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万見
- PDB-8p8c: HUMAN CD38 ECTODOMAIN BOUND TO COMPOUND 9-ADPR ADDUCT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p8c
タイトルHUMAN CD38 ECTODOMAIN BOUND TO COMPOUND 9-ADPR ADDUCT
要素ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
キーワードHYDROLASE / CD38 / NAD+ / NUCLEOPHILIC / COVALENT INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / transferase activity / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-X5T / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.653 Å
データ登録者Rangel, V. / Zebisch, M. / Doyle, K.J. / Burli, R.W.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 2023
タイトル: A Covalent Binding Mode of a Pyrazole-Based CD38 Inhibitor
著者: Doyle, K. / Roberts, M. / Harvey, J. / Hewer, R. / Zebisch, M. / Rangel, V. / Gu, M. / Wu, Y. / Yang, L. / Carlton, M. / Dawson, L. / Burli, R.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6142
ポリマ－29,6771
非ポリマー9381
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.009, 61.464, 73.407
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPR hydrolase 1 / T10


分子量: 29676.660 Da / 分子数: 1 / 変異: N100D, N164A, N209D, and N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZ alpha A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: P28907, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'- ...参照: UniProt: P28907, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#2: 化合物 ChemComp-X5T / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[4-[[4-(2-methoxyethoxy)cyclohexyl]amino]-1-methyl-2-oxidanylidene-quinolin-6-yl]pyrazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 937.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H49N9O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M bicine/NaOH pH 9.0, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.653→47.13 Å / Num. obs: 23165 / % possible obs: 81.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.653→1.773 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1159 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 0.887 / % possible all: 21.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.653→47.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1195 -RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2045 23165 81.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1426 Å20 Å20 Å2
2--1.922 Å20 Å2
3----0.7793 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.653→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 64 171 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.932980HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d766SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes352HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2106HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion263SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2062SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.06
LS精密化 シェル解像度: 1.653→1.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3078 24 -
Rwork0.3148 --
obs--13.33 %
精密化 TLSOrigin x: 8.0395 Å / Origin y: 15.2994 Å / Origin z: 15.1747 Å
111213212223313233
T-0.0321 Å2-0.0019 Å20.0143 Å2-0.0053 Å2-0.003 Å2---0.0242 Å2
L0.3902 °2-0.0991 °20.3542 °2-0.2513 °2-0.1511 °2--0.6927 °2
S-0.0251 Å °0.0215 Å °-0.0396 Å °0.0215 Å °0.0085 Å °0.0079 Å °-0.0396 Å °0.0079 Å °0.0166 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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