PDB-8pa5: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2540

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pa5

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2540

要素

Beta-lactamase VIM-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Complex / metallo-beta-lactamase / inhibitor / zinc / indole carboxylate

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2540
著者: Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pa5.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pa5.ent.gz	132.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pa5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pa5_validation.pdf.gz	823.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pa5_full_validation.pdf.gz	828 KB	表示
XML形式データ	8pa5_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	8pa5_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7afy
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-1

ヘテロ分子

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.340, 67.850, 40.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-1 / Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta- ...Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta-lactamase / Subclass B1 metallo-beta-lactamase VIM-1 / VIM-1 / VIM-1 metallo-beta-lactamase / VIM-1 protein 分子量: 28051.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1, CAZ10_38240, CAZ10_38245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9XAY4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-XMZ / 3-(3-ethoxy-5-methyl-pyridin-4-yl)-7-propan-2-yl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid 分子量: 338.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium phosphate 0.1M TrisHCl, pH 8.5 / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→40.02 Å / Num. obs: 84081 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 10.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 5655 / CC_1/2: 0.959 / R_pim(I) all: 0.111 / R_rim(I) all: 0.231 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→40.02 Å / SU ML: 0.0546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 9.1435
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1289	4391	5.22 %
R_work	0.1143	79663	-
obs	0.1151	84054	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→40.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1738	0	27	345	2110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0205	2004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5928	2772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1344	310
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0164	374
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5114	308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.1523	119	0.1134	2305	X-RAY DIFFRACTION	85.44
1.11-1.13	0.134	130	0.1015	2487	X-RAY DIFFRACTION	92.87
1.13-1.14	0.1213	128	0.0936	2566	X-RAY DIFFRACTION	95.91
1.14-1.15	0.1086	135	0.0883	2655	X-RAY DIFFRACTION	97.72
1.15-1.17	0.1021	154	0.0805	2613	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.17-1.18	0.0887	171	0.0778	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.18-1.2	0.0961	128	0.0836	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.2-1.22	0.1146	151	0.0817	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.22-1.24	0.1064	160	0.0842	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.24-1.26	0.1155	156	0.0827	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.26-1.28	0.092	158	0.084	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.28-1.3	0.1231	151	0.0905	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.3-1.33	0.1172	122	0.0952	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.33-1.36	0.1215	145	0.0895	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.36-1.39	0.1219	145	0.0913	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.39-1.42	0.106	161	0.0892	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.42-1.45	0.1072	141	0.086	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.45-1.49	0.1078	201	0.0854	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.49-1.54	0.1024	156	0.0831	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.54-1.59	0.0969	139	0.088	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.59-1.64	0.1129	142	0.0862	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.64-1.71	0.1238	107	0.0921	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.71-1.79	0.1087	143	0.0969	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.79-1.88	0.1204	114	0.1016	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.88-2	0.1263	126	0.1041	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2-2.15	0.1206	155	0.1138	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.15-2.37	0.1296	195	0.1189	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.37-2.71	0.1333	114	0.1281	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.71-3.42	0.1473	197	0.1426	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.42-40.02	0.1681	147	0.1655	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.24

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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