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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pa1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of alcohol dehydrogenase/ketoreductase variant from Thermus thermophilus apo form | ||||||
要素 | Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / ketoreductase / Short chain dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / oxidoreductase activity / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of alcohol dehydrogenase/ketoreductase variant from Thermus thermophilus apo form 著者: Delgado-Arciniega, E. / Bodescu, V. / Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B. / Wijma, H.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pa1.cif.gz | 197.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pa1.ent.gz | 157.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pa1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pa1_validation.pdf.gz | 483.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pa1_full_validation.pdf.gz | 493 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pa1_validation.xml.gz | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pa1_validation.cif.gz | 51.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8pa1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pa2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28154.467 Da / 分子数: 4 変異: V126P, G128P, V137Y, Q138L, A181F, V187L, A190L, Q204M, M245L 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: TTHA0369 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLC4 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 20 % PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→47.8 Å / Num. obs: 31116 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.836 / Num. measured all: 11885 / Num. unique obs: 3805 / CC1/2: 0.449 / Rpim(I) all: 0.563 / Rrim(I) all: 1.012 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 14.733 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.874 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→47.8 Å
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拘束条件 |
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