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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p91 | ||||||
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タイトル | Hfq from Chromobacterium haemolyticum; a P6 space group monomer | ||||||
![]() | RNA-binding protein Hfq | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / Hfq / translation regulation | ||||||
機能・相同性 | RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / RNA-binding protein Hfq![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Hfq from Chromobacterium haemolyticum 著者: Nikulin, A.D. / Lekontseva, N.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 30.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 418.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9690.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hfq, B0T39_13335, B0T45_12055, CH06BL_33310, DBB33_18715 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.7 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: #23 of JBScreen Nuc-Pro 1 (Jena Bioscience) 15% PEG4000, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM KCl, 20 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→21.32 Å / Num. obs: 13426 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 68788 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Num. measured all: 2424 / Num. unique obs: 663 / CC1/2: 0.478 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 0.856 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→21.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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