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- PDB-8p9o: PCNA from Chaetomium thermophilum in complex with PolD3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p9o
タイトルPCNA from Chaetomium thermophilum in complex with PolD3 peptide
要素
  • Proliferating cell nuclear antigen
  • Synthetic peptide corresponding to amino acids 437 to 451 of PolD3 from Chaetomium thermophilum
キーワードREPLICATION / DNA CLAMP / DNA REPLICATION / HOMOTRIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Alphey, M.S. / Wolford, C.B. / MacNeill, S.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Carnegie Trust for the Universities of Scotland70668 英国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Canonical binding of Chaetomium thermophilum DNA polymerase delta / zeta subunit PolD3 and flap endonuclease Fen1 to PCNA.
著者: Alphey, M.S. / Wolford, C.B. / MacNeill, S.A.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
P: Synthetic peptide corresponding to amino acids 437 to 451 of PolD3 from Chaetomium thermophilum


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0264
ポリマ－88,0264
非ポリマー00
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.840, 56.391, 62.860
Angle α, β, γ (deg.)90.93, 90.55, 99.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 28813.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 4 residues remain after affinity tag cleavage. Flexible loops and sidechains have been omitted or truncated.
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0061010 / プラスミド: pEHISTEV-CtPCNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 (pLysS) / 参照: UniProt: G0SF70
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide corresponding to amino acids 437 to 451 of PolD3 from Chaetomium thermophilum


分子量: 1584.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-terminal residues omitted due to flexibility
由来: (合成) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M Phosphate/citrate, pH4.2, 40% v/v PEG300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2023年2月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→27.57 Å / Num. obs: 25893 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.61 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 66712
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Num. measured all: 6953 / Num. unique obs: 2840 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.197 / Rrim(I) all: 0.324 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→27.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 19.529 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.157 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24943 1189 4.6 %RANDOM
Rwork0.21283 ---
obs0.2144 24703 93.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å21.12 Å2-0.18 Å2
2--0.06 Å20.05 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→27.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5694 0 0 152 5846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0125771
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9621.6317821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.341.56312777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0365751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.67519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.267101007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8032.0043031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8032.0043031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.363.5953770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3613.5963771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9322.0992740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9312.12741
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5793.8384051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.00321.565845
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.98321.455834
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 82 -
Rwork0.279 1762 -
obs--90.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9742-0.1926-0.09270.75420.97533.78460.0310.15080.1374-0.1217-0.02110.024-0.17-0.0057-0.010.02890.00030.01680.01260.00320.0581-23.041411.1208-10.5513
23.3642-0.6996-0.75631.56530.2962.20130.02490.279-0.1543-0.1563-0.07280.03780.1377-0.09170.04790.0312-0.00620.0080.0549-0.04170.0385-11.8241-8.9526-23.6291
38.55660.48650.52085.13572.87746.90740.3534-0.58530.15360.2533-0.3724-0.02060.2839-0.32960.0190.13540.05050.03190.14530.0140.018312.8709-17.8558-10.253
41.16070.38831.02861.09790.44122.7410.1460.1424-0.0772-0.0232-0.0857-0.00910.37750.0624-0.06030.07150.01130.02240.0448-0.03820.094119.4536-15.0557-0.7453
52.6931-2.2930.03783.4312-1.28221.8674-0.07840.0482-0.08330.0358-0.0484-0.03420.05450.04920.12680.057-0.06620.04430.1039-0.0650.058310.58211.044824.4047
62.8810.46671.05821.8145-0.95442.997-0.0533-0.16480.3749-0.0460.02120.0468-0.2105-0.00420.0320.0354-0.02190.0230.0363-0.05270.0862-12.704319.417714.2185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2A122 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4B26 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6C123 - 255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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