PDB-8pa4: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2526

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pa4

タイトル

Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2526

要素

Beta-lactamase VIM-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Complex / metallo-beta-lactamase / inhibitor / zinc / indole carboxylate

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.11 Å

データ登録者

Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM1 with 2526
著者: Calvopina, K. / Brem, J. / Farley, A.J.M. / Allen, M.D. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pa4.cif.gz	200.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pa4.ent.gz	133.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pa4_validation.pdf.gz	788.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pa4_full_validation.pdf.gz	790.8 KB	表示
XML形式データ	8pa4_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8pa4_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7afy
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-1

ヘテロ分子

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.570, 67.920, 40.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-1 / Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta- ...Class B carbapenemase VIM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-1 / Metallobeta-lactamase / Subclass B1 metallo-beta-lactamase VIM-1 / VIM-1 / VIM-1 metallo-beta-lactamase / VIM-1 protein 分子量: 28051.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM, blaVIM-1, CAZ10_38240, CAZ10_38245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9XAY4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-XN6 / 3-[4-(carbamimidamidomethyl)-3-fluoranyl-phenyl]-7-propan-2-yl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid 分子量: 368.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁FN₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M ammonium phosphate 0.1M TrisHCl, pH 8.5 / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→34.15 Å / Num. obs: 82932 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.12 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 1.11→1.14 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 5498 / CC_1/2: 0.969 / R_pim(I) all: 0.096 / R_rim(I) all: 0.212 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.11→34.15 Å / SU ML: 0.0592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 9.2382
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1287	4330	5.22 %
R_work	0.1214	78570	-
obs	0.1218	82900	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.11→34.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1731	0	29	327	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	2035
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2062	2813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0971	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0143	383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.8285	314

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.11-1.12	0.1327	109	0.1251	2192	X-RAY DIFFRACTION	82.15
1.12-1.14	0.1109	138	0.1098	2443	X-RAY DIFFRACTION	93.41
1.14-1.15	0.1089	121	0.0981	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.16	0.1364	147	0.0944	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.16-1.18	0.1095	165	0.0943	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.18-1.2	0.108	145	0.0919	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.2-1.21	0.111	129	0.0881	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.21-1.23	0.1203	162	0.0966	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.25	0.1177	151	0.0876	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.25-1.27	0.1149	149	0.092	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.29	0.098	167	0.0926	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.32	0.1237	145	0.099	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.32-1.34	0.1334	113	0.096	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.34-1.37	0.1148	151	0.091	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.37-1.4	0.1176	155	0.0941	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.4-1.43	0.1059	153	0.0922	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.43-1.47	0.1061	141	0.0921	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.47-1.51	0.1066	191	0.0911	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.51-1.55	0.0924	148	0.0886	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.55-1.6	0.1	134	0.0933	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.6-1.66	0.1046	134	0.1003	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.66-1.72	0.1125	105	0.1038	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.72-1.8	0.1281	147	0.1065	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.8-1.9	0.118	106	0.1157	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.9-2.02	0.1317	125	0.1157	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.02-2.17	0.1226	157	0.1175	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.17-2.39	0.1483	189	0.127	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.39-2.74	0.1326	112	0.1322	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.74-3.45	0.1383	198	0.1444	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.45-34.15	0.1528	143	0.1663	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.16

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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