PDB-8p8q: Recombinant Ym1 crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p8q

タイトル

Recombinant Ym1 crystal structure

要素

Chitinase-like protein 3

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ym1 / Chil3 / Chitinase-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

rough endoplasmic reticulum lumen / beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / response to selenium ion / response to nematode / chitin binding / polysaccharide catabolic process / nuclear envelope / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.792 Å

データ登録者

Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Heyndrickx, I. / Aegerter, H. / Smole, U. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N.

資金援助

European Union,

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Ym1 protein crystals promote type 2 immunity.
著者: Heyndrickx, I. / Deswarte, K. / Verstraete, K. / Verschueren, K.H.G. / Smole, U. / Aegerter, H. / Dansercoer, A. / Hammad, H. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N.

履歴

登録	2023年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p8q.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p8q.ent.gz	127.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p8q_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p8q_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	8p8q_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	8p8q_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p8rC 8p8sC 8p8tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase-like protein 3

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, Predominantly monomeric at low concentration (in PBS buffer). Self-association at higher concentrations (> 0.3 mg/mL)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.331, 60.009, 60.115
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chitinase-like protein 3 / Beta-N-acetylhexosaminidase Ym1 / Chitinase-3-like protein 3 / ECF-L / Eosinophil chemotactic ...Beta-N-acetylhexosaminidase Ym1 / Chitinase-3-like protein 3 / ECF-L / Eosinophil chemotactic cytokine / Secreted protein Ym1 分子量: 44388.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Recombinant Ym1 (Uniprot ID O35744, residues 22 - 398) was secreted from HEK293 FreeStyle cells and purified via ion exchange chromatography and SEC. The mouse IgH signal peptide ...詳細: Recombinant Ym1 (Uniprot ID O35744, residues 22 - 398) was secreted from HEK293 FreeStyle cells and purified via ion exchange chromatography and SEC. The mouse IgH signal peptide (MGWSCIIFFLVATATGVHS) was used as a secretion signal. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Chil3, Chi3l3, Ym1 / プラスミド: pCAGGSs_Ym1 詳細 (発現宿主): Ym1 residues 22 to 398 in frame with the mouse IgH signal peptide 細胞株 (発現宿主): HEK293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35744, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Condition A7 of the Hampton Research Crystal Screen HT (0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.4 M sodium acetate) Cryo-protection: mother liquor supplemented with 30% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cold N2 gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→59.92 Å / Num. obs: 33407 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.06 % / B_iso Wilson estimate: 20.318 Å² / CC_1/2: 0.979 / R_rim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 5.28
反射シェル	解像度: 1.79→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 5172 / CC_1/2: 0.566 / R_rim(I) all: 1.121 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3 (6-FEB-2020)	精密化
XDS	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180808	データ削減
Aimless	version 0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.792→42.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.124 / SU R_free Blow DPI: 0.11 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.11

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1986	1650	4.94 %	RANDOM
R_work	0.1729	-	-	-
obs	0.1742	33407	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.2058 Å²	0 Å²	-1.5844 Å²
2-	-	1.668 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.5378 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.792→42.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2957	0	10	215	3182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	3090	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.91	4212	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1031	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		522	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3079	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.77
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.61
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		387	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2952	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.792→1.81 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	-	3.89 %
R_work	0.2233	643	-
obs	-	-	75.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8496	-0.5736	-0.014	1.3336	2.3487	4.4839	0.1087	0.0239	-0.0832	-0.0407	-0.0288	0.1099	-0.0326	-0.1579	-0.0799	0.0545	-0.0029	-0.04	0.0221	0.0057	0.054	30.9114	2.9848	8.3568
2	0.5781	0.0343	0.1221	0.8487	-0.0756	0.4309	-0.0271	0.0095	0.0353	-0.1304	0.0371	0.0695	-0.0362	-0.0412	-0.0101	-0.038	0.0055	-0.0229	-0.0465	0.0006	-0.0346	32.3334	18.4016	9.33
3	4.8686	-1.1159	-0.5465	0.7935	0.2242	1.4412	-0.0459	-0.0499	0.2793	0.0486	0.0459	0.0633	-0.1434	-0.103	-0	0.017	-0.002	-0.0211	-0.005	-0.0069	-0.022	35.8569	26.482	18.6893
4	0.7086	-0.9471	-0.5779	2.1238	1.1053	1.1225	-0.0287	-0.012	-0.0191	-0.0726	-0.0094	-0.0272	-0.0399	0.0516	0.0381	-0.0398	0.0181	-0.0172	-0.0378	0.0065	-0.0427	46.7405	15.8286	19.9486
5	3.6589	0.2869	-1.1661	2.1011	0.2834	3.0921	-0.0378	0.1046	-0.1232	-0.0503	-0	-0.2772	0.0588	0.1002	0.0378	0.0065	0.0089	0.0013	0.0156	0.0166	0.0679	56.4762	-1.4875	17.7185
6	0.2636	-0.258	-0.1742	0.6092	0.1565	0.4409	0.0171	0.0096	0.0028	0.0143	-0.0001	-0.0274	0.0501	0.0164	-0.0171	-0.0234	0.0017	-0.015	-0.0193	-0.002	-0.0015	48.956	-0.2193	14.2793
7	0.8381	-0.5022	-0.1214	0.6892	0.0526	0.6042	-0.0046	0.0143	-0.0917	0.0252	0.0138	0.0475	0.0741	-0.0245	-0.0092	-0.0224	-0.0188	-0.0068	-0.0315	0.0064	0.0001	39.5651	-5.1056	19.1511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|24 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|25 - A\|127 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|128 - A\|166 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|167 - A\|195 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|196 - A\|213 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|214 - A\|290 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|291 - A\|373 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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