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- PDB-8p8u: Yeast 60S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p8u
タイトルYeast 60S ribosomal subunit
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / 60S ribosomal subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of polysaccharide biosynthetic process / transporter complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / lipopolysaccharide transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits ...regulation of polysaccharide biosynthetic process / transporter complex / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / lipopolysaccharide transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / translational termination / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / macroautophagy / translational initiation / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / maintenance of translational fidelity / cell outer membrane / rRNA processing / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family ...LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / : / LPS transport system D / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19e signature. / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L6e signature. / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 ...SPERMIDINE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Putative major capsid protein p72 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Rabl, J. / Banerjee, A. / Boehringer, D. / Zavolan, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation51NF40_141735 スイス
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Ribosomal protein RPL39L is an efficiency factor in the cotranslational folding of a subset of proteins with alpha helical domains.
著者: Arka Banerjee / Meric Ataman / Maciej Jerzy Smialek / Debdatto Mookherjee / Julius Rabl / Aleksei Mironov / Lea Mues / Ludovic Enkler / Mairene Coto-Llerena / Alexander Schmidt / Daniel ...著者: Arka Banerjee / Meric Ataman / Maciej Jerzy Smialek / Debdatto Mookherjee / Julius Rabl / Aleksei Mironov / Lea Mues / Ludovic Enkler / Mairene Coto-Llerena / Alexander Schmidt / Daniel Boehringer / Salvatore Piscuoglio / Anne Spang / Nitish Mittal / Mihaela Zavolan /
要旨: Increasingly many studies reveal how ribosome composition can be tuned to optimally translate the transcriptome of individual cell types. In this study, we investigated the expression pattern, ...Increasingly many studies reveal how ribosome composition can be tuned to optimally translate the transcriptome of individual cell types. In this study, we investigated the expression pattern, structure within the ribosome and effect on protein synthesis of the ribosomal protein paralog 39L (RPL39L). With a novel mass spectrometric approach we revealed the expression of RPL39L protein beyond mouse germ cells, in human pluripotent cells, cancer cell lines and tissue samples. We generated RPL39L knock-out mouse embryonic stem cell (mESC) lines and demonstrated that RPL39L impacts the dynamics of translation, to support the pluripotency and differentiation, spontaneous and along the germ cell lineage. Most differences in protein abundance between WT and RPL39L KO lines were explained by widespread autophagy. By CryoEM analysis of purified RPL39 and RPL39L-containing ribosomes we found that, unlike RPL39, RPL39L has two distinct conformations in the exposed segment of the nascent peptide exit tunnel, creating a distinct hydrophobic patch that has been predicted to support the efficient co-translational folding of alpha helices. Our study shows that ribosomal protein paralogs provide switchable modular components that can tune translation to the protein production needs of individual cell types.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2023年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 60S ribosomal protein L39
LK: 60S ribosomal protein L7-A
QX: 60S ribosomal protein L25
RM: 60S ribosomal protein L38
A: 25S rRNA
LL: 60S ribosomal protein L8-A
QY: 60S ribosomal protein L26-A
RO: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
JT: 60S ribosomal protein L13-A
LM: 60S ribosomal protein L9-A
QZ: 60S ribosomal protein L27-A
RQ: 60S ribosomal protein L42-A
JU: 60S ribosomal protein L14-A
LN: 60S ribosomal protein L10
RA: 60S ribosomal protein L28
RT: 60S ribosomal protein L43-A
JV: 60S ribosomal protein L15-A
LO: 60S ribosomal protein L11-A
RB: 60S ribosomal protein L29
QO: 60S ribosomal protein L17-A
JW: 60S ribosomal protein L16-A
QP: 60S ribosomal protein L18-A
RC: 60S ribosomal protein L30
QQ: 60S ribosomal protein L19-A
LD: 5.8S rRNA
QS: 60S ribosomal protein L20-A
RD: 60S ribosomal protein L31-A
QT: 60S ribosomal protein L21-A
LE: 5S rRNA
QU: 60S ribosomal protein L22-A
RE: 60S ribosomal protein L32
QV: 60S ribosomal protein L23-A
LF: 60S ribosomal protein L2-A
QW: 60S ribosomal protein L24-A
RF: 60S ribosomal protein L33-A
LG: 60S ribosomal protein L3
RG: 60S ribosomal protein L34-A
LH: 60S ribosomal protein L4-A
RH: 60S ribosomal protein L35-A
LI: 60S ribosomal protein L5
RI: 60S ribosomal protein L36-A
LJ: 60S ribosomal protein L6-A
RJ: 60S ribosomal protein L37-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,932,040203
ポリマ－1,927,37943
非ポリマー4,661160
水9,854547
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 2LKQXRMLLQYJTLMQZRQJULNRARTJVLORBQOJWQPRCQQQSRDQTQUREQVLFQW...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX27
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-A / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-A / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166

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RNA鎖 , 3種, 3分子 ALDLE

#5: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#25: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1331532632
#29: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537

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タンパク質 , 1種, 1分子 RO

#8: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08

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非ポリマー , 6種, 707分子

#44: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#45: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#46: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#47: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#48: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#49: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast 60S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.76 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 264900 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 42.35 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0021128835
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4819190166
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.032823896
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005111705
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.573946716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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