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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p8q | |||||||||
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タイトル | Recombinant Ym1 crystal structure | |||||||||
要素 | Chitinase-like protein 3 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Ym1 / Chil3 / Chitinase-like protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rough endoplasmic reticulum lumen / beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding ...rough endoplasmic reticulum lumen / beta-N-acetylhexosaminidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / inflammatory response / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.792 Å | |||||||||
データ登録者 | Verschueren, K.H.G. / Verstraete, K. / Heyndrickx, I. / Aegerter, H. / Smole, U. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N. | |||||||||
資金援助 | European Union, ベルギー, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Ym1 protein crystals promote type 2 immunity. 著者: Heyndrickx, I. / Deswarte, K. / Verstraete, K. / Verschueren, K.H.G. / Smole, U. / Aegerter, H. / Dansercoer, A. / Hammad, H. / Savvides, S.N. / Lambrecht, B.N. #1: ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Ym1 protein crystals promote type 2 immunity 著者: Heyndrickx, I. / Deswarte, K. / Verstraete, K. / Verschueren, K. / Smole, U. / Aegerter, H. / Dansercoer, A. / Hammad, H. / Savvides, S. / Lambrecht, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p8q.cif.gz | 164.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p8q.ent.gz | 127.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p8q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8p8rC 8p8sC 8p8tC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44388.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Recombinant Ym1 (Uniprot ID O35744, residues 22 - 398) was secreted from HEK293 FreeStyle cells and purified via ion exchange chromatography and SEC. The mouse IgH signal peptide ...詳細: Recombinant Ym1 (Uniprot ID O35744, residues 22 - 398) was secreted from HEK293 FreeStyle cells and purified via ion exchange chromatography and SEC. The mouse IgH signal peptide (MGWSCIIFFLVATATGVHS) was used as a secretion signal. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Chil3, Chi3l3, Ym1 / プラスミド: pCAGGSs_Ym1 詳細 (発現宿主): Ym1 residues 22 to 398 in frame with the mouse IgH signal peptide 細胞株 (発現宿主): HEK293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35744, beta-N-acetylhexosaminidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Condition A7 of the Hampton Research Crystal Screen HT (0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.4 M sodium acetate) Cryo-protection: mother liquor supplemented with 30% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cold N2 gas stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→59.92 Å / Num. obs: 33407 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.06 % / Biso Wilson estimate: 20.318 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rrim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 5.28 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 5172 / CC1/2: 0.566 / Rrim(I) all: 1.121 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.792→42.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.11
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原子変位パラメータ | Biso mean: 12.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.792→42.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.792→1.81 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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