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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p9m | ||||||
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タイトル | Hexameric Hfq from Chromobacterium haemolyticum | ||||||
![]() | RNA-binding protein Hfq | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Hfq / RNA-chaperon | ||||||
機能・相同性 | RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / RNA-binding protein Hfq![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Structure of the Hfq Protein from Chromobacterium haemolyticum Revealed a New Variant of Regulation of RNA Binding with the Protein 著者: Lekontseva, N.V. / Nikulin, A.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9690.183 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hfq, B0T39_13335, B0T45_12055, CH06BL_33310, DBB33_18715 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG4000, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM KCl, 20 mM MgCl2 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→22.33 Å / Num. obs: 27718 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 27.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 8.19 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 5300 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.76 / Rrim(I) all: 1.07 / % possible all: 99.71 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→22.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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