PDB-8p8g: Nitrogenase MoFe protein from A. vinelandii beta double mutant D3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p8g

タイトル

Nitrogenase MoFe protein from A. vinelandii beta double mutant D353G/D357G

要素

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
Nitrogenase protein alpha chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Molybdenum nitrogenase / N2-fixation / FeMocofactor / metal binding site / P cluster / NH3 production

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Maslac, N. / Wagner, T.

資金援助

ドイツ,

スイス, 3件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: The Mononuclear Metal-Binding Site of Mo-Nitrogenase Is Not Required for Activity.
著者: Cadoux, C. / Maslac, N. / Di Luzio, L. / Ratcliff, D. / Gu, W. / Wagner, T. / Milton, R.D.

履歴

登録	2023年6月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p8g.cif.gz	847.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p8g.ent.gz	690.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8p8g_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p8g_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	8p8g_validation.xml.gz	89.7 KB	表示
CIF形式データ	8p8g_validation.cif.gz	139.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8g	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.7973626 / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.5281/zenodo.7973626

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Nitrogenase protein alpha chain

B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

C: Nitrogenase protein alpha chain

D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

ヘテロ分子

239 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.486, 74.469, 208.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1476- HOH

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Nitrogenase protein alpha chain 分子量: 56467.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) 株: DJ / 組織: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifD / 器官: / Plasmid details: Produces the MoFe protein with a poly(histidine)8 tag on the N-term of NifD and a double substituted NifK mutant 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DGZ7
#2: タンパク質	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase 分子量: 59419.809 Da / 分子数: 2 / Mutation: D353G and D357G / 由来タイプ: 組換発現詳細: The double substitution D353G and D357G was introduced. 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) 株: DJ / 組織: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifK, Avin_01400 / 器官: / Plasmid details: Produces the MoFe protein with a poly(histidine)8 tag on the N-term of NifD and a double substituted NifK mutant 発現宿主: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DGZ8, nitrogenase

#1: タンパク質

Nitrogenase protein alpha chain

分子量: 56467.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: DJ / 組織: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifD / 器官: /
Plasmid details: Produces the MoFe protein with a poly(histidine)8 tag on the N-term of NifD and a double substituted NifK mutant
発現宿主:

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DGZ7

#2: タンパク質

Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase

分子量: 59419.809 Da / 分子数: 2 / Mutation: D353G and D357G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The double substitution D353G and D357G was introduced.
由来: (組換発現)

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
株: DJ / 組織: / / 細胞株: / / 遺伝子: nifK, Avin_01400 / 器官: /
Plasmid details: Produces the MoFe protein with a poly(histidine)8 tag on the N-term of NifD and a double substituted NifK mutant
発現宿主:

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DGZ8, nitrogenase

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非ポリマー , 10種, 2222分子

#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID 分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon 分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe₇MoS₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE 分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-1CL / FE(8)-S(7) CLUSTER, OXIDIZED 分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER 分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 % / 解説: Brown plate, which appeared in a couple of weeks
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: The beta-D353G/D357G MoFe-protein was crystallized anaerobically at 17.5 mg/mL under 100% N2 atmosphere. The protein was spotted as a sitting drop to 96-Well MRC 2-Drop polystyrene ...詳細: The beta-D353G/D357G MoFe-protein was crystallized anaerobically at 17.5 mg/mL under 100% N2 atmosphere. The protein was spotted as a sitting drop to 96-Well MRC 2-Drop polystyrene Crystallization Plates (SWISSCI) containing 90 uL of crystallization solution in the reservoir. Each drop contained 0.5 uL of protein sample and 0.5 uL of crystallization solution. Crystals were obtained in the crystallization solution containing 10 % w/v Polyethylene glycol 10,000; 2 % v/v 1,4-Dioxane; 100 mM tri-Sodium citrate; pH 5.6, and 1 mM polyoxotungstate [TeW6O24]6- (TEW). Sealed plates were stored inside a Coy anaerobic chamber filled with an atmosphere of N2:H2 97:3 at 20 C. Crystals were soaked in the crystallization solution supplemented with 30% v/v ethylene glycol for a few seconds before freezing in liquid nitrogen. PH範囲: / / Temp details: /

結晶

マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 % / 解説: Brown plate, which appeared in a couple of weeks

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: The beta-D353G/D357G MoFe-protein was crystallized anaerobically at 17.5 mg/mL under 100% N2 atmosphere. The protein was spotted as a sitting drop to 96-Well MRC 2-Drop polystyrene ...
PH範囲: / / Temp details: /

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→101.46 Å / Num. obs: 176043 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 14 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.76 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 1.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 8391 / CC_1/2: 0.566 / R_pim(I) all: 0.652 / R_rim(I) all: 2.001 / % possible all: 80.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→48.32 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The model was manually rebuilt with COOT and further refined with PHENIX. During the refinement, a translational-libration screw was applied with the model containing hydrogens added in the ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	8763	4.98 %
R_work	0.155	-	-
obs	0.1566	175938	48.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15912	0	285	2176	18373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	16703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	22651
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.629	6193
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2877

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.5088	7	0.2917	172	X-RAY DIFFRACTION	2
1.57-1.59	0.469	24	0.27	334	X-RAY DIFFRACTION	3
1.59-1.61	0.3035	23	0.2612	466	X-RAY DIFFRACTION	4
1.61-1.63	0.3693	47	0.2659	607	X-RAY DIFFRACTION	5
1.63-1.65	0.227	36	0.2613	734	X-RAY DIFFRACTION	6
1.65-1.67	0.219	37	0.2532	895	X-RAY DIFFRACTION	8
1.67-1.69	0.2364	66	0.249	1070	X-RAY DIFFRACTION	9
1.69-1.72	0.2807	69	0.2449	1345	X-RAY DIFFRACTION	12
1.72-1.75	0.2471	75	0.2375	1526	X-RAY DIFFRACTION	13
1.75-1.77	0.2677	97	0.24	1785	X-RAY DIFFRACTION	16
1.77-1.8	0.2454	121	0.2416	1969	X-RAY DIFFRACTION	17
1.8-1.84	0.2432	126	0.2277	2264	X-RAY DIFFRACTION	20
1.84-1.87	0.2578	110	0.2156	2685	X-RAY DIFFRACTION	23
1.87-1.91	0.2421	168	0.2137	3091	X-RAY DIFFRACTION	27
1.91-1.95	0.2329	209	0.2061	3597	X-RAY DIFFRACTION	32
1.95-2	0.2043	224	0.1916	4241	X-RAY DIFFRACTION	37
2-2.05	0.2027	264	0.1943	4982	X-RAY DIFFRACTION	44
2.05-2.1	0.2778	325	0.2306	6038	X-RAY DIFFRACTION	53
2.1-2.17	0.2296	414	0.1884	7602	X-RAY DIFFRACTION	67
2.17-2.24	0.225	445	0.192	8785	X-RAY DIFFRACTION	77
2.24-2.32	0.2395	506	0.1986	9890	X-RAY DIFFRACTION	86
2.32-2.41	0.2095	610	0.1725	10918	X-RAY DIFFRACTION	95
2.41-2.52	0.2067	568	0.1697	11285	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.65	0.1948	606	0.1674	11459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.82	0.1932	533	0.1574	11504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.03	0.1911	600	0.1445	11529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.34	0.178	616	0.1329	11488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.82	0.1487	587	0.1189	11576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.81	0.1268	614	0.1031	11566	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-48.32	0.1718	636	0.152	11772	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0038	-0.4195	-0.156	1.2791	0.2177	0.5937	-0.0378	-0.2283	0.1157	0.2241	0.036	0.0933	-0.0338	-0.1929	0.0001	0.1586	-0.0278	0.0231	0.2715	0.0082	0.0946	24.92	4.1823	91.4121
2	0.8082	-0.1563	-0.3736	0.7109	-0.1182	0.3903	-0.0013	-0.1344	-0.2129	0.0682	0.0177	0.0638	0.313	-0.183	0.0138	0.2158	-0.0846	-0.0253	0.1503	0.0562	0.13	34.2895	-20.4325	79.2988
3	0.7385	0.0815	0.0247	0.6684	-0.0459	0.8085	0.0175	-0.1313	-0.0925	0.1336	0.0054	-0.0444	0.1634	-0.0126	-0.0192	0.1308	-0.019	-0.0216	0.1383	0.017	0.0729	47.7463	-6.6284	91.6231
4	0.7949	0.1057	-0.0468	0.7927	-0.0111	0.899	-0.0046	-0.0999	0.1319	0.063	0.0046	0.0579	-0.2009	-0.1481	0.002	0.1149	0.0208	0.0121	0.1138	-0.0192	0.0829	36.5953	15.0909	81.4913
5	1.143	0.0104	0.0749	1.0129	0.2523	0.7262	0.002	-0.0462	-0.1309	-0.0482	0.0753	-0.1452	0.1692	0.0684	-0.0587	0.1329	-0.0007	-0.0208	0.0806	0.0331	0.0404	48.418	-12.6629	70.3308
6	0.3902	0.1294	-0.1758	0.2054	-0.1199	0.2555	0.0117	-0.1959	-0.0284	0.0983	-0.0062	0.1665	0.0636	-0.3379	-0.0505	0.0341	-0.1515	0.1032	0.4466	0.0641	0.1471	10.1246	-6.0346	80.8261
7	0.8278	0.0102	0.0078	0.4996	-0.1132	0.334	0.0239	-0.0465	0.0449	0.0658	-0.0224	0.2282	0.0363	-0.3163	-0.0261	0.0808	-0.086	0.0315	0.4527	0.0156	0.2361	2.1566	-4.7077	59.0284
8	0.3391	0.2674	0.2286	0.2314	0.1764	0.155	0.0116	-0.0418	0.0782	0.0318	-0.0064	0.1736	0.024	-0.2526	0.0086	0.1032	-0.0359	0.0174	0.4389	0.0205	0.2192	4.7425	1.8312	63.9165
9	1.6276	0.1731	-0.8459	0.1658	-0.2205	0.5539	-0.0009	-0.062	-0.1627	0.0442	0.0009	0.1338	0.1439	-0.2029	0.034	0.1656	-0.1947	0.0122	0.3746	0.0454	0.2378	3.4212	-16.306	60.1976
10	0.2818	0.0447	0.0221	0.2244	0.0173	0.4132	0.0427	-0.0246	-0.0852	-0.0123	-0.0012	0.0673	0.193	-0.2234	-0.032	0.1438	-0.0935	-0.0081	0.1552	0.0258	0.1435	24.8814	-14.5284	52.064
11	2.2324	0.206	-0.7175	0.4096	-0.0999	0.7098	-0.0118	-0.0853	-0.0123	0.0208	0.0213	-0.0206	0.0728	-0.0425	-0.0135	0.0997	-0.0379	-0.0065	0.0528	-0.0019	0.0801	38.0489	-4.9522	42.461
12	1.9009	-0.5448	-0.0997	2.5299	0.8779	0.9708	0.0696	0.2839	-0.2396	-0.2888	-0.0482	0.2547	0.2005	-0.1955	-0.0019	0.2056	-0.045	-0.0502	0.1474	-0.0041	0.1231	24.1402	-7.2275	1.1823
13	0.6668	-0.0561	0.204	0.6495	-0.0795	0.4588	-0.0234	0.0954	0.0968	-0.0387	0.0306	-0.081	-0.1691	0.1408	-0.0073	0.1213	-0.0448	0.0113	0.0549	-0.004	0.0909	50.8495	11.2164	21.5721
14	0.6285	0.0246	-0.0048	0.6486	-0.0397	0.721	0.0131	0.0656	-0.0923	-0.0107	0.0263	-0.0261	0.1682	0.0715	-0.0277	0.126	-0.0209	-0.0162	0.0375	-0.0193	0.0776	46.504	-12.1895	15.1577
15	0.5196	-0.5952	0.0307	0.8904	0.1587	0.9544	-0.0063	-0.0479	-0.1819	0.0688	0.006	0.1392	0.1286	-0.224	0.0069	0.1674	-0.0894	-0.0222	0.0467	0.0152	0.1335	29.5601	-14.5323	28.8723
16	0.8935	-0.1073	0.0216	0.6093	0.1998	0.6811	0.0569	-0.0597	-0.0139	0.0911	-0.0146	-0.1126	0.066	0.1655	-0.0263	0.1009	-0.0197	-0.0232	0.079	0.0057	0.0658	56.838	-1.2002	35.5801
17	0.3783	0.004	0.2702	0.6672	-0.2589	1.0865	-0.0123	0.0463	0.086	-0.0896	0.0052	0.0315	-0.1153	-0.117	0.0053	0.1057	0.0173	0.004	0.0558	0.0245	0.0934	27.8769	13.3573	16.5644
18	0.1607	0.0181	0.023	0.1355	0.1947	0.9021	0.0047	0.0634	0.1246	-0.0319	0.0057	0.0985	-0.263	-0.2184	-0.0054	0.1861	0.0742	0.003	0.0912	0.036	0.1778	22.6507	24.1818	17.023
19	0.4128	-0.1743	-0.0838	0.4781	0.2722	0.1619	-0.0072	-0.0451	0.0825	-0.0585	0.0074	0.154	-0.1475	-0.3239	0.0028	0.1529	0.1091	0.008	0.2359	0.0185	0.1664	14.2073	18.2908	34.1082
20	0.6701	-0.8401	0.0502	1.1674	-0.108	0.0216	-0.0028	0.0277	0.2551	-0.0525	-0.0781	-0.0864	-0.2904	-0.0742	0.0651	0.2717	0.0953	-0.0019	0.1397	-0.0006	0.2015	23.3293	30.6792	36.1414
21	0.4457	-0.142	0.1051	0.5627	-0.2826	0.8564	-0.0313	-0.0531	0.1159	0.0252	0.0237	0.0512	-0.2696	-0.1908	0.0096	0.1452	0.0297	0.0066	0.0954	-0.018	0.1075	28.8825	19.8624	52.2158
22	1.1061	-0.3875	-0.2437	1.2415	0.1819	0.5812	-0.0036	-0.0846	0.1926	0.1012	0.0338	-0.0513	-0.2658	0.0597	-0.0127	0.1701	-0.0498	-0.003	0.0535	-0.0166	0.1225	45.1812	20.8493	46.7897
23	0.0054	0.0247	-0.0056	0.1931	-0.0509	0.6305	0.0172	-0.0444	-0.0065	0.0372	-0.0061	-0.0281	-0.0012	0.0039	-0.0119	0.0668	-0.0199	-0.0058	0.065	-0.0004	0.0869	39.5995	3.3208	51.3688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 91 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 92 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 163 through 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 318 through 480 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 71 through 209 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 210 through 246 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 247 through 292 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 293 through 320 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 321 through 485 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 486 through 523 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 4 through 49 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 50 through 173 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 174 through 433 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 434 through 480 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 2 through 70 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 71 through 161 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 162 through 212 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 213 through 292 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 293 through 320 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 321 through 399 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 400 through 445 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 446 through 523 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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