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- PDB-8p8o: M. tuberculosis dUTPase - Stl1-159 (StlNT) complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p8o
タイトルM. tuberculosis dUTPase - Stl1-159 (StlNT) complex structure
要素
  • Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
  • Orf20
キーワードHYDROLASE / complex / inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Orf20
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Benedek, A. / Leveles, I. / Toth, Z.S. / Harmat, V. / Vertessy, B.G.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)K119493 ハンガリー
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: The homodimerization domain of the Stl repressor is crucial for efficient inhibition of mycobacterial dUTPase.
著者: Toth, Z.S. / Leveles, I. / Nyiri, K. / Nagy, G.N. / Harmat, V. / Jaroentomeechai, T. / Ozohanics, O. / Miller, R.L. / Alvarez, M.B. / Vertessy, B.G. / Benedek, A.
履歴
登録2023年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
G: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
H: Orf20
I: Orf20
J: Orf20
F: Orf20
K: Orf20
L: Orf20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,25612
ポリマ－222,25612
非ポリマー00
水00
1
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
J: Orf20
F: Orf20
K: Orf20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1286
ポリマ－111,1286
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
E: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
G: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
H: Orf20
I: Orf20
L: Orf20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1286
ポリマ－111,1286
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.669, 123.820, 170.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 17992.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Our dUTPase construct contained an N-terminal His-tag which is not visible on the electron density map. We would like to ask you to start the numbering of dUTPase residues from the second ...詳細: Our dUTPase construct contained an N-terminal His-tag which is not visible on the electron density map. We would like to ask you to start the numbering of dUTPase residues from the second methionine in the sequence.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: dut, ERS007657_03143, ERS007661_03256, ERS007663_01934, ERS007665_02282, ERS007670_03268, ERS007679_02947, ERS007681_03276, ERS007720_02832, ERS007722_03847, ERS007739_03502, ERS007741_ ...遺伝子: dut, ERS007657_03143, ERS007661_03256, ERS007663_01934, ERS007665_02282, ERS007670_03268, ERS007679_02947, ERS007681_03276, ERS007720_02832, ERS007722_03847, ERS007739_03502, ERS007741_03306, ERS024276_02245, ERS027646_03433, ERS027659_03029, ERS027661_04079
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045IIQ9, dUTP diphosphatase
#2: タンパク質
Orf20


分子量: 19050.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We would like to kindly ask you to start the numbering of Stl residues from the first methionine in the sequence. An N-terminal GST tag was cleaved from our construct before crystallization ...詳細: We would like to kindly ask you to start the numbering of Stl residues from the first methionine in the sequence. An N-terminal GST tag was cleaved from our construct before crystallization and its remaining N-terminal residues are not visible on the electron density map.
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F0J8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月16日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→46.38 Å / Num. obs: 30380 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.24 % / Biso Wilson estimate: 126.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 13.92
反射 シェル解像度: 3.41→3.5 Å / 冗長度: 5.21 % / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 2113 / CC1/2: 0.314 / Rrim(I) all: 6.237 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→46.38 Å / SU ML: 0.9401 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 40.6991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 1991 6.61 %
Rwork0.2439 28141 -
obs0.2467 30132 96.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 138.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11820 0 0 0 11820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001912045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.449316433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04091923
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00412137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.81674197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.490.57331190.54971739X-RAY DIFFRACTION85.35
3.49-3.580.51021410.4771957X-RAY DIFFRACTION95.84
3.58-3.690.45981250.47781943X-RAY DIFFRACTION94.39
3.69-3.80.49171350.39011988X-RAY DIFFRACTION96.9
3.8-3.940.43151350.37871923X-RAY DIFFRACTION94.62
3.94-4.10.38551430.33092010X-RAY DIFFRACTION98.09
4.1-4.280.30971510.28342018X-RAY DIFFRACTION98.55
4.28-4.510.31441310.23742053X-RAY DIFFRACTION98.78
4.51-4.790.26621570.21622045X-RAY DIFFRACTION99.41
4.79-5.160.29691400.20472058X-RAY DIFFRACTION99.23
5.16-5.680.27251510.21072062X-RAY DIFFRACTION99.59
5.68-6.50.25271420.22252102X-RAY DIFFRACTION99.51
6.5-8.180.22891550.21662095X-RAY DIFFRACTION99.21
8.18-46.380.22251660.18192148X-RAY DIFFRACTION97.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.04604262623-1.039512807051.229948309875.95230860174.540243774463.952385625540.3991572357240.319908986788-0.350298403973-0.597000593905-0.7435494270141.43418006876-0.04884919334890.5665201455140.2804112545171.06299445719-0.0523244129678-0.03169822913781.000665651120.4538293546121.3687164389644.0839838324-14.1376335108-33.8355257911
29.068629416195.70994486484-3.142230865716.27778643375-2.094013350674.17937052482-0.2613452605410.313213043204-0.09471709668130.4112917081840.127333546195-0.4632332417310.2313838862930.05954127366790.1208879843841.265647290950.1151106777680.0294431748120.8003468811310.009980429969721.0016880369756.8193864707-4.30237048679-20.5660852346
32.644604988930.460877582339-4.091518655327.26429845127-3.595568161989.86571673134-0.385015606437-0.576221988412-0.231048232235-0.6669222385461.017810335730.2336033504020.6779966148310.860680511198-0.6502082334330.818398312149-0.1877298896470.1006654453180.970140569209-0.3505864880681.4345832131943.2129787795-18.1817123712-17.2552804856
43.02462303475-1.432121051611.804761514886.924032318624.931418410416.23930614062-0.898612043729-0.528145701809-0.0799648083982-0.2201085944820.3373491722221.23118498967-0.598329806038-0.8413301624220.8152062503591.05105501492-0.0525646679695-0.2487872247221.429398235630.1356991653671.393353360746.390040234619.83098059747-8.24514520854
56.262250828621.16970037669-5.527441801663.36967427853-2.539445086456.595243363130.327213332220.8438823403611.204097343620.4298022146740.736135086729-0.321467477799-0.638447576913-1.23235249875-1.095627929510.7101939607440.187169258252-0.04996884389631.380302821810.007425220730911.226062188097.5778763451510.1565845912-27.3797971656
64.076877584754.139115481370.03137918326312.717722354730.8520633349434.441676505650.179211142196-0.8900363103181.140777453570.26453706256-0.593605009677-0.477784180891-0.500197290142-0.693592127355-0.05110583672470.9275933736520.1685669945040.09986218248181.294821480720.125027328931.42163492336-4.33513601423-0.884450185302-20.9987450946
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 25 through 29) or (chain 'A' and resid 83 through 86) or (chain 'A' and resid 80 through 88) or (chain 'A' and resid 106 through 113) or (chain 'A' and resid 130 through 134)AA25 - 13123 - 129
22(chain 'B' and resid 25 through 29) or (chain 'B' and resid 83 through 86) or (chain 'B' and resid 80 through 88) or (chain 'B' and resid 106 through 113) or (chain 'B' and resid 130 through 134)BB25 - 13023 - 128
33(chain 'C' and resid 25 through 29) or (chain 'C' and resid 83 through 86) or (chain 'C' and resid 80 through 88) or (chain 'C' and resid 106 through 113) or (chain 'C' and resid 130 through 134)CC25 - 13424 - 133
44(chain 'D' and resid 25 through 29) or (chain 'D' and resid 83 through 86) or (chain 'D' and resid 80 through 88) or (chain 'D' and resid 106 through 113) or (chain 'D' and resid 130 through 134)DD25 - 13024 - 129
55(chain 'E' and resid 25 through 29) or (chain 'E' and resid 83 through 86) or (chain 'E' and resid 80 through 88) or (chain 'E' and resid 106 through 113) or (chain 'E' and resid 130 through 134)EE25 - 13424 - 132
66(chain 'G' and resid 25 through 29) or (chain 'G' and resid 83 through 86) or (chain 'G' and resid 80 through 88) or (chain 'G' and resid 106 through 113) or (chain 'G' and resid 130 through 134)GF25 - 13224 - 131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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