.29151100.25181654X-RAY DIFFRACTION51.88
1.21-1.230.2846780.24021862X-RAY DIFFRACTION55.62
1.23-1.240.2032740.22371952X-RAY DIFFRACTION61.06
1.24-1.260.25041500.22252122X-RAY DIFFRACTION65.32
1.26-1.280.25241160.21622292X-RAY DIFFRACTION69.04
1.28-1.290.20521220.18952460X-RAY DIFFRACTION76.39
1.29-1.310.23151440.18652752X-RAY DIFFRACTION84.43
1.31-1.330.21741800.18532980X-RAY DIFFRACTION92.67
1.33-1.350.18841580.16733098X-RAY DIFFRACTION94.71
1.35-1.370.17991680.163100X-RAY DIFFRACTION96.74
1.37-1.40.17541780.1463254X-RAY DIFFRACTION97.67
1.4-1.420.19761600.15783172X-RAY DIFFRACTION99.52
1.42-1.450.18471620.14783224X-RAY DIFFRACTION98.54
1.45-1.480.18452100.13863244X-RAY DIFFRACTION99.6
1.48-1.510.18091540.12593264X-RAY DIFFRACTION99.02
1.51-1.550.17071520.14653256X-RAY DIFFRACTION98.9
1.55-1.590.16891240.13583282X-RAY DIFFRACTION99.94
1.59-1.630.16151520.13363200X-RAY DIFFRACTION99.35
1.63-1.680.18491460.13083280X-RAY DIFFRACTION99.54
1.68-1.730.18651560.14993242X-RAY DIFFRACTION99.71
1.73-1.790.19741740.14263272X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.860.13991480.13713314X-RAY DIFFRACTION99.83
1.86-1.950.18932060.14533192X-RAY DIFFRACTION99.94
1.95-2.050.17141600.15423286X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.180.14471660.14893240X-RAY DIFFRACTION99.94
2.18-2.350.17261620.15393248X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.580.19042000.16363228X-RAY DIFFRACTION99.94
2.59-2.960.19551800.16953252X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.720.15951320.14583292X-RAY DIFFRACTION100
3.73-26.260.18931520.13823268X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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