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- PDB-8p9r: Structure of the periplasmic domain of ExbD from E. coli in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p9r
タイトルStructure of the periplasmic domain of ExbD from E. coli in complex with TonB
要素
  • Biopolymer transport protein ExbD
  • Protein TonB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ton / TonB-binding / ExbB-integrated / periplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / bacteriocin transport / siderophore transport / cell envelope / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter activity ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / bacteriocin transport / siderophore transport / cell envelope / cobalamin transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / protein domain specific binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / TonB system transport protein ExbD type-1 / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TonB / Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Zinke, M. / Mechaly, A. / Lejeune, M. / Haouz, A. / Izadi-Pruneyre, N.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE11-0039 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CONV-0005 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ton motor conformational switch and peptidoglycan role in bacterial nutrient uptake.
著者: Zinke, M. / Lejeune, M. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Boneca, I.G. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Ton Motor Conformational Switch and Peptidoglycan Role in Bacterial Nutrient Uptake.
著者: Zinke, M. / Lejeune, M. / Mechaly, A. / Bardiaux, B. / Boneca, I.G. / Delepelaire, P. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biopolymer transport protein ExbD
C: Protein TonB
B: Biopolymer transport protein ExbD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6253
ポリマ－20,6253
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.360, 49.360, 63.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Biopolymer transport protein ExbD


分子量: 9071.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: exbD, b3005, JW2973 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABV2
#2: タンパク質・ペプチド Protein TonB


分子量: 2481.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02929
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 10 %w/v Glycerol, 3M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.3799 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3799 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→39.07 Å / Num. obs: 46421 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.0585 / Net I/σ(I): 21.45
反射 シェル解像度: 1.52→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique obs: 7485 / CC1/2: 0.897 / Rrim(I) all: 0.816 / Rsym value: 0.784 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.52→30.64 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1181 5 %
Rwork0.2101 --
obs0.2115 23622 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→30.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 0 0 90 1293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.091163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.52-1.590.36961470.32632789X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.670.27671460.24482782X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.780.27661470.22622800X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.910.25211460.23062780X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.110.22251480.21692814X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.410.26051480.21482797X-RAY DIFFRACTION100
2.41-3.040.26061490.22112832X-RAY DIFFRACTION100
3.04-30.640.21221500.19172847X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.301-1.1231-1.0694.37171.79213.05840.01410.16340.105-0.32650.0229-0.0241-0.1861-0.1588-0.04020.2384-0.01720.03180.1961-0.02760.187414.09374.98362.593
24.6305-1.4442.84734.3234-1.3728.0771-0.34660.3312-0.3158-0.1101-0.0437-0.6191-0.56830.99870.20740.3628-0.11080.07240.3306-0.06010.443818.3217-6.4161-1.0082
34.1143-1.4996-1.54953.30580.96343.21490.088-0.2850.14860.1611-0.0291-0.0930.08070.1283-0.02130.1653-0.02690.02940.212-0.03960.155129.7272-10.4256-3.6772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2-75 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ E|7-15 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|3-75 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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